The object of research, development or design (in Russian) : риды полученные на высокопроизводительных платформах следующего и третьего поколения

The object of research, development or design (in Kazakh) : келесі және үшінші буынның жоғары өнімді платформаларында алынған ридтер

Aim of work (in Russian) : Цель проекта заключается в разработке биоинформационного приложения с открытым доступом для идентификации и анализа вариабельности тандемных повторов, в том числе, в исходных данных при полногеномном секвенировании третьего поколения.

Aim of work (in Kazakh) : Жобаның мақсаты тандемдік қайталануларды, оның ішінде үшінші буынның толық геномдық секвенирлеудегі бастапқы деректерді идентификациялау мен вариабельділігін талдауға арналған ашық қол жетімді биоинформатикалық қосымшаны әзірлеу.

Методы исследования (на русском) : Поиск тандемных повторов будет осуществлен методом выравнивания фланкирующих последовательностей на риды. Будет использовано несколько алгоритмов выравнивания, наиболее подходящие для большого массива данных.

Методы исследования (на казахском) : Тандемді қайталануды іздеу фланктаушы тізбектерді ридтерге туралау әдісімен жүзеге асырылады. Үлкен деректер массивіне ең қолайлы бірнеше туралау алгоритмдері қолданылады.

Obtained results and novelty (in Russian) : В рамках проекта будут применятся биоинформатические алгоритмы для идентификации родственных последовательностей с разным уровнем дивергенции, а также языки и средства программирования при разработке структуры и интерфейса приложения. Подтверждение достоверности результатов, получаемых в разрабатываемом программном обеспечении, будет проводится стандартными лабораторными молекулярно-генетическими методами, включая полногеномное секвенирование геномов прокариот и эукариот, и методы для дифференциации тандемных повторов с помощью капиллярного электрофореза. Основным результатом реализуемого проекта будет программное обеспечение с открытым доступом и пользовательским интерфейсом для идентификации тандемных повторов при полногеномном секвенировании. Программное обеспечение позволит идентифицировать разнообразие целевых локусов с тандемными повторами, в том числе, в исходных данных полногеномного секвенирования и проводить статистический анализ идентифицированных вариантов.

Obtained results and novelty (in Kazakh) : Жоба аясында әр түрлі деңгейдегі дивергенциясы бар ұқсас тізбектерді идентификациялау үшін биоинформатикалық алгоритмдерді, сондай-ақ қосымшаның құрылымы мен интерфейсін әзірлеу кезінде бағдарламалау тілдері мен құралдары қолданады. Әзірленетін бағдарламалық жасақтамада алынған нәтижелердің дұрыстығын растау стандартты зертханалық молекулалық-генетикалық әдістермен, соның ішінде прокариоттар мен эукариоттардың геномдарының толық геномдық секвенирленуі және капиллярлық электрофорез арқылы тандемдік қайталануларды дифференциациялау әдістерімен жүзеге асырылады. Жүзеге асырылатын жобаның негізгі нәтижесі толық геномдық секвенирлеудегі тандемдік қайталануларды идентификациялауға арналған ашық қол жетімді және пайдаланушы интерфейсі бар бағдарламалық қамтама болады. Бағдарламалық жасақтама тандемдік қайталанулармен мақсатты локустардың әртүрлілігін, соның ішінде толық геномдық секвенирлеудің бастапқы деректерінде идентификациялауға және идентификацияланған нұсқаларға статистикалық талдау жасауға мүмкіндік береді.

The main constructive and technical economic indicators (in Russian) : Разработанный нами программный продукт, позволяющий идентифицировать целевые тандемные повторы с пользовательским интерфейсом в открытом интернет-ресурсе, позволит создать уникальный инструмент для решения широких задач по генотипированию геномов эукариот и прокариот, в том числе для анализа генома человека.

The main constructive and technical economic indicators (in Kazakh) : Біз әзірлеген, ашық интернет-ресурста қолданушы интерфейсімен мақсатты тандемдік қайталануларды анықтауға мүмкіндік беретін бағдарламалық өнім эукариоттар мен прокариоттар геномдарын генотиптеу, соның ішінде адам геномын талдау бойынша кең ауқымды мәселелерді шешудің бірегей құралын жасауға мүмкіндік береді.

Level of implementation (in Russian) :

Level of implementation (in Kazakh) :

Efficiency (in Russian) :

Efficiency (in Kazakh) :

Field of application (in Russian) : Область применения разработанного программного обеспечения: биоинформатика, медицинская и сельскохозяйственная генетика, генетика микроорганизмов. Результаты этого проекта имеют большое значение, в том числе, для фундаментальных наук. Программное обеспечение позволит эффективно идентифицировать тандемных повторов и установлению ассоциаций между разнообразием тандемных повторов с генетическими заболеваниями человека и с генетическим разнообразием микроорганизмов и их патогенностью. Реализация проекта позволит усилить направление биоинформатики в ведущем вузе страны и создаст платформу для специализации и профориентации обучающихся.

Field of application (in Kazakh) : Әзірленген бағдарламалық қамтамасыз етуді қолдану саласы: биоинформатика, медициналық және ауылшаруашылық генетика, микроорганизмдердің генетикасы. Бұл жобаның нәтижелері, соның ішінде іргелі ғылымдар үшін үлкен маңызға ие. Бағдарламалық жасақтама тандемдік қайталануларды тиімді идентификациялауға және тандемдік қайталанулардың әртүрлілігі арасында адамның генетикалық ауруларымен және микроорганизмдердің генетикалық әртүрлілігімен және олардың патогенділігі арасында ассоциация орнатуға мүмкіндік береді. Жобаны іске асыру еліміздің жетекші ЖОО-да биоинформатика бағытын күшейтуге мүмкіндік береді және білімалушыларды мамандандыру мен кәсіптік бағдарлау үшін платформа әзірленеді.