Inventory number IRN Number of state registration
0323РК00053 AP13068118-KC-23 0122РК00137
Document type Terms of distribution Availability of implementation
Краткие сведения Gratis Number of implementation: 0
Not implemented
Publications
Native publications: 0
International publications: 0 Publications Web of science: 0 Publications Scopus: 0
Patents Amount of funding Code of the program
0 23000000 AP13068118
Name of work
Поиск генов, связанных с хозяйственно-ценными признаками сои (Glycine max (L.) Merr.), на основе использования ресеквенирования полного генома мировой коллекции
Type of work Source of funding Report authors
Applied Затыбеков Алибек Камзабекович
0
0
0
0
Customer МНВО РК
Information on the executing organization
Short name of the ministry (establishment) МНВО РК
Full name of the service recipient
Республиканское Государственное предприятие на праве хозяйственного ведения "Институт Биологии и биотехнологии растений"
Abbreviated name of the service recipient РГП на ПХВ «ИББР»
Abstract

Мировая коллекция сои, состоящая из 252 сортов и линий.

252 сорт пен линиядан тұратын сояның әлемдік коллекциясы.

Идентификация локусов количественных признаков и генов, контролирующих продуктивность и качество, на основе ресеквенирования полного генома 252 образцов мировой коллекции сои и создания двух наборов KASP-маркеров по хозяйственно-ценным признакам для юго-востока и севера страны.

Сояның әлемдік коллекциясының 252 үлгісін толық геномдық ресеквенирлеу және елдің оңтүстік-шығысы мен солтүстігі үшін шаруашылық-құнды белгілері бойынша KASP-маркерлердің екі жиынтығын жасау негізінде өнімділік пен сапаны бақылайтын гендер мен сандық белгі локустарын анықтау.

Основные методы исследований – выделение тотальной ДНК и РНК, электрофорез в 1,5 % агарозном геле, ресеквенирование полного генома, популяционный анализ. Полевые опыты, структурный анализ урожайности. Статистическая обработка данных ресеквенирования полного генома с использованием прикладных программ snpEff, GATK, VCFtools. Полногеномный анализ ассоциации методом BLINK с использованием прикладной программы GAPIT на платформе R.

Зерттеудің негізгі әдістері – ДНҚ және РНҚ бөлу, 1,5 % агарозды гельдегі электрофорез, толық геномды ресеквенирлеу, популяциялық талдау. Далалық тәжірибелер, өнімділікті құрылымдық талдау. snpEff, GATK, VCFtools қолданбалы бағдарламаларын пайдалана отырып, толық геномды ресеквенирлеу деректерін статистикалық өңдеу. R платформасындағы GAPIT қолданбалы бағдарламасын пайдалана отырып, BLINK әдісін қолдану арқылы ассоциялардын толық геномдық талдау.

В результате полевых испытаний 252 образцов мировой коллекции сои в Алматинской и Костанайской областях проведена сравнительная оценка вегетационных периодов и компонентов продуктивности исследуемых образцов. В северном регионе вызрел только 116 образцов, что составило 46,03 %. Наиболее высокие показатели по хозяйственно-ценным признакам наблюдали в Алматинской области. В результате полногеномного ресеквенирования было идентифицировано более 4,5 млн SNP-маркеров, из которых после первичной обработки осталось 2 542 569 SNP-маркеров. Проведен полногеномный анализ ассоциаций, в результате чего идентифицировано 56 ассоциаций с хозяйственно-ценными признаками. Продолжены работы по выделению и очистке ДНК и РНК из образцов коллекции сои и дополнительных гибридных популяций на различных стадиях развития растений. Проведена валидация 5 KASP-маркеров на гибридной популяции Зара х Малета. Осуществлен анализ RT-PCR (количественный ПЦР с обратной транскрипцией) с использованием 3 пар праймеров, связанных с признаками устойчивости к болезням.

Алматы және Қостанай облыстарында дүниежүзілік соя коллекциясының 252 үлгісін далалық сынау нәтижесінде зерттелетін үлгілердің вегетациялық кезеңдері мен өнімділік компоненттеріне салыстырмалы бағалау жүргізілді. Солтүстік өңірде 116 сынама ғана пісіп, 46,03% құрады. Экономикалық құнды сипаттамалар бойынша ең жоғары көрсеткіштер Алматы облысында басым болды. Толық геномды ресеквенирлеу нәтижесінде 4,5 миллионнан астам SNP-маркерлері анықталды, оның ішінде бастапқы өңдеуден кейін 2 542 569 SNP-маркерлері қалды. Ассоциацияларды толық геномдық талдау жүргізілді, нәтижесінде экономикалық құнды белгілерімен байланысты 56 ассоциация анықталды. Өсімдік дамуының әртүрлі кезеңдерінде соя коллекциясы мен қосымша гибридті популяциялардың үлгілерінен ДНҚ мен РНҚ бөлу және тазарту жұмыстары жалғастырылды. 5 KASP-маркерлері Зара х Малета гибридті популяциясында тексерілді. RT-ПТР (кері транскрипциялық сандық ПТР) талдауы ауруға төзімділігіне байланысты 3 жұп праймерді қолдану арқылы орындалды.

Коллекция сои, состоящая из 252 сортов и линий, в том числе 31 генотип из Казахстана, оцененные по времени вегетации, морфологическим признакам и компонентам продуктивности.

Вегетация уақыты, морфологиялық белгілері және өнімділік компоненттері бойынша бағаланған 252 сорт пен линиядан тұратын, оның ішінде Қазақстаннан 31 генотиптен тұратын соя коллекциясы.

Высокий отложенный эффект.

Жоғары кейінге қалдырылған әсер.

SNP-маркеры, идентифицированные на основе ПГАА мировой коллекции сои, могут быть использованы в селекционных программах, направленных на повышение продуктивности сои.

Дүниежүзілік соя коллекциясының АТГТ негізінде анықталған SNP-маркерлері соя өнімділігін арттыруға бағытталған селекциялық бағдарламаларда қолданылуы мүмкін.

генетика, селекция и семеноводство сои.

сояның генетикасы, селекциясы және тұқым шаруашылығы.

UDC indices
635.655:631.527:631.523.5:577.21
International classifier codes
34.15.23; 34.23.37; 34.23.41; 68.35.03;
Key words in Russian
Соя; ресеквенирование полного генома; продуктивность; качество; ассоциативное картирование; информативные ДНК-маркеры;
Key words in Kazakh
Соя; толық геномдық ресеквенирлеу; өнімділік; сапасы; ассоциятивтік карталау; ақпараттық ДНК-маркерлер;
Head of the organization Жамбакин Кабыл Жапарович Доктор биологических наук / профессор
Head of work Затыбеков Алибек Камзабекович PhD / нет