The object of research, development or design (in Russian) : РНК, выделенная из назофарингеальных смывов от людей.

The object of research, development or design (in Kazakh) : Адамдардан мұрын-жұтқыншақ жағындыларынан бөлінген РНҚ.

Aim of work (in Russian) : Провести популяционные исследования в отношении генотипов SARS-CoV-2, циркулировавших в Казахстане во время пандемии 2020 г., анализ их субгеномных характеристик и получить рекомбинантные белки SARS-CoV-2 для выработки научно-обоснованных подходов к диагностике COVID-19.

Aim of work (in Kazakh) : 2020 жылғы пандемия кезінде Қазақстанда айналымда болған SARS-CoV-2 генотиптеріне қатысты популяциялық зерттеулер жүргізу, олардың субгеномдық сипаттамаларын талдау және COVID-19 диагностикасына ғылыми негізделген тәсілдерді әзірлеу үшін рекомбинантты SARS-CoV-2 ақуыздарын алу.

Методы исследования (на русском) : Компьютерный анализ нуклеотидных последовательностей, выделение РНК из биологического материала, обратная транскрипция, PCR, RT-qPCR, электрофорез нуклеиновых кислот в агарозном и полиакриламидном геле, спектрофотометрический анализ, секвенирование ДНК по Сэнгеру, секвенирование нового поколения (NGS), статистический анализ данных.

Методы исследования (на казахском) : Нуклеотидтер тізбегін компьютерлік талдау, биологиялық материалдан РНҚ оқшаулау, кері транскрипция, PCR, RT-qPCR, агарозды және полиакриламидті гельдегі нуклеин қышқылының электрофорезі, спектрофотометриялық талдау, Сенгер ДНҚ секвенциясы, жаңа буын секвенциясы (NGS), статистикалық деректерді талдау.

Obtained results and novelty (in Russian) : Разработаны и синтезированы видоспецифические и универсальные праймеры и зонды: для детекции коронавирусов всех известных групп к локусу Hel гена RdRp; для выявления мутации “23403A>G”(S:D614G); для выявления наиболее важных однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) вариантов SARS-CoV-2, определенных ВОЗ в качестве нотифицируемых (VOCs) для альфа (B.1.1.7), бета (B1.351), гамма (B.1.1.248), дельта (B.1.617+) и омикрон (B.1.1.529) вариантов. Проведено ПЦР-типирование положительных на SARS-CoV-2 образцов на различных этапах пандемии в Казахстане. На 50 положительных образах с апреля по сентябрь 2020 года проведен анализ по выявлению мутации 23403A>G”(S:D614G). Выявлен лишь один образец, не содержащий мутацию. На различных этапах развития пандемии на репрезентативной выборке положительных образцов от 200 пациентов проведено типирование по VOCs. Выявлены: 1 бета (B1.351), 37 альфа (B.1.1.7), 25 дельта (B.1.617+) и 39 омикрон (B.1.1.529) вариантов, вариант гамма (B.1.1.248) не выявлен. Для оценки уровней экспрессии субгеномных РНК SARS-CoV-2 были разработаны, синтезированы и очищены: общий форвард-праймер на 5’НТП (для геномной и субгеномных РНК), а также праймеры и пробы для детекции геномной и субгеномных РНК с генов E, M и N. Для 3 пациентов проведена оценка уровней экспрессии субгеномных РНК на различных стадиях болезни по сравнению с уровнем экспрессии с геномной РНК вместе с субгеномными РНК для генов E и N. Статистически значимых отличий выявлено не было.

Obtained results and novelty (in Kazakh) : Rdrp генінің Hel локусына барлық белгілі топтардың коронавирустарын анықтауға жарамды түрге тән және әмбебап праймерлер; «23403A>G» (S:D614G) мутациясын анықтау үшін; ДДҰ нотификацияланатын (VOCs) ретінде анықталған SARS-CoV-2 нұсқаларының ең маңызды бір нуклеотидті полиморфизмдерін (SNP) анықтау үшін (альфа (B. 1.1.7), бета (B1.351), гамма (B.1.1.248), дельта (B. 1.617+) және омикрон (B. 1.1.529) нұсқалары) праймерлер мен зондтар әзірленді, синтезделді және тазартылды. Қазақстанда пандемияның әртүрлі кезеңдерінде алынған үлгілерден бөлінген вирустық РНҚ-ға ПТР типтеу жүргізілді. 2020 жылғы сәуір-қыркүйек 50 оң үлгілері «23403A>G» мутациясын (S:D614G) анықтау үшін талданды. Тек бір ғана мутациясы жоқ үлгі табылды. Пандемиясының дамуының әртүрлі кезеңдерінде 200 оң жауап берген үлгілердің репрезентативті үлгісі жасалды, VOC-қа типтеу қатысты жүргізілді. 1 бета (B1.351). 37 альфа (B. 1.1.7), 25 дельта (B. 1.617+), 39 омикрон (B. 1.1.529) нұсқасылары анықталды, гамма нұсқасы (B. 1.1.248) анықталған жоқ. SARS-CoV-2 субгеномдық РНҚ деңгейлерін бағалау үшін 5' НТП ортақ праймер және E, M және N вирусының субгеномдық және геномдық РНҚ-сын анықтау үшін праймерлер мен зондтар әзірленді, синтезделді және тазартылды. 3 науқас үшін аурудың әртүрлі кезеңдеріндегі субгеномдық РНҚ экспрессия деңгейлері E және N гендері үшін субгеномдық РНҚ-мен бірге геномдық РНҚ-мен экспрессия деңгейімен салыстырылды.Статистикалық маңызды айырмашылықтар табылмады.

The main constructive and technical economic indicators (in Russian) : Синтезировано и очищено 13 праймеров и 6 флуоресцентно меченых пробы для детекции геномной и трех субгеномных РНК SARS-CoV-2 методом RT-qPCR и 30 праймеров для типирования вариантов VOC SARS-CoV-2 методом классической PCR. Разработаны 4 стандартные операционные процедуры (СОП) для детекции и генетической характеризации SARS-CoV-2, а также создания РНК-контролей методом транскрипции in vitro.

The main constructive and technical economic indicators (in Kazakh) : SARS-COV-2 геномдық және үш субгеномдық РНҚ-ны RT-qPCR әдісімен анықтау үшін 13 праймер және 6 флуоресцентті таңбаланған сынама және классикалық PCR әдісімен SARS-CoV-2 VOC нұсқаларын типтеуге арналған 30 праймер синтезделді және тазартылды. SARS-CoV-2 анықтау және генетикалық сипаттау, сондай-ақ in vitro транскрипция әдісімен РНҚ бақылауларын жасау үшін 4 стандартты операциялық процедура (SOP) әзірленді.

Level of implementation (in Russian) : Не внедрено.

Level of implementation (in Kazakh) : Енгізілмеген.

Efficiency (in Russian) : Все запланированные работы выполнены в срок.

Efficiency (in Kazakh) : Барлық жоспарланған жұмыстар уақытында орындалды

Field of application (in Russian) : Эпидемиология, молекулярная генетика, вирусология.

Field of application (in Kazakh) : Эпидемиология, молекулалық генетика, вирусология.