The object of research, development or design (in Russian) : Биоматериал, полученный от свиней частных хозяйствах и свиноводческих фермах разных регионов Республики Казахстан.

The object of research, development or design (in Kazakh) : Қазақстан Республикасының әртүрлі аймақтарындағы жеке шаруашылықтар мен шошқа фермаларындағы шошқалардан алынған биоматериал.

Aim of work (in Russian) : Проведение комплексного метагеномного анализа микробиома свиней для изучения резистома и эпидемиологии патогенов, с целью повышения здоровья животных, улучшения условий их содержания и борьбы с распространением антибиотикорезистентных бактерий.

Aim of work (in Kazakh) : Жануарлардың денсаулығын жақсарту, олардың өмір сүру жағдайларын көтеру және антибиотиктерге төзімді бактериялардың таралуына қарсы күресу мақсатында, қоздырғыштардың резистомы мен эпидемиологиясын зерттеу үшін шошқа микробиомасына кешенді метагеномдық талдау жүргізу.

Методы исследования (на русском) : Молекулярно-генетические (выделение ДНК, секвенирование), биоинформатические (идентификация микроорганизмов, таксономическое разнообразие).

Методы исследования (на казахском) : Молекулалық-генетикалық (ДНҚ оқшаулау, реттілік), биоинформатикалық (микроорганизмдерді анықтау, таксономиялық әртүрлілік).

Obtained results and novelty (in Russian) : Собраны и систематизированы 70 образцов в частных хозяйствах и свиноводческих фермах разных регионов Республики Казахстан (Петропавловск, Караганда, Костанай, Усть-Каменогорск), что позволяет впервые определить влияние региональные и кормовые особенностей на формирование микробиома свиней. Проведено секвенирование нуклеиновых кислот пулов образцов на платформе Ion Torrent PGM, что обеспечило высокую точность и детализированность данных. Проведена характеристика и идентификация ридов метагеномного секвенирования на уровне рода, с выявлением доминирующих и условно-патогенных штаммов.

Obtained results and novelty (in Kazakh) : Қазақстан Республикасының әртүрлі өңірлеріндегі (Петропавл, Қарағанды, Қостанай, Өскемен) жеке шаруашылықтар мен шошқа фермаларында 70 үлгі жиналып, жүйеленді, бұл өңірлік және жемшөп ерекшеліктерінің шошқалардың микробиомасын қалыптастыруға әсерін алғаш рет айқындауға мүмкіндік береді. Ion torrent PGM платформасында үлгі пулдарының нуклеин қышқылдарының реттілігі жүргізілді, бұл деректердің жоғары дәлдігі мен егжей-тегжейін қамтамасыз етті. Доминантты және оппортунистік штаммдарды анықтай отырып, тұқым деңгейінде метагеномдық секвенирлеу ридтеріне сипаттама және сәйкестендіру жүргізілді.

The main constructive and technical economic indicators (in Russian) : Изучение микробиома направлено на выявление разнообразия патогенных и условно-патогенных микроорганизмов, что позволит улучшить здоровье и производительность свиней в Казахстане. Полученные результаты поспособствуют раннему выявлению патогенов, повышению эффективности диагностики и ветеринарных мероприятий, что, в свою очередь, снизит затраты на лечение заболеваний, увеличит производительность животноводства и улучшит качество продукции.

The main constructive and technical economic indicators (in Kazakh) : Микробиоманы зерттеу Қазақстандағы шошқалардың денсаулығы мен өнімділігін жақсартуға мүмкіндік беретін патогендік және шартты-патогендік микроорганизмдердің алуан түрлілігін анықтауға бағытталған. Нәтижелер патогендерді ерте анықтауға, диагностика мен ветеринарлық шаралардың тиімділігін арттыруға ықпал етеді, бұл өз кезегінде ауруларды емдеуге кететін шығындарды азайтады, мал шаруашылығының өнімділігін арттырады және өнім сапасын жақсартады.

Level of implementation (in Russian) : не внедрено

Level of implementation (in Kazakh) : енгізілген жоқ

Efficiency (in Russian) : Использование метода CTAB в сочетании со спин-колонками для выделения ДНК бактерий и ДНК/РНК вирусов обеспечивает высокую вероятность получения качественных генетических образцов для дальнейшего секвенирования, и позволят определить полную картину наличия микроорганизмов в микробиоме животных. Анализ полученных данных с помощью программного обеспечения Kbase позволяет идентифицировать разнообразие микроорганизмов, в том числе патогенных и условно-патогенных бактерий, а также вирусов, что позволит мониторить эпидемиологическую ситуацию в регионах, а также предотвратить распространение заболеваний между животными и людьми.

Efficiency (in Kazakh) : Бактериялардың ДНҚ-сын және вирустардың ДНҚ/РНҚ-сын оқшаулау үшін спин-бағандармен бірге CTAB әдісін қолдану әрі қарай реттілік үшін сапалы генетикалық үлгілерді алудың жоғары ықтималдығын қамтамасыз етеді және жануарлардың микробиомасында микроорганизмдердің болуының толық көрінісін анықтайды. Kbase бағдарламалық жасақтамасы арқылы алынған деректерді талдау микроорганизмдердің, соның ішінде патогендік және оппортунистік бактериялардың, сондай-ақ вирустардың әртүрлілігін анықтауға мүмкіндік береді, бұл аймақтардағы эпидемиологиялық жағдайды бақылауға, сондай-ақ жануарлар мен адамдар арасында аурулардың таралуын болдырмауға мүмкіндік береді.

Field of application (in Russian) : Проект позволит изучить видовую принадлежность микроорганизмов, характеристику и изучить генетические детерминанты патогенности. Будет проведена аннотация и классификация микроорганизмов в различных образцах с выявлением доминирующих и условно-патогенных штаммов. Будет проведено обнаружение и описание патогенных микроорганизмов, определены гены и мутации устойчивости характерные для конкретного региона, что в свою очередь позволит подобрать методики для профилактики и лечения инфекционных заболеваний у свиней в различных регионах Казахстана.

Field of application (in Kazakh) : Жоба микроорганизмдердің түрлерін, олардың сипаттамаларын және патогенділігінің генетикалық детерминанттарын зерттеуге мүмкіндік береді. Әртүрлі үлгілердегі микроорганизмдер доминантты және оппортунистік штаммдарды анықтай отырып, аннотацияланады және жіктеледі. Патогендік микроорганизмдер анықталып, сипатталады, белгілі бір аймаққа тән төзімділік гендер мен мутациялар анықталады. Бұл өз кезегінде Қазақстанның әртүрлі аймақтарында шошқалардың жұқпалы ауруларының алдын алу және емдеу әдістерін жасауға мүмкіндік береді.