The object of research, development or design (in Russian) : опухолевые ткани, транскриптомные профили

The object of research, development or design (in Kazakh) : ісік тіндері, транскриптомдық профильдер

Aim of work (in Russian) : Основная цель проекта заключается в исследовании транскриптомных профилей казахстанских пациентов с плоскоклеточной формой рака пищевода и детальное изучение экспреcсии некодирующих РНК в сравнении с аденокарциномой пищевода

Aim of work (in Kazakh) : Жобаның негізгі мақсаты өңеш қатерлі ісігінің сквамозды жасушалық нысаны бар қазақстандық пациенттердің транскриптомдық профильдерін зерттеу және өңеш аденокарциномасымен салыстырғанда кодталмаған РНҚ өрнегін егжей-тегжейлі зерттеу болып табылады

Методы исследования (на русском) : полимеразная цепная реакция, секвенирование нового поколения, биоинформатические методы анализа данных секвенирования, Метод Независимых Компонент.

Методы исследования (на казахском) : полимеразды тізбекті реакция, жаңа буынның реттілігі, дәйектілік деректерін талдаудың биоинформатикалық әдістері, тәуелсіз компоненттер әдісі.

Obtained results and novelty (in Russian) : Проведено выделение РНК из нормальной и опухолевой тканей пищевода для образцов 004T, 004N, 015T, 015N, 016T, 016N, 018T, 018N. Качественная и количественная характеристика общей РНК проводилась несколькими методами: а) спектрофотометрически; б) флуорометрически. Уровень экспрессии генов MUC5B, TNXB, MMP3 и MAGEB2 в образцах 008T, 008N, 009T, 009N оценивали при помощи количественной PCR (RT-PCR) в режиме реального времени по технологии TaqMan на амплификаторе Real-Time CFX96. Восемь пар праймеров (4F3-R4, 4F3-R5, 4F4-R1, 4F4-R2, 4F5-R1, 4F5-R2, 5F2-R1, 5F1-R2) были отобраны для идентификации fusion-генов в опухолевых тканях с помощью ПЦР-амплификации и детекции в агарозном геле. Согласно протокола производителя TruSeq RNA Sample Preparation подготовлены библиотеки РНК для дальнейшего секвенирования на платформе Illumina MiSeq System. Проведено таргетное профилирование некодирующих РНК опухолевых образцов с помощью технологий секвенирования нового поколения. Проведена идентификация различных типов малых РНК в опухолевых тканях казахстанских пациентов с раком пищевода с применением методов биоинформатики. Анализ проведен согласно оптимизированному и установленному протоколу COMPRSA. Проведено применение Метода Независимых Компонент и рассчитаны независимые компоненты для выборочных наборов транскриптомов рака пищевода (GSE38129, GSE20347, GSE33426, GSE45670, GSE161533) в программной среде BIODICA.

Obtained results and novelty (in Kazakh) : 004t, 004N, 015T, 015N, 016T, 016N, 018T, 018N үлгілері үшін өңештің қалыпты және ісік тіндерінен РНҚ оқшаулау жүргізілді. жалпы РНҚ-ның сапалық және сандық сипаттамасы бірнеше әдістермен жүргізілді: А) спектрофотометриялық; б) флуорометриялық. 008T, 008N, 009T, 009N үлгілеріндегі muc5b, TNXB, MMP3 және MAGEB2 гендерінің экспрессия деңгейі нақты уақыт режимінде taqman технологиясы бойынша real-time cfx96 күшейткішінде сандық PCR (RT-PCR) көмегімен бағаланды. ПТР күшейту және агарозды гельді анықтау арқылы ісік тіндеріндегі fusion гендерін анықтау үшін сегіз жұп праймер (4F3-R4, 4F3-R5, 4F4-R1, 4F4-R2, 4F5-R1, 4F5-R2, 5F2-R1, 5F1-R2) таңдалды. TruSeq RNA Sample Preparation өндірушісінің хаттамасына сәйкес РНҚ кітапханалары illumina miseq system платформасында одан әрі секвенирлеу үшін дайындалған. Жаңа буын секвенирлеу технологияларын қолдана отырып, ісік үлгілерінің кодталмаған РНҚ-сына мақсатты профильдеу жүргізілді. Биоинформатика әдістерін қолдана отырып, өңеш қатерлі ісігі бар қазақстандық пациенттердің ісік тіндерінде шағын РНҚ-ның әртүрлі түрлерін сәйкестендіру жүргізілді. Талдау оңтайландырылған және белгіленген comprsa хаттамасына сәйкес жүргізіледі. Тәуелсіз компоненттер әдісі қолданылды және biodica бағдарламалық ортасында өңеш қатерлі ісігінің транскриптомдарының (GSE38129, GSE20347, GSE33426, GSE45670, GSE161533) іріктелген жиынтығы үшін тәуелсіз компоненттер есептелді.

The main constructive and technical economic indicators (in Russian) : Опубликована статья в рецензируемом научном издании BIOINFORMATICS (IF=6.931, CiteScore=13.4), входящем в Q1 квартиль в базе Web of Science и имеющей процентиль 99% по базе Scopus.

The main constructive and technical economic indicators (in Kazakh) : Мақала Web of Science базасында Q1 квартиліне кіретін және Scopus базасы бойынша 99% процентилі бар bioinformatics (IF=6.931, CiteScore=13.4) рецензияланған ғылыми басылымында жарияланған.

Level of implementation (in Russian) :

Level of implementation (in Kazakh) :

Efficiency (in Russian) :

Efficiency (in Kazakh) :

Field of application (in Russian) : биомедицина, геномика, транскриптомика, биоинформатика

Field of application (in Kazakh) : биомедицина, геномика, транскриптомика, биоинформатика