The object of research, development or design (in Russian) : Лошади кушумской породы

The object of research, development or design (in Kazakh) : Көшім тұқымды жылқылар

Aim of work (in Russian) : На основании данных SNP-генотипирования установить SNP ассоциированные с темпами роста и развития у лошадей кушумской породы, охарактеризовать их биологическую роль и дать количественную оценку их фенотипических эффектов для совершенствования метода отбора животных и использования в маркерной селекции

Aim of work (in Kazakh) : SNP-генотиптеу деректері негізінде көшім тұқымды жылқылардың өсу және даму қарқынымен байланысты SNP-ды анықтау, олардың биологиялық рөлін сипаттау, жануарларды іріктеу әдісін жетілдіру және маркерлі селекцияда пайдалану үшін олардың фенотиптік әсерлерін сандық бағалау.

Методы исследования (на русском) : Генотипирование проводили с использованием SNP-матрицы Equine80k на системе iScan (Illumina, США) в соответствии с протоколом производителя. Присвоение генотипов и первичный контроль качества проводились с использованием программного обеспечения GenomeStudio (Illumina, США). Ассоциативный поиск был выполнен с использованием Plink, набора инструментов для анализа ассоциаций всего генома, предназначенного для выполнения ряда основных крупномасштабных анализов эффективным с вычислительной точки зрения способом. А именно расчет линейной регрессионной зависимости, а также коэффициентов детерминации.Полученные полиморфные сайты были аннотированы идентификаторами rs с использованием базы данных SNPChimpV3. Используя идентификаторы rs, полиморфные сайты аннотировали с помощью базы данных Ensembl для получения информации о типе мутации, локализации в гене, потенциальном эффекте и т.д.Генетическое разнообразие исследованной выборки оценивалось по характеру распространенности полиморфных аллелей, ассоциированных с признаками продуктивности и являющихся потенциальными генетическими маркерами для геномной селекции. Анализ генетической структуры исследуемой выборки включал анализ распределения частот минорных и мажорных аллелей SNP, Расчет частот генотипов и оценку соответствия наблюдаемых частот генотипов теоретически ожидаемым по закону Харди-Вайнберга

Методы исследования (на казахском) : Генотиптеу өндіруші хаттамасына сәйкес iscan (illumina, АҚШ) жүйесіндегі EQUINE80K SNP матрицасын қолдану арқылы жүзеге асырылды. Генотиптерді тағайындау және сапаны бастапқы бақылау GenomeStudio (illumina, АҚШ) бағдарламалық жасақтамасының көмегімен жүргізілді. Ассоциативті іздеу Plink көмегімен жүзеге асырылды, бұл бүкіл геномдық ассоциацияларды талдауға арналған құралдар жиынтығы, бірқатар ірі ауқымды талдауларды есептеу тұрғысынан тиімді түрде жүргізуге арналған. Атап айтқанда, сызықтық регрессиялық тәуелділікті, сондай-ақ анықтау коэффициенттерін есептеу.Алынған полиморфты сайттар snpchimpv3 дерекқорын пайдаланып rs идентификаторларымен түсіндірілді. RS идентификаторларын пайдалана отырып, полиморфты сайттар мутация түрі, гендегі локализация, ықтимал әсер және т.б. туралы ақпарат алу үшін Ensembl дерекқорымен Аннотация жасады. зерттелген үлгінің генетикалық әртүрлілігі өнімділік белгілерімен байланысты және геномдық селекция үшін әлеуетті генетикалық маркерлер болып табылатын полиморфты аллельдердің таралу сипаты бойынша бағаланды. Зерттелетін үлгінің генетикалық құрылымын талдау SNP кіші және негізгі аллельдік жиіліктердің таралуын талдауды, генотиптік жиіліктерді есептеуді және бақыланатын генотиптік жиіліктердің Харди-Вайнберг заңы бойынша теориялық күтілетін сәйкестігін бағалауды қамтыды

Obtained results and novelty (in Russian) : Были установлены SNP- полиморфизмы, ассоциированные с темпами роста и развития у лошадей кушумской породы. В результате проведенного GWAS-анализа пяти ключевых признаков мясной продуктивности (масса тела, косая длина туловища , высота в холке , обхват груди , обхват пястья ) у лошадей кушумской породы было выявлено фундаментальное различие в генетической архитектуре этих признаков. Было установлено, что признак косая длина туловища характеризуется универсально негативным направлением эффектов всех статистически значимо ассоциированных SNP. Все идентифицированные аллели, включая маркер с мажорным эффектом BIEC2_576849 (β = -136,1, R² = 0,753), оказывали отрицательное влияние на длину туловища. В отличие от косая длина туловища, признаки высота в холке, обхват груди и обхват пястья демонстрировали сложную генетическую архитектуру, включающую SNP с разнонаправленным действием. Так, для признака Высота в холке положительный эффект демонстрировали локусы BIEC2_416609 и BIEC2_925525 (β = +17,31 см каждый). Отрицательный эффект наблюдался по маркеру BIEC2_12275 (β = -1,91 см). Для признака Обхват груди положительный эффект установлен для маркеров BIEC2_416609 и BIEC2_925525 (β = +32,98). Напротив, маркеры BIEC2_713408 (β = -38,41) и BIEC2_906351 (β = -34,11) оказали выраженное негативное воздействие на данный признак. Для признака Обхват пястья наибольший положительный вклад вносил маркер BIEC2_728953 (β = +2,864).

Obtained results and novelty (in Kazakh) : Көшім тұқымды жылқыларда өсу және даму қарқынымен байланысты SNP-полиморфизмдер анықталды. Ет өнімділігінің бес негізгі белгісі — дене салмағы, дененің қиғаш ұзындығы, шоқтық биіктігі, кеуде және білек шеңбері бойынша жүргізілген GWAS талдауы нәтижесінде осы белгілердің генетикалық архитектурасында айтарлықтай айырмашылықтар анықталды. Дегенмен, дененің қиғаш ұзындығы белгісі барлық статистикалық маңызды SNP әсерлерінің әмбебап теріс бағытымен сипатталып, негізгі әсер ететін biec2_576849 (β = –136,1, R² = 0,753) маркері дене ұзындығына теріс әсер етті. Ал шоқтық биіктігі, кеуде және білек шеңбері белгілері көпбағытты SNP әсерлерін қамтитын күрделі генетикалық архитектураға ие екені байқалды. Шоқтық биіктігі үшін biec2_416609 және biec2_925525 локустары (әрқайсысы β = +17,31 см) оң әсер көрсетсе, biec2_12275 (β = –1,91 см) маркері теріс әсер көрсетті. Кеуде шеңбері үшін biec2_416609 және biec2_925525 (β = +32,98) маркерлері оң әсер беріп, ал biec2_713408 (β = –38,41) және biec2_906351 (β = –34,11) маркерлері айқын теріс әсер етті. Білек шеңбері белгісіне biec2_728953 (β = +2,864) маркері ең үлкен оң үлес қосты

The main constructive and technical economic indicators (in Russian) : Полученная в рамках проекта информация относительно общих и породоспецифичных геномных механизмов регуляции роста и развития лошадей может лечь в основу разработки прогностических подходов к поиску маркеров мясной продуктивности лошадей других пород, что позволит алгоритмировать аналогичные исследования, сокращая при этом временные и экономические расходы на их проведение и повышая их точность и эффективность

The main constructive and technical economic indicators (in Kazakh) : Жоба шеңберінде алынған жылқылардың өсуі мен дамуын реттеудің жалпы және тұқымға тән геномдық механизмдеріне қатысты ақпарат басқа тұқымды жылқылардың ет өнімділігінің маркерлерін іздеудің болжамды тәсілдерін әзірлеуге негіз бола алады, бұл ұқсас зерттеулерді алгоритмдеуге мүмкіндік береді, сонымен бірге оларды жүргізуге кететін уақыт пен экономикалық шығындарды азайтады және олардың дәлдігі мен тиімділігін арттырады

Level of implementation (in Russian) : Установленные закономерности и практические предложения могут быть использованы при подготовке специалистов биологического профиля. Полученные результаты в ходе реализации проекта могут быть использованы для улучшения продуктивных качеств кушумской породы лошадей. Полученные результаты распространяются на лошадей кушуской породы.

Level of implementation (in Kazakh) : Белгіленген заңдылықтар мен практикалық ұсыныстар биологиялық бейіндегі мамандарды даярлауда пайдаланылуы мүмкін. Жобаны іске асыру барысында алынған нәтижелер Көшім жылқы тұқымының өнімді қасиеттерін жақсарту үшін пайдаланылуы мүмкін. Алынған нәтижелер кушу тұқымды жылқыларға таралады.

Efficiency (in Russian) : Результаты проекта могут быть использованы для оказания услуг по генетической оценке потенциала продуктивности частным и государственным хозяйствам, что значительно повысит конкурентоспособность организации – разработчика на рынке сходных и аналогичных генетических услуг

Efficiency (in Kazakh) : Жобаның нәтижелері жеке және мемлекеттік шаруашылықтарға өнімділік әлеуетін генетикалық бағалау қызметтерін көрсету үшін пайдаланылуы мүмкін, бұл ұқсас және ұқсас генетикалық қызметтер нарығында әзірлеуші ұйымның бәсекеге қабілеттілігін айтарлықтай арттырады

Field of application (in Russian) : Потенциальными пользователями полученных результатов могут выступать организации, занимающиеся селекционно-племенной работой в коневодстве, а также научно-исследовательские организации.

Field of application (in Kazakh) : Алынған нәтижелерді әлеуетті пайдаланушылар жылқы шаруашылығында селекциялық-асыл тұқымдық жұмыстармен айналысатын ұйымдар, сондай-ақ ғылыми-зерттеу ұйымдары болуы мүмкін.