The object of research, development or design (in Russian) : Объектами исследований являются: - образцы ДНК коров голштинской породы зарубежной селекции в количестве 800 голов: - образцы замороженной спермы быков-производителей отечественной и зарубежной селекции АО «Асыл-Тулик», ТОО «Таурус» и ТОО «Асыл»; - анализ последовательности генов APAF1, SMC2, GART, TFB1M, APOB и TMEM95 с помощью компьютерной программы NCBI и дизайн праймеров для выявления скрытых мутации у племенных животных; - выделение ДНК из замороженной спермы быков-производителей в количестве 200 образцов и из крови коров голштинской породы в количестве 800 образцов; - генотипирование коров по локусам гаплотипов фертильности HH1, HH3, HH4, HH5, HCD и ДНК тестирование быков производителей по двум локусам (дефицит холестерина, синдром субфертильности); - оптимизация и совершенствование способов детекции гаплотипов фертильности у коров; - разработка Реал-Тайм ПЦР метода для выявления носителей гаплотипов фертильности: HH1, HH3, HH4 и синдрома субфертильности у быков производителей.

The object of research, development or design (in Kazakh) : Зерттеу объектілері: - 800 бас шетелдік сұрыпталған голштин тұқымдас сиырларының ДНҚ үлгілері, - шет елдік сұрыптай және отандық асыл тұқымды бұқалардың қатырылған шәует үлгілері, «Асыл-Тулік» АҚ, «Таурус» ЖШС және «Асыл» ЖШС; - APAF1, SMC2, GART, TFB1M, APOB және TMEM95 гендерінің тізбектеріне NCBI сайтындағы ақпараттарды қолдана отырып талдау жасау және асыл тұқымды жануарларда жасырын мутацияларын анықтау үшін праймерлер дизайнын жасау; - Бұқалардың қатырылған шәует үлгілеріне барлығы 200 бас ДНҚ бөліп алу және 800 бас голштин тұқымдас сиырларының қан үлгілерінен ДНҚ бөліп алу; - сиырларды келесі ұрықтандырғыш гаплотиптері бойынша HH1, HH3, HH4, HH5, HCD генотиптеу және бұқаларды екі ген локустары бойынша ДНҚ тестілеуден өткізу (холестерин тапшылығы, субфертильділік синдромы); - сиырларда ұрықтандырғыш гаплотиптері бойынша детекциялау үшін әдістерді оңтайландыру және жетілдіру; - ұрықтандырғыш гаплотиптерін HH1, HH3, HH4 анықтау үшін және бұқаларда субфертильділік синдромын балауға Реал-Тайм ПТР әдісін ойлап табу.

Aim of work (in Russian) : Цель проекта – оптимизация существующих методов детекции скрытых мутации у крупного рогатого скота, разработка Реал-Тайм ПЦР способов диагностики гаплотипов фертильности HH1, HH3, HH4 и синдрома субфертильности у быков, изучение эффективности управления процессом элиминации наследственных аномалии.

Aim of work (in Kazakh) : Жобаның мақсаты – ірі қара малдарындағы жасырын мутацияны анықтаудың қолданыстағы әдістерін оңтайландыру, сиырларда HH1, HH3, HH4 және бұқалардағы субфертилді синдромын балаудың Реал-Тайм ПТР әдістерін жасау, тұқым қуалаушылық аномалияларды жою үрдісін басқарудың тиімділігін зерттеу.

Методы исследования (на русском) : Кровь для выделения ДНК брали из яремной вены у коров в ваккумные пробирки с ЭДТА, выделение ДНК из образцов крови проводилось классическим фенольным методом, ДНК из замороженной спермы племенных быков производителей проводили с помощью коммерческого набора согласно инструкции. Качество ДНК определяли методом горизонтального электрофореза и измеряли концентрацию методом микроспектрофотометрического анализа. Дизайн праймеров для генотипирования коров по гаплотипам фертильности: по локусам HH1, HH3, HH4 были использованы собственные праймеры, последовательности прамеров подобрали с помощью программы Primer 3. Для ДНК тестирования образцов ДНК по гаплотипам фертильности HH5, HCD и для генотипирования образцов ДНК быков на синдром субфертильности были использованы последовательности праймеров из литературы. Амплификацию нужного фрагмента гена проводили с помощью амплификатора SimpliAmp. Идентификация носителей мутации проводилась методом рестрикции полученного амплификата, для гаплотипа HH1 – рестриктаза BstC8I, для гаплотипа HH4 – рестриктаза Tru9I. Результаты амплификации и после гидролиза ПЦР продукта для визуализации фрагментов ДНК использовали горизонтальный электрофорез в агарозном геле, концентрация от 2,0% до 4,0 %. Результаты амплификации проверяли в агарозном геле методом горизонтального электрофореза и зафиксировали полученные электрофореграммы с помощью гель документирующей системы. ДНК тестирование быков на синдром субфертильности проводилось методом T-ARMS-PCR.

Методы исследования (на казахском) : ДНҚ бөліп алу үшін сиырлардың күре тамырынан құрамында ЭДТА бар вакуумдық пробиркаларға қан алынды, қан үлгілерінен ДНҚ бөліп алу фенолдық әдісімен жүргізілді, асыл тұқымды бұқалардың шәуетінен ДНҚ бөліп алу нұсқаулыққа сәйкес коммерциялық жинақ арқылы жүргізілді. Алынған ДНҚ сапасы горизонталдық электрофорез арқылы және микроспектрофотометриялық талдау әдісі арқылы концентрациясы өлшенді. Сиырларды генотиптеу келесі ұрықтандырғыш гаплотиптері бойынша: HH1, HH3, HH4 локустарына праймерлердің тізбегін жобалау Primer 3 бағдарламасының көмегімен жүзеге асырылды. ДНҚ үлгілерін HH5, HCD ұрықтандырғыш гаплотиптері бойынша генотиптеу үшін және бұқаларды субфертильдік синдромына ДНҚ үлгілерін генотиптеу үшін әдебиеттердегі праймерлер тізбектері пайдаланылды. Қажетті ген фрагментін амплификация жасау үшін SimpliAmp амплификаторы қолданылды. Мутация тасымалдаушыларын анықтау алынған амплификатты рестрикциялау әдісімен, HH1 гаплотипі үшін – BstC8I рестрикциялық ферменті, HH4 гаплотипі үшін – Tru9I рестрикциялық ферменті арқылы жүргізілді. Амплификат нәтижелері және ПТР өнімін гидролизден кейін ДНҚ фрагменттерін визуализациялау үшін концентрациясы 2,0%-дан 4,0%-ға дейінгі агароздық гельде горизонтальды электрофорез жүргізілді. Нәтижелері агарозды гельде көлденең электрофорез арқылы тексерілді және алынған электрофореграммалар гель құжаттаушы жүйе арқылы жазылды. ДНҚ сынағы субфертильдік синдромға классикалық ПТР әдісінің бір түрі болып табылатын T-ARMS-PCR әдісімен жүргізілді.

Obtained results and novelty (in Russian) : Проведено генотипирование образцов ДНК коров голштинской породы зарубежной селекции ТОО «Байсерке-Агро» 209, ТОО «Амиран» 210, СПХК «Алматы» 200 и ТОО «Рза» 200 по гаплотипам фертильности HH1, HH3, HH4, HH5, HCD и быков АО «Асыл-Тулик» в количестве 149 голов, ТОО «Таурус» - 37 голов и ТОО «Асыл» 8 голов на синдром субфертильности, быки производители голштинской породы в количестве 89 голов на генетические дефекты – дефицит холестерина (HCD) и гаплотип HH5. Были выявлены гетерозиготные носители дефицита холестерина у коров ТОО «Байсерке-Агро» в количестве 22 головы, у коров племенного хозяйства ТОО «Амиран» - 16 голов, по данному локусу гетерозиготные носители гаплотипов фертильности не были выявлены у коров голштинской породы хозяйств ТОО «Рза» и СПК «Алматы». По результатам ДНК тестирования у 7 коров племенного хозяйства ТОО «Байсерке-Агро» выявлены гетерозиготные носители гаплотипа фертильности - HH3. Быки производители голштинской породы в количестве 89 были протестированы по двум генам: TFB1M и APOB, идентифицированы 5 гетерозиготных носителей мутации гаплотипа HH5 и 3 гаплотипа – дефицита холестерина, выявлены 3 гетерозиготных носителей синдрома субфертильности у быков Алатауской породы. Впервые у голштинского скота зарубежной селекции Казахстанской популяции определена встречаемость гетерозиготных носителей гаплотипов фертильности: HH1, HH3, HH5, HCD и у быков синдрома субфертильности, оптимизированы способы детекции генетических дефектов.

Obtained results and novelty (in Kazakh) : Сиырларда ұрықтандырғыш гаплотиптері бойынша HH1, HH3, HH4, HH5, HCD ДНҚ үлгілерінен генотиптеу «Байсерке-Агро» ЖШС 209, «Амиран» ЖШС 210 «АШӨК Алматы» 200 және «Рза» ЖШС 200 бас шетелдік асыл тұқымды голштин сиырларында жүргізілді және бұқаларда субфертильділік синдромы бойынша «Асыл-Түлік» АҚ 149 бас, «Таурус» ЖШС – 37 бас және «Асыл» ЖШС – 8 бас, голштеин тұқымды 89 бас бұқаларда генетикалық ақаулар - холестерин тапшылығы (HCD) және HH5 тексерілді. Холестерин тапшылығы бойынша гетерозиготалы тасымалдаушылар «Байсерке-Агро» ЖШС-нің сиырларынан 22, «Амиран» ЖШС-16 сиырларынан анықталды, бұл локус бойынша «Рза» ЖШС және «Алматы» АШӨК сиырларында гетерозиготалы тасымалдаушылар анықталған жоқ. «Байсерке-Агро» ЖШС асыл тұқымды мал шаруашылығының 7 бас сиырынан ДНҚ сараптамасының қорытындысы бойынша – HH3. Голштеин тұқымды 89 бас бұқалар екі генге сыналды: TFB1M және APOB, 5 гетерозиготалы HH5 гаплотип тасымалдаушысы және гаплотип – холестерин тапшылығы бойынша 3 бас, Алатау тұқымды 3 бас бұқада субфертилдік синдромның гетерозиготалы тасымалдаушысы анықталды. Тұңғыш рет Қазақстандық популяцияның шетелдік селекциясының голштеин тұқымды ірі қара малында ұрықтандырғыш гаплотиптерінің HH1, HH3, HH5, HCD гетерозиготалы тасымалдаушылары және субфертильдік синдромының бұқаларда таралғаны анықталып, генетикалық ақауларды анықтау әдістері оңтайландырылды.

The main constructive and technical economic indicators (in Russian) : Разработаны 4 пары праймеров для детекции гетерозиготных носителей гаплотипов фертильности HH1, HH3, HH4 и подобраны последовательности праймеров для детекции носителей гаплотипов фертильности HH1, HH3 с помощью T-ARMS-PCR реакции, Разработка и внедрение способа T-ARMS-PCR реакции для детекции носителей мутации позволяет снизить себестоимость диагностических исследований в результате исключения этапов диагностики, рестрикция ПЦР продукта и повторное проведение горизонтального электрофореза.

The main constructive and technical economic indicators (in Kazakh) : HH1, HH3, HH4 ұрықтандырғыш гаплотиптерінің гетерозиготалы тасымалдаушыларын анықтау үшін 4 жұп праймер әзірленді және T-ARMS-PCR реакциясы арқылы HH1, HH3 ұрықтандырғыш гаплотиптерінің тасымалдаушыларын анықтау үшін праймер тізбегі таңдалды. Тасымалдаушыларды анықтауға арналған T-ARMS-PCR реакциясы әдісі диагностикалық қадамдарды жою, ПТР өнімін шектеу және қайталанатын горизонтальды электрофорез нәтижесінде диагностикалық зерттеулердің құнын төмендетуге мүмкіндік береді.

Level of implementation (in Russian) : нет

Level of implementation (in Kazakh) : жоқ

Efficiency (in Russian) : На первом этапе реализации проекта предложен способ T-ARMS-PCR реакции детекции гаплотипов фертильности, который позволяет снизить себестоимость диагностики, проведение генетического мониторинга позволяет выявить носителей вредных мутации и проводить работу по управлению процессом элиминации скрытых генетических дефектов у племенных животных.

Efficiency (in Kazakh) : Жобаны іске асырудың бірінші кезеңінде диагностиканың өзіндік құнын төмендетуге, генетикалық мониторинг жүргізу зиянды мутациялардың тасымалдаушыларын анықтауға және оларды жою процесін басқаруға мүмкіндік беретін ұрықтандырғыш гаплотиптерін, асыл тұқымды жануарлардың жасырын генетикалық ақауларын анықтаудың T-ARMS-PCR әдісі ұсынылды.

Field of application (in Russian) : Племенные молочные хозяйства, где содержатся коровы голштинской породы, АО "Асыл-Тулик", ТОО "Таурус" и ТОО "Асыл", национальные палаты Республики Казахстан по молочному скотоводству.

Field of application (in Kazakh) : Асыл тұқымды голштин тұқымдас сиырлар ұстайтын шаруашылықтар, "Асыл-Түлік" АҚ, "Таурус" ЖШС, "Асыл" ЖШС, Қазақстан Республикасы сүт бағытындаға Ұлттық Палатасы.