The object of research, development or design (in Russian) : Трахеальные и клоакальные смывы птиц, а также куриные яйца. ДНК/РНК

The object of research, development or design (in Kazakh) : Құстардың трахеялық және клоакальды жуу, сондай-ақ тауық жұмыртқасы. ДНҚ/РНК

Aim of work (in Russian) : Провести комплексную оценку генетического разнообразия, распространения и циркуляции клинически значимых вирусных патогенов птиц, характерных для различных регионов Казахстана, используя современные метагеномные подходы.

Aim of work (in Kazakh) : Заманауи метагеномдық тәсілдерді пайдалана отырып, Қазақстанның әртүрлі өңірлеріне тән құстардың клиникалық маңызды вирустық патогендерінің генетикалық әртүрлілігіне, таралуына және айналымына кешенді бағалау жүргізу.

Методы исследования (на русском) : Проведен сбор 121 образца (трахея, клоака, эмбрионы, органы, кровь) из 6 областей, экстракция ДНК/РНК (Qiagen, Invitrogen и др.), секвенирование; депонирование данных (BioProject PRJNA1141889); биоинформатическое определение таксономической классификации и оценка альфа- и бета-разнообразия (vegan, phyloseq, PCoA по Брэй-Кертису, PERMANOVA).

Методы исследования (на казахском) : 6 аймақтан барлығы 121 үлгі (кеңірдек, клоака, эмбриондар, органдар, қан) жиналды, ДНҚ/РНҚ бөлініп алынды (Qiagen, Invitrogen және т.б.), секвенирлеу жүргізілді, деректер сақталды (BioProject PRJNA1141889), таксономиялық жіктеу биоақпараттық түрде анықталды және альфа және бета әртүрлілігі бағаланды (вегетариандық, phyloseq, Bray-Curtis PCoA, PERMANOVA).

Obtained results and novelty (in Russian) : В ходе метагеномного исследования птицы в различных регионах Республики Казахстан было собрано 262 образец. На уровне таксонов выявлены высокие доли родов, ассоциированных с патогенностью и/или дисбиозом. Так Chlamydia достигала 82,25% в пуле «Алматы_3», 48,41% «Караганда_1», 67,31% «Костанай», 60,32% «Петропавловск_1», 33,72% «Петропавловск_2», 37,95% «Шымкент_1», 36,75% «Шымкент_2», 60,01% «Усть-Каменогорск», что может рассматриваться как эпидриск для персонала и владельцев птиц. Дополнительно отмечены очаговые повышения Pseudomonas, включая потенциальные оппортунистические и антибиотикоустойчивые штаммы, а также выявлено присутствие Avibacterium и Gallibacterium, вызывающих патологии дыхательных путей у кур. Виром характеризовался крайне низкой долей вирусных чтений (< 0,02 % от всего массива). Преобладали бактериофаговые семейства (Myoviridae, Siphoviridae, Podoviridae, Autographiviridae и др.). Вместе с тем, были обнаружены фрагменты родов Retroviridae и Poxviridae.

Obtained results and novelty (in Kazakh) : Қазақстан Республикасының әртүрлі аймақтарындағы құс етінің метагеномиялық зерттеуі кезінде 262 үлгі жиналды. Таксон деңгейінде патогенділікпен және/немесе дисбиозбен байланысты туыстардың жоғары үлесі анықталды. Осылайша, «Алматы_3» бассейнінде хламидиоз 82,25%-ға, «Қарағанды_1» - 48,41%, «Қостанай_1» - 67,31%, «Петропавл_1» - 60,32%, «Петропавл_2» - 33,72%, «Шымкент_1» - 37,95%, «Шымкент_2» - 36,75%, «Өскемен» - 60,01%-ға жетті, бұл қызметкерлер мен құс иелері үшін эпидемиологиялық ескерту деп санауға болады. Сонымен қатар, Pseudomonas-тың ошақты көбеюі, соның ішінде ықтимал оппортунистік және антибиотикке төзімді штамдар, сондай-ақ тауықтарда тыныс алу патологияларын тудыратын Avibacterium және Gallibacterium штамдарының болуы байқалды. Вирусом вирустық оқулардың өте төмен үлесімен сипатталды (барлық массивтің

The main constructive and technical economic indicators (in Russian) : не применимо.

The main constructive and technical economic indicators (in Kazakh) : қолданылмайды.

Level of implementation (in Russian) : не применимо.

Level of implementation (in Kazakh) : қолданылмайды.

Efficiency (in Russian) : Полученные профили микробиоты могут лечь в основу отраслевых правил ведения хозяйства и регуляторных мер. Во-первых, на национальном уровне целесообразно ввести метагеномный скрининг в качестве регулярного инструмента ветеринарного надзора за птицеводством (подход One Health) с обязательным картированием региональных рисков и интеграцией данных в единую систему. Во-вторых, следует расширить список объектов для рутинного мониторинга, включив в него индикаторные таксоны, выявленные в данном исследовании, с установлением порогов реагирования и протоколов раннего предупреждения для хозяйств и служб здравоохранения. Кроме того, полученные результаты могут повлиять на политику, направленную на снижение антибиотикозависимости. Метагеномный мониторинг на скрытые патогены позволяет перейти от терапевтического к профилактическому управлению стадом, тем самым снижая частоту вспышек и потребность в антибиотикотерапии.

Efficiency (in Kazakh) : Алынған микробиота профильдері салалық фермаларды басқару тәжірибелері мен реттеу шараларының негізін құра алады. Біріншіден, құс өндірісін ветеринариялық бақылаудың ұлттық деңгейде (One Health тәсілі) күнделікті құралы ретінде метагеномдық скринингті енгізу ұсынылады, міндетті түрде аймақтық тәуекелдерді картаға түсіру және деректерді бірыңғай жүйеге біріктіру қажет. Екіншіден, күнделікті мониторинг нысандарының тізімін осы зерттеуде анықталған индикаторлық таксондарды қамтитындай етіп кеңейту керек, фермалар мен денсаулық сақтау қызметтері үшін жауап беру шегі мен ерте ескерту хаттамалары белгіленуі керек. Сонымен қатар, алынған нәтижелер антибиотиктерге тәуелділікті азайтуға бағытталған саясатқа әсер етуі мүмкін. Жасырын патогендерді метагеномдық бақылау терапевтіктен профилактикалық отарды басқаруға ауысуға мүмкіндік береді, осылайша індеттің жиілігін және антибиотикалық терапия қажеттілігін азайтады.

Field of application (in Russian) : Полученные результаты могут найти применение в ветеринарном эпиднадзоре и биобезопасности птицеводства (One Health). Внедрение результатов работы приведет к раннему обнаружению патогенов, картированию региональных рисков и снижение антибиотикозависимости через профилактическое управление стадом.

Field of application (in Kazakh) : Бұл зерттеулер ветеринариялық бақылау мен құстардың биоқауіпсіздігінде қолданылуы мүмкін (One Health). Бұл зерттеулерді енгізу патогендерді ерте анықтауға, аймақтық тәуекелдерді картаға түсіруге және алдын алу мақсатында табынды басқару арқылы антибиотиктерге тәуелділікті азайтуға әкеледі.