Inventory number IRN Number of state registration
0322РК01407 AP14869181-KC-22 0122РК00897
Document type Terms of distribution Availability of implementation
Краткие сведения Gratis Number of implementation: 0
Not implemented
Publications
Native publications: 0
International publications: 0 Publications Web of science: 0 Publications Scopus: 0
Patents Amount of funding Code of the program
0 11604522 AP14869181
Name of work
Изучение экогеномики микробиома лошадей Казахской породы методом NGS секвенирования
Type of work Source of funding Report authors
Applied Касымбекова Шинара Николаевна
0
0
2
1
Customer МНВО РК
Information on the executing organization
Short name of the ministry (establishment) МСХ РК
Full name of the service recipient
Некоммерческое акционерное общество "Казахский национальный аграрный исследовательский университет"
Abbreviated name of the service recipient НАО "КазНАИУ"
Abstract

Изучение метагенома аборигенных лошадей даст базовую эпизоотологическую информацию о патогенах, что позволит быстро идентифицировать возможные источники зоонозных инфекций и их последующий контроль.

Жергілікті жылқылардың метагеномасын зерттеу патогендер туралы негізгі эпизоотологиялық ақпаратты береді, бұл зооноздық инфекциялардың ықтимал көздерін және оларды бақылауды жылдам анықтауға мүмкіндік береді.

Целью проекта является изучение видового разнообразия сообществ микроорганизмов верхних дыхательных путей и кишечника аборигенных пород лошадей методом высокопроизводительного секвенирования нового поколения, идентификация возбудителей, включая некультивируемые, и биоинформатический анализ микробиома.

Жобаның мақсаты жоғары технологиялық секвенирлеулдің жаңа буынды әдісімен жылқының аборигендік тұқымдарының жоғарғы тыныс алу жолдары мен ішектеріндегі микроорганизмдерінің қауымдастықтарының әртүрлілігін зерттеу, культивациялауға келмейтін қоздырғыштарды сәйкестендіру және микробиоманы биоинформатикалық талдау болып табылады.

Выделение ДНК микроорганизмов с использованием коммерческого набора Microbiome DNA (Thermo Fisher). Оценка количественных и качественных показателей нуклеиновых кислот. Создание библиотек для NGS-секвенирования. Высокопроизводительное секвенирование, получение диаграммы, первичная обработка и анализ качества результатов. Сравнительное изучение сообществ микроорганизмов ассоциированных с аборигенными лошадьми Казахской породы, с различных регионов Казахстана, с помощью метагеномного анализа. Биоинформатический анализ микробиома: IGV, BLASTN, BLASTX, MEGA для эволюционного и филогенетического анализа микроорганизмов. Для биоинформационного анализа полученные последовательности будут собраны и обработаны в программе Geneious 11.0.

Коммерциялық Microbiome ДНҚ бөліп алуға арналған жиынтық (Термо Фишер) көмегімен микроорганизмдердің ДНҚ/РНҚ-сын алу. Нуклеин қышқылдарының сандық және сапалық көрсеткіштерін бағалау. NGS секвенирлеуге арналған кітапханаларды құру. Нәтижелерді жоғары өткізу қабілеттілігімен секвенирлеу, диаграмма сызу, алдын ала өңдеу және сапалық талдау. Метагеномикалық талдауды қолдана отырып, Қазақстанның әртүрлі аймақтарындағы қазақ тұқымды жылқылармен байланысты микроорганизмдер қауымдастығын салыстырмалы зерттеу. Микробиоманың биоинформатикалық талдауы: IGV, BLASTN, BLASTX, MEGA микроорганизмдердің эволюциялық және филогенетикалық талдауы үшін. Биоинформатикалық талдау үшін алынған реттіліктер жиналады және Geneious 11.0 бағдарламасында өңделеді.

Произведен ветеринарный осмотр в каждом хозяйстве, в составе выборки клинически здоровые лошади, взяты соответствующие образцы проб от 70 лошадей из различных регионов Казахстана (Мангыстауская, Павлодарская, Восточно-Казахстанская область). Выделение ДНК с использованием набора Microbiome DNA, оценка количественных и качественных показателей нуклеиновых кислот, приемлемая для создания библиотек. В результате реализации проекта, впервые ожидается получить метагеномный анализ верхних дыхательных путей и кишечника аборигенных лошадей различных регионов Казахстана.

Әрбір шаруашылықта клиникалық сау жылқылар іріктемесінің құрамында ветеринариялық тексеру жүргізілді, Қазақстанның әртүрлі өңірлерінен (Маңғыстау, Павлодар, Шығыс Қазақстан облысы) 70 жылқыдан тиісті сынама үлгілері алынды. Microbiome DNA жиынтығын қолдана отырып ДНҚ оқшаулау, кітапханаларды құруға қолайлы нуклеин қышқылдарының сандық және сапалық көрсеткіштерін бағалау. Жобаны іске асыру нәтижесінде алғаш рет Қазақстанның түрлі өңірлеріндегі жергілікті жылқылардың жоғарғы тыныс жолдары мен ішектеріне метагеномдық талдау алу күтілуде.

Экономический и социальный эффект. Реализация научных исследований будет способствовать обеспечению продовольственной безопасности Республики Казахстан и оказанию значительного экономического эффекта за счет повышения продуктивных качеств в коневодстве.

Экономикалық және әлеуметтік әсер. Ғылыми зерттеулерді іске асыру Қазақстан Республикасының азық-түлік қауіпсіздігін қамтамасыз етуге және жылқы шаруашылығындағы өнімділік қасиеттерін арттыру есебінен елеулі экономикалық әсер көрсетуге ықпал ететін болады.

Внедрение результатов проекта в селекционные процессы в коневодстве позволить увеличить объёмы и улучшить качество производимой продукции.

Жоба нәтижелерін Жылқы шаруашылығындағы селекциялық процестерге енгізу өндірілетін өнімнің көлемін ұлғайтуға және сапасын жақсартуға мүмкіндік береді.

Результаты данного проекта будут использованы в практике ветеринарных и научных прикладных работ по профилактике патологических состояний, связанных с нарушением кишечной флоры, а также по фаготерапии бактериальных инфекций лошадей и поспособствует интенсификации коневодства.

Бұл жобаның нәтижелері ішек флорасының бұзылуымен байланысты патологиялық жағдайлардың алдын алу, сондай-ақ жылқылардың бактериялық инфекцияларының фаготерапиясы бойынша ветеринариялық және ғылыми қолданбалы жұмыстардың тәжірибесінде пайдаланылатын болады және жылқы шаруашылығының қарқындылығына ықпал етеді.

Полученные результаты будут применены в хозяйствах, занимающихся разведением лошадей.

Алынған нәтижелер жылқы өсірумен айналысатын шаруашылықтарда қолданылатын болады.

UDC indices
УДК 636.13:575
International classifier codes
68.41.35;
Key words in Russian
ПЦР диагностика; NGS секвенирование; лошадь; биоинформатический анализ; метагеномика; микробиом;
Key words in Kazakh
ПТР диагностикасы; NGS секвенерлеу; жылқы; биоинформатикалық талдау; метагеномика; микробиом;
Head of the organization Исламов Есенбай Исраилович Доктор сельскохозяйственных наук / профессор
Head of work Касымбекова Шинара Николаевна Кандидат ветеринарных наук / нет