The object of research, development or design (in Russian) : ДНК Francisella tularensis subsp holarctica и F. tularensis subsp mediasiatica

The object of research, development or design (in Kazakh) : Francisella tularensis subsp holarctica және F. tularensis subsp mediasiatica ДНҚ

Aim of work (in Russian) : Подобрать праймеры и разработать протокол выявления Francisella tularensis и подвидовой дифференциации F. tularensis subsp mediasiatica

Aim of work (in Kazakh) : Праймерлерді таңдап, Francisella tularensis анықтау және F. tularensis subsp mediasiatica түр астын саралау хаттамасын әзірлеу

Методы исследования (на русском) : Использованы молекулярно-генетические методы

Методы исследования (на казахском) : Молекулалы-генетикалық әдістер қолданылды

Obtained results and novelty (in Russian) : Были подобраны 3 пар праймеров и флуоресцентных зондов к уникальным для F. tularensis subsp mediasiatica участкам генома, а также 3 пар праймеров и флуоресцентных TaqMan зондов к генетическим маркерам Francisella tularensis. Для подбора универсальных праймеров к генетическим маркерам Francisella tularensis было проведено выравнивание целевых генов штаммов F. tularensis subsp. mediasiatica FSC147, F. tularensis subsp. tularensis SCHU S4 и F. tularensis subsp. holarctica, к консервативным участкам были подобраны праймеры и флуоресцентные зонды. Подбор праймеров и флуоресцентных зондов к F. tularensis subsp mediasiatica проводился на основании выявления уникальных участков при выравнивании полногеномных последовательностей подвидов F. tularensis. Разработан протокол выявления Francisella tularensis и подвидовой дифференциации F. tularensis subsp mediasiatica, проведена оценка чувствительности и специфичности. Оптимизацию условий ПЦР проводили в градиенте температур, с изменением состава реакционной смеси. В результате был разработан ПЦР протокол, описывающий состав реакционной смеси и условия постановки ПЦР для каждой пары праймеров. Оценка чувствительности была проведена на разведённых ДНК F. tularensis subsp holarctica и F. tularensis subsp mediasiatica. Нижний придел чувствительности 6 пар праймеров варьировал в диапазоне от 15 до 60 геномных копий в реакционной смеси. Проверка специфичности была осуществлена на коллекции образцов ДНК от 23 видов бактерий.

Obtained results and novelty (in Kazakh) : F. tularensis subsp mediasiatica геномның бірегей учаскелеріне 3 праймер және флуоресцентті зонд жұптары, сондай-ақ Francisella tularensis-тің генетикалық маркерлеріне 3 праймер және флуоресцентті TaqMan зондтары таңдалды. Francisella tularensis генетикалық маркерлеріне әмбебап праймерлерді сәйкестендіру үшін F. tularensis subsp. mediasiatica FSC147, F. tularensis subsp. tularensis SCHU S4 және F. tularensis subsp. holarcticaштаммдарының мақсатты гендеріне теңестіру жүргізіліп, консервативті аумақтарға праймерлер мен флуоресцентті зондтар таңдалды. F. tularensis subsp mediasiatica үшін праймерлер мен флуоресцентті зондтарды таңдау F. tularensis тү астының толық геномдық тізбегін теңестіру кезінде бірегей аумақтарды анықтау негізінде жүргізілді.Francisella tularensis-ті анықтау және F. tularensis subsp mediasiatica түр астын саралау хаттамасы әзірленді, сезімталдылығы мен ерекшелігіне бағалау жүргізілді. ПТР жағдайларын оңтайландыру реакция қоспасының құрамын өзгерте отырып, температура градиентінде жүргізілді. Нәтижесінде реакция қоспасының құрамын және әр праймер жұбы үшін ПТР қою шарттарын сипаттайтын ПТР хаттамасы жасалды. Сезімталдықты бағалау F. tularensis subsp holarctica пен F. tularensis subsp mediasiatica-ның сұйылтылған ДНҚ-да жүргізілді. 6 праймер жұбының төменгі сезімталдық шегі реакция қоспасындағы геномдық көшірмелердің 15-тен 60-қа дейінгі аралығында өзгерді. Ерекшелікті тексеру бактериялардың 23 түрінен алынған ДНҚ үлгілерінің жинағында жүргізілді.

The main constructive and technical economic indicators (in Russian) : Разработаны протокола выявления Francisella tularensis и подвидовой дифференциации F. tularensis subsp mediasiatica, в основе которых лежит использование уникальных праймеров и оптимизированных условий выполнения ПЦР

The main constructive and technical economic indicators (in Kazakh) : Francisella tularensis-ті анықтау және F. tularensis subsp mediasiatica-ның түр астын саралау хаттамалары әзірленді, оның негізінде бірегей праймерлер мен оңтайландырылған ПТР қою жағдайын қолдану жатыр.

Level of implementation (in Russian) : Не внедрено

Level of implementation (in Kazakh) : Енгізілген жоқ

Efficiency (in Russian) : Подобранные праймеры и разработанные протокола для выявления Francisella tularensis и подвидовой дифференциации F. tularensis subsp mediasiatica обладают высокой специфичностью и чувствительностью и могут быть использованы в эпидемиологическом мониторинге за туляремией.

Efficiency (in Kazakh) : Francisella tularensis-ті анықтау мен F. tularensis subsp mediasiatica-ның түр астын саралауға әзірленген хаттама мен таңдап алынған праймерлер жоғарғы ерекшелік пен сезімталдылыққа ие және туляремияны эпидемиологиялық бақылауда қолдануға болады.

Field of application (in Russian) : Диагностика, эпидемиологический мониторинг за особо опасными инфекциями

Field of application (in Kazakh) : Аса қауіпті инфекциялардың диагностикасы, эпидемиологиялық мониторингі