The object of research, development or design (in Russian) : Паттерны раковых мутаций

The object of research, development or design (in Kazakh) : Қатерлі ісік мутациясының ерекшеліктер

Aim of work (in Russian) : Этот проект направлен на характеризацию паттернов раковых мутаций и включает три взаимодополняющие цели: (i) анализ полногеномных данных раковых мутаций, (ii) новый пакет программного обеспечения для анализа и моделирования кластерных мутаций, (iii) новые человеческие клеточные линии для экспериментальных исследований мутагенеза.

Aim of work (in Kazakh) : Бұл жоба қатерлі ісіктің кластерлік мутациясының ерекшеліктерін сипаттауға бағытталған және үш қосымша мақсаттан тұрады: (i) қатерлі ісік ауруының толық геномды мутациялар деректер жиынтығын талдау; (ii) кластерлі мутацияны талдау мен модельдеуге арналған жаңа бағдарламалық пакеттер, (iii) эксперименттік мутагенезді зерттеу үшін жаңа адам жасушасының бағыттары.

Методы исследования (на русском) : Компьютерный анализ данных полногеномного секвенирования и кластеров раковых мутаций

Методы исследования (на казахском) : Толық геном бойынша секвенирлеу деректерін және қатерлі ісік мутациясының кластерлерін компьютерлік талдау

Obtained results and novelty (in Russian) : Расширен набор данных полногенномного секвенирования для пациентов с дефектами в генах репарации ДНК. Разработана программа для обогащения данных мутаций дополнительными данными аннотаций генома, в частности данных CDS и экспрессии генов. Создан комплекс программ для обработки данных раковых мутаций из исходных файлов данных в формате VCF, включающий определение последовательностей соседних нуклеотидов для каждой мутации, определение кластеров мутаций, вычисление расстояний между мутациями, и т.д. Создана программа моделирования раковых мутаций по оригинальной методике перестановок мутаций пациентов. Проведены работы по созданию экспериментальных человеческих клеточных линий с перепроизводством синтетических белков семейства NEIL - ДНК гликозилаз, играющих важную роль в некоторых процессах репарации ДНК. Проведен анализ данных применения вакцины Спутник 5. Исследованы ssDNA аптамеры для белка Carcinoembryonic Antigen. Опубликованы 4 статьи c благодарностью гранту в зарубежных журналах индексируемых WebOfScience и Scopus

Obtained results and novelty (in Kazakh) : ДНҚ қалпына келтіру гендерінде ақауы бар емделушілерге арналған геномды секвенирлеу деректерінің толық жиынтығы кеңейтілді. Мутация деректерін қосымша геномдық аннотация деректерімен, атап айтқанда CDS деректерімен және ген экспрессиясымен байытуға арналған бағдарлама әзірленді. VCF пішіміндегі бастапқы деректер файлдарынан онкологиялық мутация деректерін өңдеуге арналған бағдарламалық пакет жасалды, оның ішінде әрбір мутация үшін көрші нуклеотидтердің ретін анықтау, мутация кластерлерін анықтау, мутациялар арасындағы қашықтықты есептеу және т.б. Пациент мутацияларын қайта реттеудің бастапқы әдісіне сәйкес қатерлі ісік мутацияларын модельдеу бағдарламасы жасалды. Кейбір ДНҚ репарация процестерінде маңызды рөл атқаратын NEIL тұқымдасының синтетикалық ақуыздары – ДНҚ гликозилазаларының шамадан тыс өндірілуімен адамның эксперименттік жасушалық желілерін құру бойынша жұмыстар жүргізілді. Спутник 5 вакцинасын қолдану деректеріне талдау жасалды. Карциноэмбриондық антиген ақуызына арналған ssDNA аптамерлері зерттелді. Грантқа алғыспен 4 мақала WebOfScience және Scopus арқылы индекстелген шетелдік журналдарда жарияланды.

The main constructive and technical economic indicators (in Russian) : Опубликованы 4 статьи c благодарностью гранту в зарубежных журналах индексируемых WebOfScience и Scopus

The main constructive and technical economic indicators (in Kazakh) : Грантқа алғыспен 4 мақала WebOfScience және Scopus арқылы индекстелген шетелдік журналдарда жарияланды.

Level of implementation (in Russian) : Проект фундаментальный, внедрение не предусмотрено

Level of implementation (in Kazakh) : Іргелі жоба, іске асыру көзделмеген

Efficiency (in Russian) : Эффективность научной работы высокая

Efficiency (in Kazakh) : Ғылыми жұмыстың тиімділігі жоғары

Field of application (in Russian) : Биоинформатика, анализ данных полногеномного севенирования рака

Field of application (in Kazakh) : Биоинформатика, қатерлі ісік толық геномды секвенирлеу деректерін талдау