The object of research, development or design (in Russian) : Образцы РНК и нозфарингиальные смывы отобранные от пациентов с установленным диагнозом COVID-19

The object of research, development or design (in Kazakh) : COVID-19 диагнозы бар науқастардан жиналған РНҚ үлгілері және мұрын-жұтқыншақ жағындылары

Aim of work (in Russian) : Изучение генетического разнообразия вируса SARS-CoV-2 в Казахстане методом полногеномного секвенирования

Aim of work (in Kazakh) : Қазақстандағы SARS-CoV-2 вирусының генетикалық әртүрлілігін толықгеномды секвенирлеу арқылы зерттеу

Методы исследования (на русском) : При проведении исследований применены вирусологические, генетические и биоинформатические методы.

Методы исследования (на казахском) : Зерттеу барысында вирусологиялық, генетикалық және биоинформатикалық әдістер қолданылды.

Obtained results and novelty (in Russian) : Были продолжены работы по сбору 100 охарактеризованных образцов от пациентов с установленным диагнозом COVID-19 из регионов и городов Казахстана на протяжении 2021-2022 годов. За отчётный период 2022 года нами были секвенированы 51 образцов вируса SARS-CoV-2 на платформе MiSeq и 90 образцов вируса SARS-CoV-2 на платформе Oxford Nanopore Technologies. В общей сложности были получены 141 полногеномных последовательностей вируса SARS-CoV-2 с длинами геномов не менее 29300 п.н. выделенных на территории Казахстана в 2022 году. Полученные данные были депонированы в базе GISAID под инвентарными номерами: EPI_ISL_13612374–EPI_ISL_13822847 и EPI_ISL_15727564–EPI_ISL_15727653. Согласно системе классификации Nextstrain, циркулирующие генотипы представлены вариантом Omicron – 141 образец (клада 21K – 84 образца, клада 21L – 17 образцов, клада 22В – 40 образцов).Согласно системе классификации Pango, доминирующие генотипы были представлены линиями BA.1.1 (75 образцов), BA5.2 (30 образцов) и BA.2 (17 образцов). Остальные генотипы были представлены линиями: BA.5.1 (7 образцов), BA.1.1.15 (6 образцов), BA.1, BA.5.2.1 и BA.5.8 (по 2 образца), BA.1.15 и BE.1 (по 1 образцу).

Obtained results and novelty (in Kazakh) : Қазақстанның қалаларынан және аймақтарынан 2021-2022 жылдар аралығында COVID-19 диагнозы қойылған пациенттерден 100 сипатталған үлгілерді жинау бойынша жұмыс жалғастырылуда. 2022 жылдық есеб кезеңінде SARS-CoV-2 вирусының 51 үлгісі MiSeq платформасында, сонымен қатар 90 үлгі Oxford Nanopore Technologies бойынша секвенерлеу жүргізілді. Нәтижесінде SARS-CoV-2 вирусының геном ұзындығы 29300 ж.н құрайтын 141 толықгеномды тізбегі алынды. Алынған деректер EPI_ISL_13612374–EPI_ISL_13822847 және EPI_ISL_15727564–EPI_ISL_15727653 инвентарлы нөмірлері бойынша GISAID дерекқорына енгізілді. Nextstrain жіктеу жүйесіне сәйкес айналымдағы генотиптер Omicron вариантына жатады – 141 үлгі (84 үлгі-21K клады, 17 үлгі-21L клады,40 үлгі -22В клады).Pango жіктеу жүйесіне сәйкес басым генотиптер BA.1.1 (75 үлгі), BA5.2 (30 үлгі) және BA.2 (17 үлгі) линияларына жатады. Қалған генотиптер келесі линияларға жатады: BA.5.1 (7 үлгі), BA.1.1.15 (6 үлгі), BA.1, BA.5.2.1 және BA.5.8 (әрқайсысы 2 үлгі), BA.1.15 және BE .1 (1 үлгіде) .

The main constructive and technical economic indicators (in Russian) : Молекулярная эпидемиология с использованием данных всего генома является самым перспективным и дискриминационным методом. Позволяет одновременно ответить на все вопросы от происхождения штамма до его генетических особенностей, связанных с вирулентностью и лекарственной устойчивостью.

The main constructive and technical economic indicators (in Kazakh) : Тұтас геном деректерін пайдаланатын молекулярлық эпидемиология ең перспективалы және кемсітетін әдіс болып табылады. Штамның шығу тегінен бастап оның вируленттілік пен дәріге төзімділігіне байланысты генетикалық сипаттамаларына дейінгі барлық сұрақтарға бір уақытта жауап беруге мүмкіндік береді.

Level of implementation (in Russian) : Не внедрено

Level of implementation (in Kazakh) : Жұзеге асырылмаған

Efficiency (in Russian) : Эффективность заключается во внедрении в клиническую практику протокола полногеномного секвенирования вируса SARS-Cov-2, что будет способствовать развитию молекулярной эпидемиологии в Казахстане.

Efficiency (in Kazakh) : Тиімділігі Қазақстанда молекулярлық эпидемиологияның дамуына ықпал ететін SARS-CoV-2 вирусының толықгеномды секвенерлеу хаттамасын клиникалық тәжірибеге енгізуге негізделген.

Field of application (in Russian) : Диагностика и молекулярная эпидемиология

Field of application (in Kazakh) : Диагностикалау және молекулярлы эпидемиология