The object of research, development or design (in Russian) : В исследование будут включены дети в возрасте от 1 месяца до 5 лет, госпитализированные в детскую инфекционную больницу №3 с диагнозом острый гастроэнтероколит. Учитывая статистические данные госпитализации, за два года выполнения проекта планируется сформировать выборку пациентов, включающую не менее 300 пациентов.

The object of research, development or design (in Kazakh) : Зерттеуге жедел гастроэнтероколит диагнозы қойылып №3 балалар жұқпалы аурулар ауруханасына жатқызылған 1 айдан 5 жасқа дейінгі балалар қатыстырылады. Ауруханаға жатқызудың статистикалық деректерін ескере отырып, жобаны орындаған екі жыл ішінде кемінде 300 пациентті қамтитын пациенттердің санын қалыптастыру жоспарлануда.

Aim of work (in Russian) : совершенствование этиологической верификации клинически значимых возбудителей, вызывающих острый гастроэнтероколит (ОГЭК) у детей, на основе характеристики бактериальных изолятов из кишечного микробиома с использованием метагеномного анализа, полногеномного секвенирования и определения антибиотикорезистентности с последующей оптимизацией лечения

Aim of work (in Kazakh) : метагеномдық талдау, толық геномдық секвенирлеу көмегімен және емдеу үрдісін оңтайландыру үшін антибиотикке төзімділігін анықтау арқылы ішек микробиомасындағы бактериялық изоляттардың сипаттамасын зерттеу негізінде балалардағы жіті гастроэнтероколиттердің (ЖГЭК) клиникалық маңызды қоздырғыштарының этиологиялық верификациясын жетілдіру

Методы исследования (на русском) : Были использованы клинические, микробиологические, молекулярно-генетические и биоинформатические методы исследований

Методы исследования (на казахском) : Клиниқалық, микробиологиялық, молекулалық-генетикалық және биоинформатикалық зерттеу әдістері қолданылды

Obtained results and novelty (in Russian) : Проведённое исследование сочетало бактериологическую диагностику, анализ микробиоты и многоуровневое молекулярное типирование, что позволило охарактеризовать этиологическую структуру ОГЭК у детей с генетическими механизмами устойчивости штаммов. Патогены были выделены у 52,1% пациентов. Доминировала Klebsiella pneumoniae (40%), характеризующаяся высоким уровнем мультилекарственной устойчивости, как и у Proteus mirabilis. Salmonella enteritidis сохраняла чувствительность к антибиотикам. Ампликонное секвенирование 16S rRNA показало высокую межиндивидуальную вариабельность микробиоты, включая доминирование Proteobacteria и Enterobacteriaceae у части пациентов, нарушая колонизационную резистентность и утяжеляя течение ОГЭК. Требуется актуализация рациональной антибиотикотерапии. Новизна работы-проведение полного цикла молекулярной идентификации:от микробиологического до полногеномного секвенирования (WGS), что впервые для данной когорты позволило определить последовательностные типы (ST200, ST17, ST45, ST461 и др.), профили антибиотикорезистентности и факторы вирулентности циркулирующих изолятов. WGS показало широкий спектр детерминант устойчивости у изолятов Klebsiella spp., включая β-лактамазы SHV-типа, FosA/FosA5, аминогликозидмодифицирующие ферменты и RND-эффлюкс-помпы; Salmonella enterica и S. aureus обладали ограниченными и генетически простыми профилями резистентности.

Obtained results and novelty (in Kazakh) : Зерттеу бактериологиялық диагностиканы, микробиотаны талдауды және көп деңгейлі молекулалық типтеуді біріктірді, бұл бізге штаммға төзімділіктің генетикалық механизмдері бар балалардағы ЖГЭК этиологиялық құрылымын сипаттауға мүмкіндік берді. Патогендер пациенттердің 52,1%-ында бөлініп алынды. Klebsiella pneumoniae басым болды (40%), ол Proteus mirabilis-ке ұқсас көп дәрілік төзімділіктің жоғары деңгейімен сипатталады. Salmonella enteritidis антибиотиктерге сезімтал болып қалды.16S рРНҚ ампликонды секвенирлеу микробиотаның жоғары жекеаралық өзгергіштігін, соның ішінде кейбір пациенттерде Proteobacteria және Enterobacteriaceae басымдығын анықтады, бұл колонизацияға төзімділікті бұзады және жедел гастроэнтериттің ағымын нашарлатады. Рационалды антибиотикалық терапия қажет. Бұл зерттеудің жаңалығы-молекулалық идентификацияның толық циклін енгізу: микробиологиялықтан бастап тұтас геномдық секвенирлеуге (WGS)дейін, бұл когортада алғаш рет айналымдағы изоляттардың тізбек түрлерін (ST200,ST17,ST45,ST461 және т.б.), антибиотиктерге төзімділік профильдерін және вируленттілік факторларын анықтауға мүмкіндік берді. WGS Klebsiella spp. изоляттарында SHV типті β-лактамазалар, FosA/FosA5, аминогликозидті модификациялайтын ферменттер және RND ағын сорғылары сияқты төзімділік детерминанттарының кең ауқымын анықтады; Salmonella enterica және S. aureus шектеулі және генетикалық тұрғыдан қарапайым төзімділік профильдеріне ие болды.

The main constructive and technical economic indicators (in Russian) : Проведено комплексное исследование, включающее бактериологическую диагностику (n=48), анализ микробиоты (n=25) и полногеномное секвенирование (n=14) биологических образцов от больных с ОГЭК вызванных микроорганизмами с различной антибиотикорезистентностью.

The main constructive and technical economic indicators (in Kazakh) : Әртүрлі антибиотиктерге төзімді микроорганизмдерден туындаған жедел гастроэнтеритпен ауыратын науқастардан алынған биологиялық үлгілердің бактериологиялық диагностикасын (n=48), микробиотаны талдауын (n=25) және геномды толық секвенирлеуді (n=14) қамтитын кешенді зерттеу жүргізілді.

Level of implementation (in Russian) : Не внедрено

Level of implementation (in Kazakh) : Енгізілмеген

Efficiency (in Russian) : Интеграция фенотипических, микробиомных и геномных данных дала возможность комплексно оценить патогенетический потенциал выявленных штаммов и выявить критические группы риска мультирезистентности, что формирует основание для коррекции терапии и последующего мониторинга АМР у детей

Efficiency (in Kazakh) : Фенотиптік, микробиомдық және геномдық деректерді біріктіру анықталған штаммдардың патогенетикалық әлеуетін жан-жақты бағалауға және мультирезистенттілік қаупі жоғары топтарды айқындауға мүмкіндік берді. Бұл балалардағы АМР-ды бақылау мен терапияны оңтайландыру үшін маңызды негіз қалыптастырады.

Field of application (in Russian) : Микробиология, биотехнология, эпидемиология, инфекционные болезни, педиатрия и клиническая фармакология

Field of application (in Kazakh) : Микробиология, биотехнология, эпидемиология, жұқпалы аурулар, педиатрия және клиникалық фармакология