Inventory number IRN Number of state registration
0325РК00672 AP22788892-KC-25 0124РК00268
Document type Terms of distribution Availability of implementation
Краткие сведения Gratis Number of implementation: 0
Not implemented
Publications
Native publications: 0
International publications: 0 Publications Web of science: 0 Publications Scopus: 0
Patents Amount of funding Code of the program
0 29395560 AP22788892
Name of work
Изучение молекулярно-генетических аспектов ишемической болезни сердца в казахстанской популяции на основе секвенирования нового поколения
Type of work Source of funding Report authors
Fundamental Скворцова Лилия Александровна
0
0
0
0
Customer МНВО РК
Information on the executing organization
Short name of the ministry (establishment) МНВО РК
Full name of the service recipient
Республиканское государственное предприятия на праве хозяйственного ведения «Институт генетики и физиологии» Комитета науки Министерства образования и науки Республики Казахстан
Abbreviated name of the service recipient РГП на ПХВ ИГИФ КН МОН РК
Abstract

Человек, ДНК

Адам, ДНҚ

Провести комплексную оценку роли частых и редких молекулярно-генетических маркеров, в развитии ишемической болезни сердца в казахстанской популяции и выявить значимые и прогностические генетические маркеры.

Қазақстан популяциясындағы жүректің ишемиялық ауруының дамуындағы жиі және сирек кездесетін молекулалық-генетикалық маркерлер рөліне кешенді бағалауды жүргізу және маңызды, болжамды генетикалық маркерлерді анықтау.

1) Социологические методы (Анкетирование, информированное добровольное согласие) 2) Методы лабораторно-диагностических исследований (метод забора венозной крови вакуумной системой, ЭКГ, биохимические методы исследования крови) 3) Молекулярно-генетические методы (Выделение геномной ДНК из периферической крови, спектрофотометрия и флуориметрия ДНК, подготовка библиотек ДНК, метод полного секвенирования экзома, метод микрочипового генотипирования) 4) Методы биоинформатического анализа

1) Әлеуметтанулық әдістер (сауалнама, ақпараттандырылған ерікті келісім) 2) зертханалық-диагностикалық зерттеу әдістері (вакуумдық жүйемен веноздық қанды алу әдісі, ЭКГ, қанды зерттеудің биохимиялық әдістері) 3) молекулалық-генетикалық әдістер (геномдық ДНҚ-ны перифериялық қаннан оқшаулау, ДНҚ спектрофотометриясы және флуориметриясы, ДНҚ кітапханаларын дайындау, экзоманы толық ретке келтіру әдісі, микрочиптік генотиптеу әдісі) 4) биоинформатикалық талдау әдістері

1. Выделено 440 образцов высококачественной геномной ДНК для генотипирования на платформе iScan и полноэкзомного секвенирования. 2. Выполнено 8 запусков по 48 образцов (384 образца: контроль 144, опыт 240); интегрированы 3 архивных запуска; обработано 482 образца; Call Rate >0,98 (среднее 0,996). 3. Проведено полноэкзомное секвенирование у 10 молодых пациентов (0,03, исключение пропусков/дубликатов и long-LD, LD-пруннинг, гармонизация аллелей, 0/1/2; PCA на неродственной подвыборке; аутлайеры по расстоянию Махаланобиса (p

1. iScan-генотиптеу және WES үшін жоғары сапалы геномдық ДНҚ-ның 440 үлгісі оқшауланды. 2. iScan: әрқайсысы 48 үлгіден 8 іске қосу (=384 жаңа үлгі; бақылау — 144, тәжірибе — 240) + 3 архивтік іске қосу интеграцияланды; барлығы 482 үлгі өңделді; Call Rate >0,98 (орташа 0,996). 3. WES 0,03; пропусктар/дубликаттарды және long-LD аймақтарын алып тастау; LD-pruning; аллельдерді үйлестіру; 0/1/2 кодтау; туыстық емес ішкі таңдамада PCA; аутлайерлер Махаланобис қашықтығы бойынша (p < 1×10⁻⁵); PC1–PC10 сақталды. 5. WES-талдау: жас пациенттерде липид алмасуы/атерогенез гендері панельдері бойынша мутациялық спектр талданды (мысалы, LDLR, APOB, PCSK9; көрсеткіштер бойынша — тромбофилия гендері). Жаңалығы - iScan-генотиптеу негізінде >600 мың SNP қамтитын ЖИА бойынша генотиптер базасы қалыптастырылды; популяциялық араласу (PCA) ескерілді және long-LD аймақтары алынды. - Гибридті дизайн: ерте ЖИА үшін GWAS/PRS пен сирек варианттарды (WES) біріктіру; бұл жергілікті калибрленген тәуекел моделін әзірлеуге негіз қалайды. - Жергілікті референс дайындалды: аллель жиіліктері және PC1–PC10 ковариаттары — әрі қарай калибрлеу мен прогностикалық модельдерді валидациялауға арналған.

экзомные мутации, SNP-полиморфизмы

экзомалық мутациялар, SNP полиморфизмдері

медицина, кардиология, генетика

медицина, кардиология, генетика

UDC indices
575.167-577.21
International classifier codes
34.23.00; 34.15.23;
Key words in Russian
ишемическая болезнь сердца; генотипирование; NGS-секвенирование; метаболизм липидов; полноэкзомное секвенирование;
Key words in Kazakh
жүректің ишемиялық ауруы; генотиптеу; NGS секвенирлеуi,; липидтердің метаболизмі; тұтас экзом секвенирлеуi;
Head of the organization Калекешов Аскар Маралович кандидат биологических наук / нет
Head of work Скворцова Лилия Александровна Phd / нет