The object of research, development or design (in Russian) : Объектом исследования являются белок вируса гриппа – поверхностный белок гемагглютинина А H5, высоко патогенные и слабопатогенных штаммов вируса гриппа птиц

The object of research, development or design (in Kazakh) : Зерттеу нысаны болып құс тұмауының ақуызы – жоғары патогенді және баяу патогенді құс тұмау вирус штамдарының А Н5 беттік геммагглютинин ақуызы болып табылады

Aim of work (in Russian) : Моделирование трёхмерной структуры поверхностных белков вируса гриппа методами рентгеноструктурного анализа для изучения процесса и механизмов патогенеза штаммов вируса гриппа при изменении антигенной структуры

Aim of work (in Kazakh) : Тұмау вирусының антигендік құрылымының өзгеру барысындағы патогенез механизмдерін ақуыздың үшөлшемдік модельдеу арқылы зерттеу

Методы исследования (на русском) : При выполнении исследований использованы современные методы молекулярной биологии и генной инженерии: выделение РНК, синтез кДНК, компьютерный анализ нуклеиновых кислот, конструирование и синтез олигодезоксинуклеотидов, амплификация полного сегмента гена НА, определение нуклеотидной последовательности ДНК, клонирование и экспрессия белков, кристаллография и рентгеноструктурный анализ.

Методы исследования (на казахском) : Зерттеулер жүргізу кезінде молекулалық биология мен гендік инженерияның қазіргі замандық вирустарды тазарту және шоғырландыру, РНҚ-ны бөліп шығару, кДНҚ-ны синтездеу, нуклеин қышқылдарын компьютерде талдау, олигодезоксинуклеотидтерді құрастыру және синтездеу, толық НА геннің сегментін амплификациялау, ДНҚ-ның нуклеотидтік реттілігін анықтау, ақуызды клондап экспрессиялау, криссталлография және рентгенқұрылымдық зерттеу әдістері қолданылды.

Obtained results and novelty (in Russian) : За отчетный период получены следующие результаты: - Проведен анализ методов рентгеновской кристаллографии вирусных белков; - Выбор подтипов и штаммов вируса гриппа для проведения исследований; - Получен рекомбинантный ген гемагглютинина вируса гриппа А/Н5 методом бактериальной экспрессии; - Выбран метод металл-аффинной хроматографии для очистки рекомбинантных белков, который является наиболее высокоспецифичным и надежным вследствии относительно высокого сродства и специфичности некоторых металлов к эпитопу, содержащему шесть или более остатков гистидина; - Проведена оптимизация условий очистки рекомбинантных белков; - Получены очищенные белковые препараты с чистотой не менее 95 % и определена их растворимость; - Проведено полногеномное секвенирование штаммов вируса гриппа птиц А/лебедь шипун/Мангистау/3/06 (H5N1) и А/домашний гусь/Павлодар/1/2005 (H5N1) С Последущим проведением сравнительного и филогенетического анализа; - Проведена кристаллизация очищенных белковых препаратов методом диффузии паров летучих веществ; - Опубликована статья в журнале рекомендуемым ККСОН МОН РК, и опубликовано 2 статьи в журнале Microbiology Resource Announcements (SCOPUS); - Опубликована прогнозируемая трехмерная структура поверхностного белка гемагглютинина, шести штаммов вируса гриппа птиц в международно аналитической базе I-Tasser.

Obtained results and novelty (in Kazakh) : Есепті кезең ішінде зерттеулер барысында келесі нәтижелер алынды: - Вирустық ақуыздардың рентгендік кристаллография әдістерімен талдау жүргізілді; - Зерттеу үшін тұмау вирусының түрлері мен штамдары таңдалды; - Бактерияларды экспрессиялау әдісімен A/H5 тұмау вирусының гемагглютининнің рекомбинантты гені алынды; - Алты немесе одан да көп гистидин қалдықтары бар эпитоп үшін салыстырмалы жоғары аффинділігі мен спецификалылығына байланысты кейбір спецификалық және туысты рекомбинантты ақуыздарды тазартуға арналған метал-аффиндік хроматография әдісі таңнадалынды; - Рекомбинантты ақуыздарды тазарту жағдайларын оңтайландыру жүргізілді; - Кем дегенде 95 % тазалығы бар тазартылған ақуыздық препараттарды алды және олардың ерігіштігін анықтады; - Кейінгі салыстырмалы және филогенетикалық талдаумен А/лебедь шипун/Мангистау/3/06 (H5N1) және А/домашний гусь/Павлодар/1/2005 (H5N1) штамдарының құс тұмауының толық геномдық тізбегі анықталды; - Тазартылған ақуыз препараттарының кристалдануы ұшпа заттардың буларының диффузиясы әдісімен жүргізілді; - ҚР БҒСБК БҒМ, ұсынған КазҰУ Хабаршысы, биология сериясы 2(83) журналында 1 мақала және Microbiology Resource Announcements журналында 2 мақала жарияланды; - Құс тұмауы вирусының алты штаммы – гемагглютининнің беткі ақуызының болжамды үш өлшемді құрылымы I-Tasser халықаралық аналитикалық базасында жарияланды.

The main constructive and technical economic indicators (in Russian) : Получен рекомбинантный белок гемагглютинина вируса гриппа А/Н5 методом бактериальной экспрессии; Протестировано связывание белка в натрий-фосфатном буфере (50 мМ) и в Tris-HCl (20 мМ) буфере. В итоге установили, что использование натрий- фосфатного буфера является более эффективным. Также были апробированы натрий-фосфотные буферы с разным значением рН (5,5; 6,5; 7,5; 8,5). В результате апробации было установлено, что рН 7,5 является оптимальным значением при очистке рекомбинантных белков; Получены очищенные белковые препараты с чистотой не менее 95 % и определена специфичность синтезируемого белка методом иммунодетекции. Результаты иммуноблота определили, что синтезируемый рекомбинантный белок является первой субъединицей гемагглютинина; Для исследования особенностей различных стадий кристаллизации гемагглютинина был проведен скрининг условий, выбраны оптимальные условия кристаллизации и получены кристаллы белковых препаратов методом диффузии паров летучих веществ; Опубликована прогнозируемая трехмерная структура поверхностного белка гемагглютинина, шести штаммов вируса гриппа птиц в международно аналитической базе I-Tasser.

The main constructive and technical economic indicators (in Kazakh) : Бактериялық экспрессия әдісімен A / H5 тұмау вирусының гемагглютининінің рекомбинантты ақуызы алынды; Ақуыздармен байланысу натрий фосфат буферінде (50мМ) және Tris-HCl (20мМ) буферінде сыналды. Нәтижесінде натрий фосфат буферін қолдану тиімдірек екендігі анықталды. РН мәні әр түрлі натрий фосфатының буферлері (5.5; 6.5; 7.5; 8.5) сыналды. Тестілеу нәтижесінде рН 7.5 рекомбинантты ақуыздарды тазартудың оңтайлы мәні екендігі анықталды; Тазалығы 95% -дан кем емес тазартылған ақуыздық препараттар алынды және иммунодетекция әдісімен синтезделген ақуыздың ерекшелігі анықталды. Иммуноблоттың нәтижелері синтезделген рекомбинантты ақуыз бірінші гемагглютининнің суббірлігі екенін анықтады; Гемагглютининнің кристалдануының әр түрлі кезеңдерінің ерекшеліктерін зерттеу үшін жағдайларды скринингтен өткізіп, оңтайлы кристалдану шарттары таңдап, ұшпа заттардың буларын диффузиялау арқылы ақуызды препараттардың кристалдары алынды; Құс тұмауы вирусының алты штаммы - гемагглютининнің беткі ақуызының болжамды үш өлшемді құрылымы I-Tasser халықаралық аналитикалық мәліметтер базасында жарияланды.

Level of implementation (in Russian) :

Level of implementation (in Kazakh) :

Efficiency (in Russian) :

Efficiency (in Kazakh) :

Field of application (in Russian) : Область применения – область молекулярной биологии, протеомики и кристаллографии

Field of application (in Kazakh) : Қолдану саласы – молекулалық биология, протеомика және кристаллография