The object of research, development or design (in Russian) : образцы ДНК и продуктов питания, отобранные на рынках южных регионов Казахстана.

The object of research, development or design (in Kazakh) : Қазақстанның оңтүстік аймақтарындағы базарлардан алынған ДНҚ және азық-түлік үлгілері.

Aim of work (in Russian) : определение распространенности S. enterica в продуктах питания в южных регионах Казахстана. Характеристика изолятов S. enterica в цепи поставок продуктов питания от производителей до розничной торговли путем определения генетической взаимосвязи, профили вирулентности и антимикробной устойчивости изолятов.

Aim of work (in Kazakh) : Қазақстанның оңтүстік аймақтарындағы тамақ өнімдерінде S. enterica таралуын анықтау. S. enterica изоляттарының азық-түлік жеткізу тізбегіндегі сипаттамасы, өндірушілерден бөлшек саудаға дейін генетикалық байланыстарды, вируленттілік профильдерін және антимикробтық тұрақтылығын анықтау.

Методы исследования (на русском) : При выполнении проекта использованы современные методические подходы. Среди них ведущее место заняли молекулярно-генетические методы – подбор и синтез праймеров, полимеразная цепная реакции, секвенирование нуклеиновых кислот, филогенетический анализ.

Методы исследования (на казахском) : Жобаны жүзеге асыруда заманауи әдістемелік тәсілдер қолданылды. Олардың арасында молекулярлық-генетикалық әдістер – праймерлерді таңдау және синтездеу, полимеразды тізбекті реакция (ПТР), нуклеин қышқылының секвенирленуі, филогенетикалық талдау жетекші орын алды.

Obtained results and novelty (in Russian) : В рамках проекта в 2022-2023 гг. были организованы выезды в Жамбылскую, Туркестанскую и Алматинскую области для сбора продуктов питания. Образцы продуктов питания отбирались на рынках г.Шымкент, г.Тараз, г.Алматы. В каждом городе были собраны по 100 образцов в 2022 году и в 2023 г. продуктов питания. Проведен первичный скрининг собранных образцов продуктов питания методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) на наличие ДНК S. еnteriса. Перед проведением скрининга все собранные образцы прошли предварительную пробоподготовку. В результате проведенных исследований в 2022 и 2023 гг., из 300 образцов собранных в 2022 году было выявлено 17 ПЦР положительных образцов. И в 2023 г. в результате проведенных исследований из 300 образцов было выявлено 12 ПЦР положительных образцов. Также в результате дополнительно проведенных исследований в 2023 г. из 60 образцов было выявлено 4 ПЦР положительных образцов. В рамках проекта было проведено полногеномное секвенирование нуклеотидных последовательностей и аннотация двух новых изолятов (штаммов) S.enterica. QazSL-4 и S. enterica QazSL-5.

Obtained results and novelty (in Kazakh) : 2022-2023 жылдары азық-түлік жинау үшін Жамбыл, Түркістан және Алматы облыстарына сапарлар ұйымдастырылды. Шымкент, Тараз, Алматы базарларынан азық-түлік үлгілері алынды. Әр қалада 2022 және 2023 жылдары 100 азық-түлік үлгілері жиналды. Жиналған тамақ үлгілеріне полимеразды тізбекті реакция (ПТР) әдісімен S. enterica ДНҚ бар-жоғына бастапқы скрининг жүргізілді. Скринингтен бұрын барлық жиналған үлгілер алдын ала дайындаудан өтті. 2022 және 2023 жылдары жүргізілген зерттеулер нәтижесінде 2022 жылы жиналған 300 үлгіден 17 ПТР оң үлгісі анықталды. Ал 2023 жылы жүргізілген зерттеулер нәтижесінде 300 үлгіден 12 ПТР оң үлгісі анықталды. Сондай-ақ, 2023 жылы қосымша зерттеулер нәтижесінде 60 үлгіден 4 ПТР оң үлгісі табылды. Жоба аясында нуклеотидтер тізбегінің толық геномдық секвенирленуі және S. enterica екі жаңа изолятына (штаммына) аннотация жүргізілді: QazSL-4 және S. enterica QazSL-5.

The main constructive and technical economic indicators (in Russian) : Проведенные исследования позволят прослеживать движение различных серотипов бактерии сальмонеллы, выявлять их происхождение и также устанавливать вероятности возможных вариаций в структуре генома и дальнейшие последствия в появлении новых вариантов возбудителя. Достижения в области молекулярной биологии и данных по секвенированию новых штаммов бактерии сальмонеллы, будет основой для разработки современных методов диагностики и типирования на основе генной инженерии. Изучение выделенных штаммов, а также изучение биологических свойств и генетической структуры которые относятся к уникальным направлениям исследований, которые позволят расширить имеющиеся генетические ресурсы в Республике Казахстан. Выделенные новые оригинальные казахстанские штаммы бактерии сальмонелл пополнят коллекцию микроорганизмов, и в дальнейшем могут использоваться для создания как в качестве диагностических антигенов, так и в фундаментальных молекулярно-биологических исследованиях.

The main constructive and technical economic indicators (in Kazakh) : Мұндай зерттеулер сальмонелла бактериясының түрлі серотиптерінің қозғалысын бақылап, олардың шығу тегін анықтауға және геном құрылымындағы ықтимал өзгерістер мен жаңа инфекциялардың пайда болу салдарына ықтималдықтарды белгілеуге мүмкіндік береді. Молекулярлық биологиядағы жетістіктер мен сальмонелла бактериясының жаңа штамдарын секвенирлеу деректері заманауи диагностика мен типтеу әдістерін дамыту үшін негіз болады. Алынған штамдарды зерттеу, сондай-ақ биологиялық қасиеттері мен генетикалық құрылымын зерттеу ерекше зерттеулердің маңызды бағыттары болып табылады, олар Қазақстан Республикасындағы генетикалық ресурстарды кеңейтуге мүмкіндік береді. Жаңа алынған, оригинал казахстандық сальмонелла штамдары микроорганизмдер коллекциясын толықтырып, болашақта диагностика антигендері ретінде, сондай-ақ фундаменталды молекулярлық-биологиялық зерттеулерде қолданылуы мүмкін.

Level of implementation (in Russian) : Не внедрено

Level of implementation (in Kazakh) : Енгізілген жоқ

Efficiency (in Russian) : Эффективность применения современных методов ПЦР и секвенирования, описанных в отчете, заключается в следующем: 1. Высокая чувствительность и специфичность: ПЦР позволяет обнаружить даже малые концентрации ДНК патогена (S.enterica), обеспечивая быстрые и точные результаты за короткое время. По сравнению с традиционными методами, ПЦР значительно уменьшает вероятность получения ЛО или ЛП результатов благодаря специфичности праймеров и контролируемой амплификации. 2. Быстрота анализа: ПЦР и методы секвенирования, позволяют сократить время получения результатов, что особенно важно при эпидемиологическом мониторинге. Это позволяет вовремя выявить источники инфекции и принять меры. 3. Полнота данных о патогене: Полногеномное секвенирование дает информацию не только о наличии патогена, но и о его генетическом составе, включая гены устойчивости к антибиотикам и профили вирулентности. Это критически важно для создания стратегий профилактики и мониторинга устойчивых штаммов бактерий. 4. Применимость данных для улучшения контроля и мониторинга: Полученные данные о распространенности и характеристиках S.enterica могут быть использованы для разработки эффективных мер по контролю за безопасностью пищевых продуктов в Казахстане, а также для рекомендаций по мониторингу продукции на наличие сальмонеллеза на государственном уровне. Таким образом, использование этих методов позволяет не только повысить точность диагностики, но и сформировать эффективные меры борьбы с инфекцией.

Efficiency (in Kazakh) : Есепте сипатталған заманауи ПТР және секвенирлеу әдістерін қолданудың тиімділігі мынада: Жоғары сезімталдық пен ерекшелік: ПТР тіпті патоген ДНҚ-сының (S.enterica) аз мөлшерін анықтауға мүмкіндік береді, бұл қысқа уақыт ішінде жылдам әрі дәл нәтижелер алуға жағдай жасайды. Дәстүрлі әдістермен салыстырғанда, ПТР праймерлердің спецификалығы мен амплификацияның қатаң бақылауының арқасында жалған оң немесе жалған теріс нәтижелер ықтималдығын едәуір төмендетеді. Талдау жылдамдығы: ПТР және секвенирлеу әдістері нәтижелерді алу уақытын қысқартады, бұл эпидемиологиялық мониторинг үшін өте маңызды. Бұл инфекция көзін уақытылы анықтап, қажетті шараларды дер кезінде қабылдауға мүмкіндік береді. Патоген туралы толық ақпарат: Полногеномдық секвенирлеу тек патогеннің бар-жоғын ғана емес, сонымен қатар оның генетикалық құрамын, соның ішінде антибиотикке төзімділік гендері мен вируленттілік профильдерін анықтайды. Бұл бактериялардың төзімді штаммдарына қарсы алдын алу және мониторинг стратегияларын жасау үшін өте маңызды. Бақылау және мониторингті жақсартуда мәліметтерді қолдану: S.enterica-ның таралуы мен сипаттамалары туралы алынған мәліметтер Қазақстандағы азық-түлік қауіпсіздігін бақылау бойынша тиімді шаралар әзірлеуге және мемлекеттік деңгейде сальмонеллезге мониторинг жүргізу бойынша ұсыныстар жасауға мүмкіндік береді. Осылайша, бұл әдістерді қолдану диагностиканың дәлдігін арттырумен қатар, инфекциямен күресудің тиімді шараларын құруға ықпал етеді.

Field of application (in Russian) : могут быть применены при разработке современных диагностических и профилактических препаратов. На основе полученных данных будут даны рекомендации в уполномоченные органы Республики Казахстан по улучшению мониторинговых исследований по сальмонеллезу в продуктах питания. Данные исследований будут способствовать улучшению эпидемиологической и эпизоотической ситуации в стране, улучшению здоровья населения, животных и птиц страны.

Field of application (in Kazakh) : заманауи диагностикалық және профилактикалық препараттарды әзірлеуде қолдануға болады. Алынған деректер негізінде Қазақстан Республикасының уәкілетті органдарына азық-түлік өнімдерінде сальмонеллез бойынша мониторингтік зерттеулерді жақсарту туралы ұсыныстар беріледі. Зерттеу нәтижелері елдегі эпидемиологиялық және эпизоотиялық жағдайды жақсартуға, сондай-ақ халықтың, жануарлар мен құстардың денсаулығын арттыруға ықпал етеді.