The object of research, development or design (in Russian) : Объектами исследования являлись образцы РНК выделенные изнозофарингиальных смывов пациентов с установленным диагнозом COVID-19.

The object of research, development or design (in Kazakh) : Зерттеу нысаны болып, COVID-19 диагнозы қойылған науқастардан алынған жұтқыншақ шайындысының РНҚ үлгілері табылады.

Aim of work (in Russian) : Цель проекта: изучить генетическое разнообразие вируса SARS-Cov-2 в Казахстане методом полногеномного секвенирования.

Aim of work (in Kazakh) : Жобаның мақсаты: Толықгеномды секвенерлеу әдісі бойынша Қазақстандағы SARS-Cov-2 вирусының генетикалық әралуандылығын зерттеу.

Методы исследования (на русском) : Поставленная цель и вытекающие из нее задачи были выполнены с использованием молекулярно-генетических и информационных методов.

Методы исследования (на казахском) : Алға қойылған мақсаттар мен одан туындайтын міндеттер молекулалық-генетикалық және ақпараттық әдістерді қолдану арқылы жүзеге асырылды.

Obtained results and novelty (in Russian) : В результате проведенных исследований были подобраны 39 пар праймеров, которые позволяют амплифицировать весь геном фрагментами до 1200 п.н с перекрытием не менее 100 п.н. Подобранные праймеры при проверке в PrimerBLAST не образовывали тугоплавкиедимеры с залипшими 3‘ концами, имели одинаковую температуру отжига и высокую расчетную эффективность.С использованием данных праймеров были оптимизированы условия постановки ПЦР и разработан протокол полногеномной амплификации вируса SARS-CoV-2 с использованием 3 мультиплексных реакций и одношаговой ОТ-ПЦР. Начаты работы по формированию коллекции образцов РНК от пациентов с установленным диагнозом COVID-19cанамнезом течения инфекции. Всего собрано 30 образцов. Образцы РНК были использованы для полногеномной амплификации с использованием разработанного протокола, а также для последующего секвенирования на NGSсеквенатореMiSeq. Были получены полногеномные последовательности 30 образцов вируса SARS-CoV-2. Получены результаты распределения генотипов вируса SARS-CoV-2 в 2021 году в различных регионах Казахстана, и определены особенности циркулирующих генотипов в сравнение с мировыми данными. Выявлены ассоциации с течением болезни и генотипом. Новизна результатов: подобраны праймеры и раработанпротокл полногеномного секвенирования SARS-CoV-2, получены полногеномные последовательности.

Obtained results and novelty (in Kazakh) : Зерттеулер нәтижесінде кем дегенде 100 ж. н. қабаттастыра отырып, 1200 ж.н. дейінгі фрагментті бүкіл геномды амплификациялауға мүмкіндік беретін, 39 жұп праймер таңдап алынды. Таңдап алынған праймерлерді PrimerBLAST-та тексері кезінде 3' жабысқақ ұштары бар қиын балқитын димерлер түзілмеді, праймерлер бірдей жану температурасы мен жоғарғы есептік тиімділікке ие болды. Осы праймерлерді қолдану барысында 3 мультиплексті реакцияны және бір қадамды КТ-ПТР қолдана отырып, ПТР қою жағдайы оңтайландырылды және SARS-CoV-2 вирусын толықгеномды амплификациялау хаттамасы әзірленді. Инфекция тарихы бар, COVID-19 диагнозы қойылған науқастардан РНҚ үлгілерінің коллекциясын қалыптастыру жұмыстары басталды. Барлығы 30 үлгі жинақталды. РНҚ үлгілері әзірленген хаттаманы қолдана отырып толықгеномды амплификация жүргізу үшін, сонымен қатар, NGS MiSeq секвенаторында кезекті секвенирлеуге қолданылды. SARS-CoV-2 вирусының 30 үлгісі үшін толықгеномды бірізіділіктер алынды. 2021 жылы SARS-CoV-2 вирусының генотиптерін Қазақстанның әртүрлі өңірлерінде тарату нәтижелері алынды және айналымдағы генотиптерді әлемдік деректермен салыстыру ерекшеліктері айқындалды. Ауру өтуінің және генотиптің ассоциациялары анықталды. Нәтижелердің жаңашылдығы: SARS-CoV-2 толықгеномды секвенирлеу праймерлері таңдап алынды және хаттамасы әзірленді, толықгеномды бірізділігі алынды.

The main constructive and technical economic indicators (in Russian) : Реализация проекта позволит освоит элементы молекулярно-генетического мониторинга с анализом полногеномных данных вирусов. Данный подход обладает максимальной разрешающей способностью и может быть перенесен на любой патоген.

The main constructive and technical economic indicators (in Kazakh) : Жобаны іске асыру вирустардың толық геномдық деректерін талдай отырып, молекулалық-генетикалық мониторинг элементтерін игеруге мүмкіндік береді. Бұл тәсіл максималды ажыратымдылыққа ие және кез-келген патогенге қолданылуы мүмкін.

Level of implementation (in Russian) : Результаты проекта могут быть использованы клиническими врачами при эпидемиологическом контроле коронавирусной инфекцией в Казахстане. Результаты могут быть использованы в модернизации подхода в борьбе с вирусом.

Level of implementation (in Kazakh) : Жоба нәтижелерін дәрігерлер Қазақстандағы коронавирустық инфекцияны эпидемиологиялық бақылауда қолдана алады. Нәтижелерді вируспен күресу тәсілдерін жаңарту үшін пайдалануға болады.

Efficiency (in Russian) : Разработанный протокол позволяет проводить амплификацию вируса SARS-CoV-2 с использованием 39 пар праймеров.

Efficiency (in Kazakh) : Әзірленген хаттама 39 жұп праймерді қолдана отырып, SARS-CoV-2 вирусын амплифицирлеуге мүмкіндік береді.

Field of application (in Russian) : Эпидемиология, контроль за особо опасными инфекциями.

Field of application (in Kazakh) : Эпидемиология, аса қауіпті инфекцияларға бақылау жасау.