The object of research, development or design (in Russian) : Образцы окружающей среды, бактериофаги, виром.

The object of research, development or design (in Kazakh) : Қоршаған орта үлгілері, бактериофагтар, виром.

Aim of work (in Russian) : Изучение биоразнообразия вирусов Каспийского моря и зависимости качественного и количественного состава вирома от экорегиона Каспийского моря.

Aim of work (in Kazakh) : Каспий теңізіндегі вирустардың биоалуантүрлілігін және вирустың сапалық және сандық құрамының Каспий теңізінің экологиялық аймағына тәуелділігін зерттеу.

Методы исследования (на русском) : Экологические, вирусологические и молекулярно-биологические

Методы исследования (на казахском) : Экологиялық, вирусологиялық және молекулалық биологиялық

Obtained results and novelty (in Russian) : Впервые проводится изучение вирома Северного экорегиона Каспийского моря. Определены точки отбора водных образцов для изучения биоразнообразия вирусов в регионе Северного Каспия. Точки отбора соответствуют нормативным стандартам КазГидромета по отбору водных образцов из данного региона с целью систематического мониторинга качества воды. Из каждой точки было отобрано по 3 образца (с поверхности, со срединной и придонной толщи). Проведено концентрирование исследуемых водных образцов для получения суммарных образцов нуклеиновых кислот. Из суммарных образцов нуклеиновых кислот вод Северного Каспия «методом дробовика» получено 9 геномных библиотек, после их секвенирования было получено 18 баз данных, содержащих последовательности левосторонних (R1) и правосторонних (R2) прочтений множественного параллельного секвенирования, каждая из которых содержала от 2092629 до 3483499 ридов. Сравнительный анализ качества результатов секвенирования, показал, что количество прочтений, не прошедших контроль качества не превышало 3%, за исключением 2 образцов «залив Шалыги, придонная толща» и «Морской судоходный канал, поверхность», в которых присутствовало 6% ридов с низким качеством. После удаления сиквенсных адаптеров и ридов не прошедших контроль качества были получены базы нуклеотидных последовательностей для дальнейшей обработки. При этом средняя длина прочтений варьировала от 215 до 286 нуклеотидов.

Obtained results and novelty (in Kazakh) : Каспий теңізінің солтүстік экорегионының виромын зерттеу алғаш рет жүргізілуде. Солтүстік Каспий аймағындағы вирустардың биоәртүрлілігін зерттеу үшін су сынамаларын жинау нүктелері анықталды. Іріктеу нүктелері су сапасына жүйелі мониторинг жүргізу мақсатында осы өңірден су үлгілерін іріктеу бойынша Қазгидрометтің нормативтік стандарттарына сәйкес келеді. Әр нүктеден 3 үлгі таңдалды (бетінен, ортаңғы және төменгі қалыңдығынан). Нуклеин қышқылдарының жиынтық үлгілерін алу үшін зерттелетін су үлгілерін шоғырландыру жүргізілді. Солтүстік Каспий суларының нуклеин қышқылдарының жиынтық үлгілерінен "дробовик әдісімен" 9 геномдық кітапхана алынды. MiSeq Kit v3 жиынтығын қолдана отырып, MiSeq құрылғысында 9 метагеномдық кітапханалардың жаппай параллель реттілігі жүргізілді. Сол жақта (R1) және оң жақта (R2) бірнеше параллель секвенирлеудің тізбектерін қамтитын 18 деректер алынды, олардың әрқайсысында 2092629-дан 3483499 Рид болды. Секвенирлеу нәтижелерінің сапасын салыстырмалы талдау сапа бақылауынан өтпеген оқулар саны 3% - дан аспағанын, «Шалыгы шығанағы, түбі қабаттары» және «Теңіз кеме қатынас арнасы, беті» 2 үлгісінен басқасында, оларда 6% төмен сапалы рид болғанын көрсетті. Сапа бақылауынан өтпеген сиквенс адаптерлері мен ридтерді алып тастағаннан кейін одан әрі өңдеу үшін нуклеотид тізбектерінің базалары алынды. Бұл жағдайда оқудың орташа ұзындығы 215-тен 286 нуклеотидке дейін өзгерді.

The main constructive and technical economic indicators (in Russian) : Были выделены образцы нуклеиновых кислот из сконцентрированного вируссодержащего материала, полученного из водных образцов, собранных в экорегионе Северного Каспийского моря. Из суммарных образцов нуклеиновых кислот вод Северного Каспия «методом Shotgun» получено 9 геномных библиотек. На приборе MiSeq с использованием набора MiSeq Kit v3 проведено их массивное параллельное секвенирования, в результате которого было получено 18 баз данных, каждая из которых содержала от 2092629 до 3483499 ридов.

The main constructive and technical economic indicators (in Kazakh) : Нуклеин қышқылының үлгілері Солтүстік Каспий теңізінің экорегионында жиналған су үлгілерінен алынған концентрацияланған құрамында вирус бар материалдан бөлініп алынды. Солтүстік Каспий суларының нуклеин қышқылдарының жиынтық үлгілерінен "Shotgun әдісімен" 9 геномдық кітапхана алынды. MiSeq Kit v3 жиынтығын қолдана отырып, Miseq құрылғысында олардың көп параллельді секвенирлеу жүргізілді, нәтижесінде 18 мәліметтер базасы алынды, олардың әрқайсысында 2092629-дан 3483499 ридке дейін болды.

Level of implementation (in Russian) :

Level of implementation (in Kazakh) :

Efficiency (in Russian) :

Efficiency (in Kazakh) :

Field of application (in Russian) : связана с мониторингом вирусного разнообразия водных экосистем , и возможным использованием бактериофагов в качестве новой системы биоиндикации экологического состояния водоёмов.

Field of application (in Kazakh) : Су экожүйелерінің вирустық әртүрлілігін бақылаумен және су объектілерінің экологиялық жағдайын биоиндикациялаудың жаңа жүйесі ретінде бактериофагтарды қолдану мүмкіндігімен байланысты.