Inventory number | IRN | Number of state registration |
---|---|---|
0222РК00151 | AP08053387-OT-22 | 0120РК00139 |
Document type | Terms of distribution | Availability of implementation |
Заключительный | Gratis | Number of implementation: 0 Not implemented |
Publications | ||
Native publications: 0 | ||
International publications: 1 | Publications Web of science: 0 | Publications Scopus: 1 |
Number of books | Appendicies | Sources |
1 | 0 | 36 |
Total number of pages | Patents | Illustrations |
49 | 0 | 16 |
Amount of funding | Code of the program | Table |
18460630.17 | AP08053387 | 0 |
Name of work | ||
Разработка программного комплекса для обработки микроскопических изображений фокальных контактов | ||
Report title | ||
Type of work | Source of funding | The product offerred for implementation |
Fundamental | Автоматизированная система | |
Report authors | ||
Уразбаев Аршат Орынбасарович , Рамазанова Замарт Елтаевна , Байкен Елдар Дәуренбекұлы , Жуламанова Айнур , Әшімова Әсем Нұржанқызы , Мыңбай Асхат Мақсұтұлы , | ||
0
1
3
0
|
||
Customer | МНВО РК | |
Information on the executing organization | ||
Short name of the ministry (establishment) | Нет | |
Full name of the service recipient | ||
Частное учреждение "National Laboratory Astana" | ||
Abbreviated name of the service recipient | National Laboratory Astana | |
Abstract | ||
Фокальные контакты обеспечивают сильное прикрепление клеток к внеклеточному матриксу и участвуют в передаче механического напряжения на мембране клетки. Они задействованы во многих сигнальных путях клетки, в частности, активирующихся в ответ на механический стресс. Фокалды байлыныстар жасушадан тыс матрицаға күшті бекітуді қамтамасыз етеді және жасуша мембранасында механикалық кернеудің берілуіне қатысады. Олар жасушаның көптеген сигналдық жолдарына қатысады, атап айтқанда механикалық кернеуге жауап ретінде белсендіріледі. Разработка программного комплекса для полностью автоматизированной обработки снимков фокальных контактов, где на входе будут сами микроскопические снимки, а на выходе будут получены обработанные характеристики биологических объектов. Фокалды байлыныстардың кескіндерін толықтай автоматтандырылған өңдеуге арналған бағдарламалық жасақтама жасау болып табылады, мұнда кірісте микроскопиялық кескіндер болады, ал биологиялық объектілердің өңделген сипаттамалары шығарылған кезде алынады В ходе работы мы будут максимально использованы уже существующие наработки. В рамках сотрудничества с Лабораторией биофотоники и имиджинга мы уже разработали и применили программный трекер комет. Объем данных, которые необходимо обработать для получения более или менее целостной картины свойств комет измеряется миллионами обработанных случаев. Применение машинной обработки дает прекрасный результат: в частности было подтверждено наличие зависимости длины комет от ее скорости. Для этого было обработано несколько миллионов измерений скорости и длины комет. Жұмыс барысында қолданыстағы тәжірибені барынша қолданылады. Биофотоника және кескіндеме зертханасымен ынтымақтастық аясында бізде кометалық бағдарламаны бақылайтын құрал әзірленеді және қолданылады. Фокустық байланыстардағыдай, кометалардың қасиеттері туралы көбірек немесе азырақ суретті алу үшін өңделуі керек деректер миллиондаған өңделген жағдайда өлшенеді. Машиналарды өңдеуді қолдану тамаша нәтиже берді: атап айтқанда, кометалардың ұзындығының оның жылдамдығына тәуелділігі бар екендігі расталды. Бұл үшін кометалардың жылдамдығы мен ұзындығының бірнеше миллион өлшемдері өңделді. В 2020-2022 гг. в рамках выполнения проекта все проведенные исследования полностью выполнены в соответствии с календарным планом проекта. Написаны и реализованы все части программного кода относящимся к обработке ФК. Реализована часть, относящая к предварительной обработки сигнала, фильтрация и в том числе стабилизация изображения с помощью кросскорреляционной функции и последующем смещении матрицы. Реализована процесс сегментация изображения, основанный на food-fill алгоритме, при добавлении только пикселов, по интенсивности ниже, чем текущая точка. Это позволяет сегментировать изображения на основе максимума. Так же доработан сам трекер, который позволил получить все основные параметры ФК: скорость, время жизни, интегральную и полную яркость, пространственные параметры ФК. 2020-2022 жж жоба аясында жүргізілген барлық зерттеулер жоба кестесіне сәйкес толығымен аяқталды. ФҚ өңдеуге қатысты программалық кодтың барлық бөліктері жазылды және енгізілді. Сигналдарды алдын ала өңдеуге, сүзуге, соның ішінде кросс-корреляция функциясын пайдаланып кескінді тұрақтандыруға және кейінгі матрицаны ауыстыруға қатысты бөлік іске асырылды. Тамақты толтыру алгоритміне негізделген кескінді сегменттеу процесі жүзеге асырылады, тек пикселдерді қосқанда, қарқындылық ағымдағы нүктеден төмен. Бұл кескіндерді максимум негізінде сегменттеуге мүмкіндік береді. Трекердің өзі де жетілдірілді, бұл ДК-нің барлық негізгі параметрлерін алуға мүмкіндік берді: жылдамдық, қызмет ету мерзімі, интегралды және жалпы жарықтық, ДК-нің кеңістіктік параметрлері. Проведены исследования ФК, в частности подтверждена гипотеза о treadmiling и найдено минимальное значение времени жизни ФК, Найдены так же пока не объясненные зависимости суммарного времени жизни ФК агломерации от усредненной мощности излучения. ФК зерттеулері жүргізілді, атап айтқанда, жүгіру гипотезасы расталды және ФК өмір сүру ұзақтығының минималды мәні табылды.ФК агломерациясының жалпы қызмет ету уақытының орташа радиациялық қуатқа тәуелділігі, олар әлі анықталмаған. түсіндіріледі, сонымен қатар табылды. Не внедрено Еңгізілбенген Сам по себе топологический подход для треккера доказал свою эффективность и так же будет применен для исследования фокальных контактов. Треккерге арналған топологиялық әдіс өз тиімділігін дәлелдеді және сонымен бірге фокалды байланыстарды зерттеуге де қолданылады. Основные потенциальные потребители результатов исследования – ученые, биологи-микроскописты, исследователи, студенты, магистранты, доктаранты, профессора, ИТ инженеры, специалисты по анализа данных и процессов. Зерттеу нәтижелерінің негізгі әлеуетті тұтынушылары ғалымдар, микроскопист-биологтар, зерттеушілер, студенттер, магистранттар, докторанттар, профессорлар, IT-инженерлер, деректер және процесс талдаушылары болып табылады. |
||
UDC indices | ||
576; 519.7 | ||
International classifier codes | ||
28.29.00; | ||
Readiness of the development for implementation | ||
Key words in Russian | ||
Распознавание образов; Oбработка изображений; Цитология; Фокальные контакты; Микроскопия; | ||
Key words in Kazakh | ||
Үлгіні тану; Cуретті өңдеу; Цитология; Фокустық байланыстар; Микроскопия; | ||
Head of the organization | Сарбассов Дос | Доктор медицинских наук, Ph.D. / профессор |
Head of work | Уразбаев Аршат Орынбасарович | Кандидат физико-математических наук / нет |
Native executive in charge |