The object of research, development or design (in Russian) : лошади казахской породы типа жабе

The object of research, development or design (in Kazakh) : жабы типті қазақ тұқымды жылқылар

Aim of work (in Russian) : изучить генетическое разнообразие популяций казахской аборигенной лошади типа джабе на основе полногеномных данных SNP и выявить значимые вариации в кодирующих последовательностях генома, ассоциированные с их продуктивными качествами.

Aim of work (in Kazakh) : жабы типті қазақ аборигенді жылқының генетикалық әртүрлілігін SNP толық геномды деректерінің негізінде зерттеу және олардың өнімділік қасиеттерімен ассоцияциаланған кодтаушы бірізді геномдағы маңызды вариацияларды анықтау.

Методы исследования (на русском) : Первичный анализ, контроль качества и фильтрация данных проводились в GenomeStudio Genotyping Module v.2.0.4. Популяционно-генетический анализ включал определение общих популяционно-генетических параметров (ожидаемая и наблюдаемая гетерозиготность, неравновесность сцепления, межпопуляционный индекс фиксации Райта). Вычисления проведены в программе PLINK1.9, обобщены и визуализированы с использованием среды статистического программирования R с дополнительными пакетами «adegenet»⁠, «ape»⁠⁠, «ggplot2». Генетическая однородность исследуемой популяции проанализирована с использованием программы ADMIXTURE⁠⁠.

Методы исследования (на казахском) : Бастапқы талдау, сапаны бақылау және деректерді іріктеу GenomeStudio Genotyping Module V. 2.0.4-те жүргізілді. Популяциялық-генетикалық талдау жалпы популяциялық-генетикалық параметрлерді (күтілетін және бақыланатын гетерозиготалық, теңгерімсіздік тіркесі, Райттың популяция аралық фиксация индексі) анықтауды қамтыды. Есептеулер PLINK1.9 бағдарламасында жүргізілді, «adegenet», «ape», «ggplot2» қосымша пакеттері бар R статистикалық бағдарламасын пайдалана отырып жинақталды және көрнекіленді. Зерттелетін популяцияның генетикалық біртектілігі ADMIXTURE бағдарламасы арқылы талданды.

Obtained results and novelty (in Russian) : Анализ генетического разнообразия 500 лошадей казахской породы типа джабе показал отсутствие выраженной генетической структуры на уровне популяций. Вся исследуемая выборка лошадей джабе представляет собой более или менее однородный генофонд с умеренным уровнем индивидуальной изменчивости. Индекс фиксации Райта между популяциями лошадей джабе не превышал 0,0086, что указывает на их высокую степень сходства. Показатели ожидаемой и наблюдаемой гетерозиготности для джабе составили 0,3453 и 0,3496, соответственно, среди популяций эти показатели в среднем составляли 0,34. Сравнение генотипов джабе проводилось с данными зарубежных и отечественных пород лошадей. Анализ генетической структуры отечественных пород выявил то, что все рассматриваемые породы представляли собой единый относительно однородный генофонд. Сравнение с мировыми породами показало более высокий уровень индивидуальной изменчивости лошадей джабе и других отечественных пород. Наиболее генетически близкими породами к джабе, в соответствии с анализом ADMIXTURE и топологией дерева генетических расстояний, оказались монгольская и тувинская породы. Тувинская порода выделяется как подгруппа внутри смешанного кластера отечественных лошадей. Монгольская порода выделяется как сестринский кластер по отношению к кластеру отечественных лошадей. Научная новизна - впервые охарактеризовано генетическое разнообразие джабе, сопоставлены данные полногеномного SNP-генотипирования джабе с зарубежными и отечественными породами лошадей.

Obtained results and novelty (in Kazakh) : Жабы типіндегі қазақ тұқымының 500 жылқысының генетикалық әртүрлілігін талдау популяция деңгейінде айқын генетикалық құрылымның жоқтығын көрсетті. Жабы жылқыларының барлық зерттелетін іріктемесі жеке өзгергіштіктің орташа деңгейі бар азды-көпті біртекті гендік қорды қамтиды. Жабы жылқыларының Райттың популяция аралық фиксация индексі 0,0086-дан аспады, бұл олардың жоғары ұқсастығын көрсетеді. Жабы үшін күтілетін және бақыланатын гетерозиготалық көрсеткіштер сәйкесінше 0,3453 және 0,3496 болды, популяциялар арасында бұл көрсеткіштер орташа есеппен 0,34 құрады. Жабы генотиптерін салыстыру шетелдік және отандық жылқы тұқымдарының деректерімен жүргізілді. Отандық тұқымдардың генетикалық құрылымын талдау қарастырылып отырған барлық тұқымдардың біртұтас салыстырмалы біртекті гендік қордың бар екенін анықтады. Әлемдік тұқымдармен салыстыру жабы жылқыларының және басқа отандық тұқымдардың жеке өзгергіштігінің жоғары деңгейін көрсетті. ADMIXTURE талдауы мен генетикалық қашықтық ағашының топологиясына сәйкес, жабы типіне генетикалық жағынан ең жақын тұқымдар, моңғол және тува тұқымдары болып шықты. Тува тұқымы отандық жылқылардың аралас кластерінің ішіндегі кіші топ ретінде ерекшеленеді. Моңғол тұқымы отандық жылқылар кластеріне қатысты туыстас кластер ретінде ерекшеленеді. Ғылыми жаңалық – жабының генетикалық әртүрлілігі алғаш рет сипатталды, жабының шетелдік және отандық жылқы тұқымдарымен толық геномдық SNP генотиптеу деректері салыстырылды.

The main constructive and technical economic indicators (in Russian) : Полученные результаты дадут представление о происхождении лошадей казахской породы типа джабе и генетическом механизме формирования их продуктивных качеств. SNP-маркеры, которые будут выявлены в исследовании, помогут разработать стратегии сохранения различных местных пород лошадей. Проведение генетического тестирования лошадей по маркерам в раннем возрасте повысит интенсивность селекции в коневодстве, позволит спрогнозировать продуктивные качества, повысив рентабельность производства. Внедрение результатов проекта в селекционные процессы в коневодстве позволить увеличить объёмы и улучшить качество производимой продукции.

The main constructive and technical economic indicators (in Kazakh) : Алынған нәтижелер жабы типіндегі қазақ тұқымды жылқылардың шығу тегі және олардың өнімділік қасиеттерін қалыптастырудың генетикалық механизмі туралы түсінік береді. Зерттеуде анықталатын SNP маркерлері әртүрлі жергілікті жылқы тұқымдарын сақтау стратегияларын дамытуға көмектеседі. Жылқыларды маркерлер бойынша ерте жаста генетикалық тестілеу жылқы шаруашылығындағы селекцияның қарқындылығын арттырады, өндірістің рентабельділігін арттыра отырып, өнімді қасиеттерді болжауға мүмкіндік береді. Жоба нәтижелерін жылқы шаруашылығындағы селекциялық процестерге енгізу өндірілетін өнімнің көлемін ұлғайтуға және сапасын жақсартуға мүмкіндік береді.

Level of implementation (in Russian) :

Level of implementation (in Kazakh) :

Efficiency (in Russian) :

Efficiency (in Kazakh) :

Field of application (in Russian) : Целевыми потребителями результатов проекта являются исследователи геномики лошадей, владельцы и заводчики лошадей, сельскохозяйственные предприятия, занимающиеся разведением лошадей, а также научно-исследовательские институты.

Field of application (in Kazakh) : Жоба нәтижелерінің мақсатты тұтынушылары — жылқы геномикасын зерттеушілер, жылқы иеленушілері мен селекционерлері, жылқы өсіретін ауылшаруашылық кәсіпорындары және ғылыми-зерттеу институттары.