The object of research, development or design (in Russian) : Зерттеу нысаны зерттеу топтарындағы науқастардың веноздық қаны мен зәрі болды. Қан сепсис кезіндегі үлгінің стандартты және ең көп зерттелген түрі болып табылады, ал несеп бүйрек жеткіліксіздігінің және басқа да медициналық асқынулардың болжамы ретінде инвазивті емес үлгі болып саналады.

The object of research, development or design (in Kazakh) : Объектом исследования выбраны венозная кровь и моча пациентов в исследуемых группах. Кровь является стандартным и самым изучаемым типом образца при сепсисе, моча рассматривается, как неинвазивный образец, как предиктор почечной недостаточности и прочих медицинских осложнений.

Aim of work (in Russian) : Целью проекта является сравнительный анализ транскриптома для определения биомаркеров и эндотипов сепсиса методом высокопроизводительного секвенирования (NGS RNA-seq). В результате реализации проекта, будет проведен сравнительный анализ транскриптома одновременно в образцах крови и мочи, в группах больных сепсисом и условно здоровых, с учетом вариантов тяжести заболевания и исходов сепсиса, включая выделение, идентификацию и антимикробную чувствительность возбудителя.

Aim of work (in Kazakh) : Жобаның мақсаты жоғары өнімді секвенирлеу (NGS RNA-seq) әдісімен сепсистің биомаркерлері мен эндотиптерін анықтау үшін транскриптомды салыстырмалы талдау болып табылады. Жобаны іске асыру нәтижесінде аурудың ауырлығы мен сепсис нәтижелерінің нұсқаларын, соның ішінде оқшаулауды, сәйкестендіруді және микробқа қарсы сезімталдықты ескере отырып, бір мезгілде қан мен зәр үлгілерінде, сепсиспен ауыратын және шартты түрде сау топтарда транскриптомға салыстырмалы талдау жүргізіледі.

Методы исследования (на русском) : Отбор пациентов по критериям в группы больных сепсисом и контроль. Забор крови на микробиологическое исследование во флаконы «Bactec». Выделение чистых культур, с последующей идентификацией патогена методом MALDI-TOF, а также определением его AMR (стандарт EUCAST). Забор образцов крови и мочи для анализа транскриптома в пробирки «Tempus™ Blood RNA Tube» для крови, и с использованием «RNAlater™ Stabilization Solution» для образцов мочи. Отбор пациентов и проб из группы с сепсисом на основании критериев научного интереса. Выделение тотальной РНК из проб крови с помощью набора «Tempus™ Spin RNA Isolation Kit (50 preps)» TFS (США), и проб мочи с набором «MagMAX™ mirVana™ Total RNA Isolation Kit» TFS (США). Проведение NGS RNA-seq используя генетический анализатор «Ion GeneStudio S5 System with Chef», РНК и коммерческую панель «Ion AmpliSeq™ Transcriptome Human Gene Expression Kit» TFS (США). Анализ данных NGS с помощью программного обеспечения «Torrent Suite™». Создание списков DEG в изучаемых группах, с помощью плагина «Ion Torrent™ ampliSeqRNA». Использование «Applied Biosystems™ Transcriptome Analysis Console (TAC)» для анализа и визуализации биохимических и сигнальных путей. Анализ корреляции результатов экспрессии, с данными по идентификации и антимикробной чувствительности патогенов, тяжести и исхода заболевания, а также сравнение результатов DEG и эндотипов сепсиса.

Методы исследования (на казахском) : Науқастарды критерийлер бойынша сепсиспен ауыратын науқастар топтарына іріктеу және бақылау. Bactec бөтелкелерінде микробиологиялық тексеру үшін қан алу. Таза дақылдарды бөліп алу, содан кейін MALDI-TOF әдісін қолдану арқылы қоздырғышты анықтау, сонымен қатар оның AMR (EUCAST стандарты) анықтау. Қанға арналған Tempus™ Blood RNA түтіктерінде транскриптомды талдау үшін қан мен зәр үлгілерін жинаңыз және несеп үлгілері үшін RNAlater™ тұрақтандыру ерітіндісін пайдаланыңыз. Ғылыми қызығушылық критерийлері негізінде сепсис тобынан пациенттер мен үлгілерді таңдау. Tempus™ Spin RNA оқшаулау жинағы (50 дайындық) TFS (АҚШ) және MagMAX™ mirVana™ жалпы РНҚ оқшаулау жинағы TFS (АҚШ) көмегімен несеп үлгілерін пайдаланып қан үлгілерінен жалпы РНҚ оқшаулау. «Ion GeneStudio S5 System with Chef» генетикалық анализаторын, РНҚ және «Ion AmpliSeq™ Transscriptome Human Gene Expression Kit» TFS (АҚШ) коммерциялық панелін пайдаланып NGS RNA-секвін жүргізу. Torrent Suite™ бағдарламалық құралы арқылы NGS деректерін талдау. «Ion Torrent™ ampliSeqRNA» плагинінің көмегімен зерттелетін топтардағы DEG тізімдерін құру. Биохимиялық және сигнал беру жолдарын талдау және визуализациялау үшін Applied Biosystems™ транскриптомды талдау консолін (TAC) пайдаланыңыз. Экспрессия нәтижелерінің патогендерді анықтау және микробқа қарсы сезімталдығы, аурудың ауырлығы мен нәтижесі туралы деректермен өзара байланысын талдау, сонымен қатар DEG және сепсис эндотиптерінің нәтижелерін салыстыру.

Obtained results and novelty (in Russian) : Предполагается, что данные по анализу транскриптома, на основе экспрессии более 20 800 генов человека, включенных в базу данных RefSeq, с помощью NGS позволит обнаружить различия в профилях экспрессии изучаемых групп, а также подтвердить наличие характерных эндотипов сепсиса - предикторов риска осложнений и смертности, описанных в литературе. Полученные таким образом данные дифференциальной экспрессии генов (DEG) и эндотипов, в целом, поможет улучшить понимание молекулярных и клеточных процессов при сепсисе, а также позволит в перспективе использовать эти данные для отбора специфических биомаркеров, с целью последующего создания и использования диагностической тест-системы. Успешное завершение данного проекта послужит стимулом для более широкого внедрения и развития транскриптомых методов в различных областях не только медицины, но и смежных областях естественных наук в Республике Казахстан, а также послужит хорошей основой для подготовки специалистов данного профиля.

Obtained results and novelty (in Kazakh) : NGS көмегімен RefSeq дерекқорына енгізілген 20800-ден астам адам генінің экспрессиясына негізделген транскриптомды талдау деректері, зерттелетін топтардың экспрессия профильдеріндегі айырмашылықтарды анықтауға, сондай-ақ сепсиске тән эндотиптерді-әдебиетте сипатталғандай асқынулар мен өлім қаупінің болжаушыларының болуын растауға мүмкіндік береді деп болжанады. Осылайша алынатын дифференциалды ген экспрессиясы (DEG) және эндотиптік деректер, жалпы алғанда, сепсистегі молекулалық және жасушалық процестерді түсінуді жақсартуға көмектеседі, сондай-ақ диагностикалық сынақ жүйесін кейіннен құру және пайдалану мақсатында осы деректерді арнайы биомаркерлерді таңдау үшін перспективада пайдалануға мүмкіндік береді. Бұл жобаның сәтті аяқталуы тек медицинаның салаларында ғана емес, сонымен қатар Қазақстан Республикасында жаратылыстану ғылымдарының аралас салаларында транскриптомдық әдістерді кеңінен енгізуге және дамытуға ынталандырады, сондай-ақ осы бейіндегі мамандарды даярлау үшін жақсы негіз болады.

The main constructive and technical economic indicators (in Russian) : Жоба DEG және эндотиптердің үлгілерін анықтау мақсатында бір уақытта екі түрлі үлгілерде – қан мен зәрде салыстырмалы транскриптомдық талдауды қолдана отырып, сепсистің ерте және дәл диагностикасымен байланысты қиындықтарды шешуге бағытталған. сепсистің әлеуетті диагностикалық және болжамдық биомаркерлері болатын транскрипттер топтары, процестің сигнал беру жолдарын және терапияның әлеуетті мақсаттарын анықтау.

The main constructive and technical economic indicators (in Kazakh) : Проект направлен на решение проблем, связанных с ранней и точной диагностикой сепсиса с помощью сравнительного анализа транскриптома, одновременно в двух различных типах проб – кровь и моча, с целью обнаружения паттернов DEG и эндотипов, позволяющих выделить небольшие и специфические группы транскриптов, которые будут является потенциальными диагностическими и предиктивными биомаркерами сепсиса, определяющими сигнальные пути процесса и потенциальные мишени для терапии.

Level of implementation (in Russian) : УТГ на этапе подачи заявки – 1, по завершении проекта – 2.

Level of implementation (in Kazakh) : Өтініш беру кезеңінде UTG – 1, жоба аяқталғаннан кейін – 2.

Efficiency (in Russian) :

Efficiency (in Kazakh) :

Field of application (in Russian) : Поиск специфичных биомаркеров сепсиса приведет к улучшению ранней диагностики сепсиса, с учетом его прогноза течения и исходов, а также будут способствовать разработке лекарственных препаратов, на основе данных клеточных сигнальных путей, и в целом улучшит тактику ведения и лечения пациентов.

Field of application (in Kazakh) : Сепсистің нақты биомаркерлерін іздеу оның ағымы мен нәтижелерінің болжамын ескере отырып, сепсистің ерте диагностикасын жақсартуға әкеледі, сондай-ақ жасушалық сигнал беру жолдарының деректеріне негізделген препараттарды жасауға ықпал етеді және тұтастай алғанда емдеуді жақсартады. және науқастарды емдеу.