The object of research, development or design (in Russian) : вирус метельчатости клубней картофеля, Андийский вирус крапчатости картофеля, вирус пожелтения картофеля, вирус жёлтой карликовости картофеля, Marssonina juglandis (Lib.) Magnus, Monilinia fructicola

The object of research, development or design (in Kazakh) : картоп мопының жоғарғы вирусы, андиялық картоп комовирусы, картоптың сарғаю вирусы, картоптың сары ергежейлі вирусы, Marssonina juglandis (Lib.) Magnus, Monilinia fructicola

Aim of work (in Russian) : Разработать высокоспецифичные олигонуклеотиды для обнаружения 4-х вирусов картофеля, Marssonina juglandis (Lib.) Magnus и Monilinia fructicola для обнаружения патогенов методом LAMP и CRISPR/Cas технологии с последующей апробацией на положительных контролях и растительном материале

Aim of work (in Kazakh) : Картоптың 4 вирусын, Marssonina juglandis (Lib.) Magnus және Monilinia fructicola анықтау үшін жоғары спецификалық олигонуклеотидтерді әзірлеу, LAMP әдісі және CRISPR/CAS жүйесі арқылы патогендерді анықтау және оң бақылаулар мен өсімдік материалында сынақтан өткізу

Методы исследования (на русском) : В работе использовались методы биоинформатического анализа, методы генетической инженерии и молекулярной биологии

Методы исследования (на казахском) : Жұмыста биоинформатикалық талдау әдістері, генетикалық инженерия және молекулалық биология әдістері қолданылды

Obtained results and novelty (in Russian) : В результате работы был проведен анализ геномов и геномных регионов 4-х вирусов картофеля, Monilinia fructicola и Marssonina juglandis. Были выявлены перспективные регионы геномов вирусных патогенов, расположенных преимущественно в генах, кодирующих РНК-зависимую РНК-полимеразу, нуклеокапсид и TGB1. Перспективными регионами для дизайна праймеров с целью обнаружения Monilinia fructicola и Ophiognomonia leptostyla послужили ITS1- ITS2. Были изучены референсный геном Monilinia fructicola и нуклеотидные последовательности ITS1- ITS2 патогена и выявлены регионы с консервативностью в разрезе вида, но с достаточной вариабельностью для межвидового разделения. Для Ophiognomonia leptostyla было анализировано свыше 50 нуклеотидных последовательностей ITS1- ITS2 и выявлены наиболее подходящие регионы для высокоспецифичной идентификации. Была проведена апробация разработанных тест-систем на 240 образцах растительного материала картофеля, 312 растительных образцах яблони и 72 образцах грецкого ореха. В результате работы было выявлено 23 образца яблони и 12 образцов грецкого ореха, инфицированных Monilinia fructicola и Ophiognomonia leptostyla соответственно. Были разработаны внутренний контроль для анализа качества амплификации и положительные контроли для каждого патогена.

Obtained results and novelty (in Kazakh) : Жұмыс нәтижесінде 4 картоп вирусының, Monilinia fructicola және Marssonina juglandis геномдары мен геномдық аймақтарына талдау жасалды. РНҚ-ға тәуелді РНҚ полимеразаны, нуклеокапсидті және TGB1 кодтайтын гендерде орналасқан вирустық патогендік геномдардың перспективті аймақтары анықталды. Monilinia fructicola және Ophiognomonia leptostyla патогендерін анықтауда праймерлер жобалау үшін перспективті аймақтар - ITS1 және ITS2. Monilinia fructicola-ның анықтама геномы және патогеннің ITS1 - ITS2 нуклеотидтер тізбегі зерттелді және түрлер бойынша консервативті, бірақ түраралық бөліну үшін жеткілікті өзгергіштігі бар аймақтар анықталды. Ophiognomonia leptostyla үшін 50-яден астам ITS1-ITS2 нуклеотидтер тізбегі талданды және жоғары спецификалық сәйкестендіру үшін ең қолайлы аймақтар анықталды. Картоптың өсімдік материалының 240 үлгісінде, алма ағашының 312 өсімдік үлгісінде және грек жаңғағының 72 үлгісінде әзірленген сынақ жүйелері сынақтан өткізілді. Жұмыс нәтижесінде Monilinia Fructicola және Ophiognomonia Leptostyla жұқтырған 23 алма үлгісі және 12 жаңғақ үлгісі анықталды. Амплификация сапасын талдау үшін ішкі бақылау және әрбір патоген үшін оң бақылау әзірленді.

The main constructive and technical economic indicators (in Russian) : Тест-системы сформированы и апробированы, и могут быть использованы для обнаружения карантинных и опасных патогенов в посадочном материале и растениях поля в лабораторных и полевых условиях. Своевременное обнаружение патогенов позволит в разы повысить урожайность с/х культур и снизить затраты на обработку пестицидами, а также предотвратить распространение инфекции в маточных растениях и ввоз карантинных объектов в страну с семенным и посадочным материалом.

The main constructive and technical economic indicators (in Kazakh) : Сынақ жүйелері құрастырылған және сыналған, зертханалық және далалық жағдайларда отырғызу материалы мен далалық өсімдіктерде карантиндік және қауіпті патогендерді анықтау үшін қолдануға болады. Патогендерді уақтылы анықтау ауыл шаруашылығы дақылдарының өнімділігін бірнеше есе арттыруға және пестицидтермен өңдеу шығындарын азайтуға, сондай-ақ өсімдіктерде инфекцияның таралуын, тұқымдық және отырғызу материалдары бар карантиндік объектілерді импорттауды болдырмауға мүмкіндік береді.

Level of implementation (in Russian) : Разработанные тест-системы в настоящий момент проходят этап апробации и не внедрены в рутинную детекцию.

Level of implementation (in Kazakh) : Әзірленген тест-жүйелер қазіргі уақытта сынау кезеңінен өтіп жатыр және детекциялауға енгізілмеген

Efficiency (in Russian) : Была проведена апробация разработанных тест-систем на 240 образцах растительного материала картофеля, 312 растительных образцах яблони и 72 образцах грецкого ореха. В результате работы было выявлено 23 образца яблони и 12 образцов грецкого ореха, инфицированных Monilinia fructicola и Ophiognomonia leptostyla соответственно. Видоспецифичность обнаруженных патогенов была подтверждена также секвенированием ITS1- ITS2 регионов. Разработанные тест-системы также были успешно апробированы на положительных контролях.

Efficiency (in Kazakh) : Картоптың өсімдік материалының 240 үлгісінде, алма ағашының 312 өсімдік үлгісінде және грек жаңғағының 72 үлгісінде әзірленген сынақ жүйелері сынақтан өткізілді. Жұмыс нәтижесінде Monilinia fructicola және Ophiognomonia leptostyla жұқтырған 23 алма үлгісі және 12 жаңғақ үлгісі анықталды. Анықталған патогендердің түрге ерекшелігі ITS1 - ITS2 аймақтарын секвенирлеу әдісімен де расталды. Әзірленген тест жүйелері де оң бақылауларда сәтті сыналды

Field of application (in Russian) : Сельское хозяйство, биология, генетика биотехнология.

Field of application (in Kazakh) : Ауыл шаруашылығы, биология, генетика биотехнология.