The object of research, development or design (in Russian) : опухолевые ткани, транскриптомные профили

The object of research, development or design (in Kazakh) : ісік тіндері, транскриптомдық профильдер

Aim of work (in Russian) : Основная цель проекта заключается в исследовании транскриптомных профилей казахстанских пациентов с плоскоклеточной формой рака пищевода и детальное изучение экспреcсии некодирующих РНК в сравнении с аденокарциномой пищевода

Aim of work (in Kazakh) : Жобаның негізгі мақсаты өңеш қатерлі ісігінің сквамозды жасушалық нысаны бар қазақстандық пациенттердің транскриптомдық профильдерін зерттеу және өңеш аденокарциномасымен салыстырғанда кодталмаған РНҚ өрнегін егжей-тегжейлі зерттеу болып табылады

Методы исследования (на русском) : полимеразная цепная реакция, секвенирование нового поколения, биоинформатические методы анализа данных секвенирования, Метод Независимых Компонент.

Методы исследования (на казахском) : полимеразды тізбекті реакция, жаңа буынның реттілігі, дәйектілік деректерін талдаудың биоинформатикалық әдістері, тәуелсіз компоненттер әдісі.

Obtained results and novelty (in Russian) : Проведено выделение РНК из нормальной и опухолевой тканей пищевода для образцов 001Т и 001Н. Качественная и количественная характеристика общей РНК проводилась несколькими методами: а) спектрофотометрически; б) флуорометрически. Концентрация РНК составила 770 нг/мкл для 001Т и 370 нг/мкл для 001Н. Уровень экспрессии различных генов (MUC5B, TNXB, MMP3 и MAGEB2) оценивали при помощи количественной PCR (RT-PCR) в режиме реального времени по технологии TaqMan на амплификаторе Real-Time CFX96. Разработан дизайн и проведен подбор праймеров для ранее идентифицированных fusion-генов с использованием программы FastPCR. Комбинация праймеров 5r1-5f1 показала присутствие ДНК HAND2- SCRG1 генов в образцах 001T и 002T. Согласно протокола производителя TruSeq RNA Sample Preparation подготовлены библиотеки РНК для дальнейшего секвенирования на платформе Illumina MiSeq System. Проведено таргетное профилирование некодирующих РНК двух опухолевых образцов с помощью технологий секвенирования нового поколения. Проведена идентификация различных типов малых РНК в опухолевых тканях казахстанских пациентов с раком пищевода с применением методов биоинформатики. Оптимизирован и установлен протокол проведения анализа COMPRSA, а также установлены различные базы данных малых РНК и проведена последующая аннотация. Проведено применение Метода Независимых Компонент и рассчитаны независимые компоненты для выборочных наборов транскриптомов рака пищевода.

Obtained results and novelty (in Kazakh) : 001Т және 001н үлгілері үшін өңештің қалыпты және ісік тіндерінен РНҚ бөлінді. жалпы РНҚ-ның сапалық және сандық сипаттамалары бірнеше әдістермен жүргізілді: А) спектрофотометриялық; б) флуорометриялық. РНҚ концентрациясы 001т үшін 770 нг/мкл және 001н үшін 370 нг/мкл құрады. әр түрлі гендердің экспрессия деңгейі (MUC5B, TNXB, MMP3 және MAGEB2) нақты уақыт режимінде TaqMan технологиясы бойынша нақты уақыт режимінде CFX96 нақты уақыттағы сандық PCR (RT-PCR) көмегімен бағаланды. FastPCR бағдарламасын қолдана отырып, бұрын анықталған fusion гендеріне арналған праймерлер әзірленді және таңдалды. 5r1-5f1 праймерлерінің комбинациясы 001T және 002t үлгілерінде HAND2 - SCRG1 генінің ДНҚ-ның болуын көрсетті. өндірушінің truseq RNA Sample Preparation хаттамасына сәйкес illumina MiSeq System платформасында одан әрі жүйелеу үшін РНҚ кітапханалары дайындалды. Жаңа буын секвенирлеу технологиясын қолдана отырып, екі ісік үлгісінің кодталмаған РНҚ-ны мақсатты профильдеу жүргізілді. Биоинформатика әдістерін қолдана отырып, өңеш қатерлі ісігі бар қазақстандық пациенттердің ісік тіндеріндегі кіші РНҚ-ның әртүрлі типтерін сәйкестендіру жүргізілді. COMPRSA талдау ХАТТАМАСЫ оңтайландырылды және орнатылды, сонымен қатар кіші РНҚ-ның әртүрлі дерекқорлары орнатылып, кейінгі аннотация жасалды. Тәуелсіз компоненттер әдісі қолданылды және өңеш қатерлі ісігінің транскриптомдарының таңдаулы жиынтығы үшін тәуелсіз компоненттер есептелді.

The main constructive and technical economic indicators (in Russian) : Опубликована статья в рецензируемом научном издании Frontiers in Genetics, входящем в Q2 квартиль в базе Web of Science.

The main constructive and technical economic indicators (in Kazakh) : Мақала Web of Science базасындағы Q2 квартильге кіретін Frontiers in Genetics рецензияланған ғылыми басылымында жарияланды.

Level of implementation (in Russian) :

Level of implementation (in Kazakh) :

Efficiency (in Russian) :

Efficiency (in Kazakh) :

Field of application (in Russian) : биомедицина, геномика, транскриптомика, биоинформатика

Field of application (in Kazakh) : биомедицина, геномика, транскриптомика, биоинформатика