The object of research, development or design (in Russian) : Образцы окружающей среды, бактериофаги, виром.

The object of research, development or design (in Kazakh) : Қоршаған орта үлгілері, бактериофагтар, виром.

Aim of work (in Russian) : Изучение биоразнообразия вирусов Каспийского моря и зависимости качественного и количественного состава вирома от экорегиона Каспийского моря.

Aim of work (in Kazakh) : Каспий теңізіндегі вирустардың биоалуантүрлілігін және вирустың сапалық және сандық құрамының Каспий теңізінің экологиялық аймағына тәуелділігін зерттеу.

Методы исследования (на русском) : Экологические, вирусологические и молекулярно-биологические

Методы исследования (на казахском) : Экологиялық, вирусологиялық және молекулалық биологиялық

Obtained results and novelty (in Russian) : Впервые проводится изучение вирома Центрального экорегиона Каспийского моря. Определены точки отбора водных образцов для изучения биоразнообразия вирусов в регионе Центрального Каспия. Точки отбора соответствовали двум экорегионам Центрального Каспия: транзитный экорегион (1 точка отбора – ZT 44° 33' 28.536'' N 50°16' 00.889'' E) и экорегион континентального шельфа (3 точки отбора – D2_SW 43°05.3'N 51°08.8' E; E2 43°00.5'N 51°09.7' E; F2 42°54.5'N 51°10.5' E). Из каждой точки образцы были отобраны с 3-х горизонтов (поверхностного, срединного и придонного). Проведено концентрирование исследуемых водных образцов для получения тотальных образцов нуклеиновых кислот. Из образцов тотальных нуклеиновых кислот методом shotgun получены 12 метагеномных библиотек, после их секвенирования было получено 24 базы данных, содержащих последовательности левосторонних (R1) и правосторонних (R2) прочтений множественного параллельного секвенирования, каждая из которых содержала от 1 736 472 до 2 530 393 ридов. Сравнительный анализ качества результатов секвенирования, показал, что количество прочтений, не прошедших контроль качества не превышало 8%, за исключением 3 образцов «D2_MW», «F2_SW» и «F2_BW», в которых присутствовало 10% ридов с низким качеством. После удаления сиквенсных адаптеров и ридов не прошедших контроль качества были получены базы нуклеотидных последовательностей для дальнейшей обработки. При этом средняя длина прочтений варьировала от 177 до 275 нуклеотидов.

Obtained results and novelty (in Kazakh) : Алғаш рет Каспий теңізінің орталық экорегионының вирусын зерттеу жүргізілуде. Орталық Каспий аймағындағы вирустардың биоалуантүрлілігін зерттеу үшін су үлгілерін іріктеу нүктелері анықталды. Іріктеу нүктелері орталық Каспийдің екі экорегионына сәйкес келді: транзиттік экорегион (1 таңдау нүктесі – ZT 44° 33' 28.536 "N 50°16 '00.889" E) және континенттік қайраң экорегионы (3 таңдау нүктесі-D2_SW 43°05.3 'N 51°08.8' E; E2 43°00.5'N 51°09.7' E; F2 42°54.5 'N 51°10.5' E). Әрбір нүктеден үлгілер 3 горизонттан (беттік, ортаңғы және төменгі жаққа жақын) алынды. Зерттелетін сулы үлгілерді концентрациялау нуклеин қышқылдарының жалпы үлгілерін алу үшін жүргізілді. Жалпы нуклеин қышқылдарының үлгілерінен shotgun әдісімен 12 метагеномдық кітапхана алынды, оларды секвенирлеуден кейін әрқайсысында көп параллельді секвенирлеудің сол жақ (R1) және оң жақ (R2) тізбегін қамтитын 24 деректер базасы алынды 1 736 472-ден 2 530 393 ридке дейін. Секвенирлеу нәтижелерінің салыстырмалы сапалық талдауы сапаны бақылаудан өтпеген оқылымдардың саны 8% - дан аспайтынын көрсетті, тек 3 "D2_MW", "F2_SW" және "F2_BW" үлгілерін қоспағанда, сапасыз ридтердің 10% - ы болды. Сапа бақылауынан өтпеген адаптерлер мен ридтерді алып тастағаннан кейін одан әрі өңдеу үшін нуклеотидтер тізбегінің негіздері алынды. Бұл жағдайда оқудың орташа ұзындығы 177-ден 275 нуклеотидке дейін өзгерді.

The main constructive and technical economic indicators (in Russian) : Из водных образцов, отобранных в экорегионе центрального Каспия, был сконцентрирован вируссодержащий материал. Из вируссодержащего материала были выделены образцы суммарных нуклеиновых кислот. На основе образцов суммарных нуклеиновых кислот, методом «shotgun», было получено 12 геномных библиотек. На приборе MiSeq с использованием набора MiSeq Kit v3 проведено их массивное параллельное секвенирования, в результате которого было получено 24 базы данных, каждая из которых содержала от 1 736 472 до 2 530 393 ридов.

The main constructive and technical economic indicators (in Kazakh) : Орталық Каспий экорегионында іріктелген су үлгілерінің ішінен құрамында вирусы бар материал шоғырланған. Жалпы нуклеин қышқылдарының үлгілері вирусы бар материалдан бөлініп алынды. Жалпы нуклеин қышқылдарының үлгілері негізінде «shotgun» әдісімен 12 геномдық кітапхана алынды. Оларды көп параллельді секвенирлеу MiSeq Kit v3 көмегімен MiSeq құралында жүзеге асырылды, нәтижесінде әрқайсысында 1 736 472-ден 2 530 393 оқуға дейінгі 24 дерекқор алынды.

Level of implementation (in Russian) : нет

Level of implementation (in Kazakh) : жоқ

Efficiency (in Russian) : Произведен сбор водных образцов на акватории Центрального Каспийского моря, с последующим получением из них препаратов тотальной нуклеиновой кислоты, созданием геномных библиотек и получением баз данных секвенирования для изучения вирома.

Efficiency (in Kazakh) : Орталық Каспий теңізінің акваториясында су үлгілері жиналды, одан кейін олардан жалпы нуклеин қышқылы препараттарын дайындау, геномдық кітапханаларды құру және вирусты зерттеу үшін секвенирлеу деректер базасын дайындау жүргізілді.

Field of application (in Russian) : Связана с мониторингом вирусного разнообразия водных экосистем , и возможным использованием бактериофагов в качестве новой системы биоиндикации экологического состояния водоёмов.

Field of application (in Kazakh) : Су экожүйелерінің вирустық әртүрлілігін бақылаумен және су объектілерінің экологиялық жағдайын биоиндикациялаудың жаңа жүйесі ретінде бактериофагтарды қолдану мүмкіндігімен байланысты.