The object of research, development or design (in Russian) : Суть проекта заключается в изучении эпидемиологии сальмонеллезного аборта кобыл Salmonella abortus equi на территории Республики Казахстан, с целью оценки риска возникновения и распространения данной инфекции, выделении возбудителя, с помощью диагностических и проведение молекулярно-генетического анализа.

The object of research, development or design (in Kazakh) : Жобаның мәні биелердің сальмонеллезді аборты Salmonella abortus equi инфекциясының пайда болуы мен таралуы қауіпін бағалау, диагностикалық әдістер көмегімен қоздырушысын бөліп алу және молекулярлық-генетикадық талдаулар жүргізу мақсатында Қазқстан Республикасы аумағында аталған ауру эпидемиологиясын зерттеу болып табылады.

Aim of work (in Russian) : Целью проекта, является изучение эпизоотической ситуации сальмонеллезного аборта кобыл, отбор проб из различных хозяйств РК, выделение и молекулярно-генетический анализ возбудителя, а также полногеномное секвенирование. Проведение оценки риска возникновения и распространения данной инфекции с применением методов количественной эпидемиологии.

Aim of work (in Kazakh) : Жұмыстың мақсаты ҚР әртүрлі шаруашылықтарындағы биелердің сальмонеллезді абортына қатысты эпизоотиялық ахуалды бағалау, осы шарушылықтардан сынамалар алу, қоздырушысын бөліп алу және молекулярдық-генетикалық талдау, сонымен қатар, толық геномды секвенирлеу жұмыстарын жүргізу. Аурудың пайда болу қауіпін және аталған инфекцияның таралу қауіпін сандық эпидемиология әдісімен бағалау жұмыстарын өткізу.

Методы исследования (на русском) : Основные методы проекта: Молекулярно-генетические: секвенирование генов и геномов, идентификация по 16S rRNA. Биоинформатические: филогенетический анализ, построение деревьев, серотипирование и анализ последовательностей с использованием специализированного ПО. Организационно-аналитические: создание базы данных, архивирование, публикация данных в международных репозиториях.

Методы исследования (на казахском) : Жобаның негізгі әдістері: Молекулярлық-генетикалық: гендер мен геномдарды секвенирлеу, 16S rRNA бойынща идентификациялау Биоақпараттық: филогенетикалық талдау, шежіресін құру, мамандандырылған бағдарламалық құрылғыны пайдалана отырып серотиптеу және кезеңділігіне талдау жасау. Ұйымдастыру-талдау әдістері: деректер базасын құру, мұрағаттау, ғылыми деректерді халықаралық репозиториядарда жариялау.

Obtained results and novelty (in Russian) : В рамках исследования проведен молекулярно-генетический анализ возбудителя сальмонеллёзного аборта кобыл, включающий секвенирование фрагмента гена 16S rRNA и полногеномное секвенирование 15 изолятов. Филогенетический анализ показал, что все изоляты принадлежат Salmonella enterica, включая S. enterica subsp. enterica serovar Abortusequi, подтверждая их видовую идентификацию и родство с референтными штаммами. Биoинформатический анализ NGS-данных с использованием SeqSero2 выявил, что все исследованные изоляты имеют серотип Bispebjerg, антигенный профиль 4:a:e,n,x и сиквенс-тип ST251, демонстрируя единое происхождение возбудителя в различных регионах Казахстана. Создана локальная база данных нуклеотидных последовательностей и репозиторий, планируется размещение данных в международном депозитории NCBI GenBank (PRJNA1258605), обеспечивая их публичную доступность. Новизна работы заключается в создании первой в Казахстане базы полногеномных последовательностей изолятов сальмонеллёзного аборта лошадей, проведении комплексного филогенетического и антигенного анализа, а также выявлении единых генетических и антигенных характеристик циркулирующего возбудителя.

Obtained results and novelty (in Kazakh) : Зерттеу аясында биелердің сальмонеллёзді аборты қоздырушысының 16S rRNA гені фрагментін секвенирлеу мен 15 изолятты толық геномды секвенирлеуден тұратын молекулярлық-генетикалық талдауы өткізілді. Филогенетикалық талдау көрсеткеніндей, барлық изоляттар, соның ішінде S. enterica subsp. enterica serovar Abortusequi қоса алғанда Salmonella enterica жатады, бұл олардың түрлік идентификациясы мен референттік штаммдарымен туыстастықта екенін дәлілдейді. Биoақпараттық талдау SeqSero2 пайдалана отырып өткізілді, ол NGS-деректеріне жасалып, барлық зерттелген изоляттардың Bispebjerg серотипін иеленетінін, 4:a:e,n,x антигендік профильде және ST251сиквенс-типте болатынын көрсетті, осы арқылы Қазақстанның түрлі өңірлерінен бөлініп алынған қоздырушылардың бірегей шығу тегіне ие екенін көрсетті. Нуклеотидтік кезеңділіктердің шектелген деректер базасы мен репозиторий құрылды, деректерді NCBI GenBank (PRJNA1258605) халықаралық депозиториясына орналастыру жоспарланып отыр, осы арқылы олардың жалпыға қолжетімділігін қамтамасыз ету көзделуде. Жұмыстың ғылыми жаңалығы Қазқстанда бірінші рет жылқыдардың сальмонеллёзді аборты изоляттарының толық геномды кезеңділігін құру, кешенді филогенетикалық және антигендік талдау жүргізу, сонымен қатар, табиғи айналымда жүрген қоздырушының бірегей генетикалық және антигендік сипаттамаларын жасау өткізілетін болады.

The main constructive and technical economic indicators (in Russian) : В ходе НИР проведён комплекс молекулярно-генетических исследований возбудителя сальмонеллёзного аборта кобыл — Salmonella enterica subsp. enterica serovar Abortusequi. Изучено 15 изолятов из разных регионов Казахстана. Для идентификации применены современные молекулярно-биологические и биоинформатические методы: анализ гена 16S rRNA, полногеномное секвенирование (NGS), филогенетический анализ и серотипирование (SeqSero2 v1.3.2). Получено от 1,09 до 2,63 млн прочтений на изолят, всего около 5,6 ГБ данных. Все штаммы образовали единую филогенетическую ветвь с референтными штаммами S. enterica, что подтверждает их видовую принадлежность и родство. Анализ показал, что образцы относятся к виду S. enterica subsp. enterica (subspecies I), серотипу Bispebjerg, антигенному профилю 4:a:e,n,x и сиквенс-типу ST251. Это указывает на генетическую однородность и общее происхождение возбудителя, циркулирующего в Казахстане. Создана база данных нуклеотидных последовательностей, размещённая на кафедральном сервере и архивном диске. После публикации результаты будут внесены в международный депозитарий NCBI GenBank (PRJNA1258605). Полученные данные имеют высокую научную и практическую ценность, формируя основу для сравнительных исследований, мониторинга и разработки мер биобезопасности в коневодстве.

The main constructive and technical economic indicators (in Kazakh) : Зерттеу барысында биелердегі сальмонеллездік түсіктің қоздырғышы - Salmonella enterica subsp. enterica serovar Abortusequi - кешенді молекулалық-генетикалық зерттеу жүргізілді. Қазақстанның әртүрлі аймақтарынан алынған он бес изолят зерттелінді. Идентификациялау үшін заманауи молекулалық биология және биоинформатика әдістері қолданылды: 16S рРНҚ генін талдау, геномды толық секвенирлеу (NGS), филогенетикалық талдау және серотиптеу (SeqSero2 v1.3.2). Әр изолят үшін 1,09-дан 2,63 миллионға дейін оқу алынды, жалпы көлемі шамамен 5,6 ГБ деректер. Барлық штамдар S. enterica-ның анықтамалық штамдары бар бір филогенетикалық тармақты құрады, бұл олардың түрге қатыстылығы мен туыстық байланысын растайды. Талдау үлгілердің S. enterica subsp. enterica түріне (I кіші түрі), Bispebjerg серотипіне, 4:a:e,n,x антиген профиліне және ST251 тізбек түріне жататынын көрсетті. Бұл генетикалық біртектілікті және Қазақстанда айналымдағы патогеннің ортақ шығу тегін көрсетеді. Нуклеотидтік тізбектер дерекқоры жасалып, департаменттің серверінде және мұрағат дискісінде орналастырылды. Жарияланғаннан кейін нәтижелер NCBI GenBank халықаралық депозитарийіне (PRJNA1258605) сақталады. Алынған деректер жоғары ғылыми және практикалық құндылыққа ие, салыстырмалы зерттеулер, мониторинг және жылқы өсірудегі биоқауіпсіздік шараларын әзірлеу үшін негіз болып табылады.

Level of implementation (in Russian) : По результатам проведённых исследований степень внедрения оценивается как высокая . Выполнен цикл: -проведён анализ нуклеотидных последовательностей и филогенетическое исследование изолятов возбудителя сальмонеллёзного аборта кобыл; -осуществлена идентификация изолятов методом секвенирования фрагмента гена 16S rRNA; -создана база данных нуклеотидных последовательностей генома 15 изолятов, сформирован локальный репозиторий данных; -выполнено полногеномное секвенирование и биоинформатический анализ с использованием специализированного программного обеспечения; -определен серотип, антигенный профиль и сиквенс-тип изолятов, что позволило установить генетическое родство и возможное общее происхождение возбудителя на территории Казахстана. -данные подготовлены для размещения в международном депозитории NCBI GenBank (инвентарный номер PRJNA1258605), что свидетельствует о завершённости основной исследовательской части и готовности к полной научной и практической реализации результатов.

Level of implementation (in Kazakh) : Өткізілген зерттеу нәтижелері бойынша ендіру дәрежесі жоғары деп бағаланады. Бірқатар жұмыстар атқарылды: - нуклеотидтік кезеңділікке талдау жасалынды және биелердің сальмонеллёзді аборты қоздырушысы изоляттарының филогенетикалық зерттеуі өткізілді; - 16S rRNA гені фрагментін секвенирлеу әдісімен изоляттарды идентификациядау жүргізілді; - 15 изоляттың геномы нуклеотидтік кезеңділігінің деректер базасы құрылды, дербес деректер репозиториі құрылды; - мамандандырылған бағдарламалық қамту құрылғысын пайдалана отырып толық геномды секвенирлеу және биақпараттық талдау жасалды; - изоляттардың серотипі, антигендік профилі мен сиквенс-типі анықталды, Қазақстан аумағында табиғи айналымда жүрген қоздырушылардың генетикалық туыстастықта екенін және ортақ шығу тегіндегі ықтималдығын анықтау мүмкіндігін берді. - деректер NCBI GenBank халықаралық депозиториіне орналастыру үшін дайындалды (инвентарлық номер PRJNA1258605), бұл негізгі зерттеу бөлімінің аяқталғанының және нәтижелердің толықтай ғылыми және практикалық жүзеге асырылуға дайын екендігінің дәлелі.

Efficiency (in Russian) : Проведён комплексный молекулярно-генетический анализ возбудителя сальмонеллёзного аборта у кобыл, включающий определение нуклеотидной последовательности генных фрагментов, филогенетический анализ и идентификацию изолятов методом 16S rRNA. Результаты подтвердили видовую принадлежность всех 15 исследованных изолятов к Salmonella enterica, включая серовар Abortusequi, и выявили их филогенетическое родство. В рамках проекта выполнено полногеномное секвенирование изолятов с получением значительного объёма данных (5,6 ГБ), создан репозиторий и база данных нуклеотидных последовательностей с последующим планируемым размещением в международном депозитории NCBI GenBank. Биoинформатический анализ показал, что все изоляты принадлежат к одному серотипу (Bispebjerg) и сиквенс-типу ST251, что указывает на генетическую однородность и возможное общее происхождение циркулирующего возбудителя. Таким образом, проведённые исследования отличаются высокой полнотой, достоверностью и научной значимостью, обеспечивая систематизированные данные о генетических характеристиках возбудителя и его территориальном распространении. Результаты обладают практическим потенциалом для эпидемиологического мониторинга, профилактики и контроля сальмонеллёзного аборта кобыл на территории страны.

Efficiency (in Kazakh) : Биелерде сальмонеллёзді аборт қоздырушысының кешенді молекулярлық-генетикалық талдауы өткізілді, талдауға ген фрагменттерінің нуклеотидтік кезеңділігін анықтау, 16S rRNA әдісі көмегімен филогенетикалық талдау және изоляттарды идентификациядау кіреді. Нәтижелер барлық 15 зерттелінген изоляттардың, соның ішінде Abortusequi сероварының Salmonella enterica түріне жататынын білдірді және олардың филогенетикалық туыстастықта екенін дәлелдеді. Жоба аясында айтарлықтай деректер көлемін алу (5,6 ГБ) түріндегі изоляттардың толық геномды секвенирленуі өткізілді, репозиторий және нуклеотидтік кезеңділік деректер базасы құрылды, оларды кейіннен NCBI GenBank халықаралық деректер депозиториіне орналастыру өткізілді. Биoақпараттық талдау көрсеткеніндей, барлық изоляттар бір серотипке (Bispebjerg) және ST251сиквенс-типке жатады, бұл олардың генетикалық бір тектілікте екеніне және табиғи айналымда жүрген қоздырушылардың ортақ шығу тенінде екеніне меңзейді. Сонымен, өткізілген зерттеулер толықтығының жоғары деңгейде, сенімділікте және ғылыми маңыздылықта болуымен ерекшеленеді, қоздырушының генетикалық сипаттамалары мен аумақтық таралуын жүйелендіруге мүмкіндіктер береді. Нәтижелер ел аумағында биелердің сальмонеллёзді абортын эпидемиологиялық мониторинглеу, профилактикадау және бақылауда ұстау үшін үлкен практикалық әлеуетке ие екенін көрсетеді.

Field of application (in Russian) : Целевыми потребителями полученных результатов станут государственная ветеринарная служба и хозяйствующие субъекты. Результаты работ будут распространены среди ветеринарного сообщества путем публикации результатов исследований, проведения семинаров (лекций) для практических ветеринарных работников и внедрены в учебный процесс при подготовке ветеринарных кадров.

Field of application (in Kazakh) : Алынған нәтижелердің мақсаттық тұтынушылары ретінде мемлекеттік ветеринариялық қызмет пен шаруашылық субъекттерін атауға болады. Ғылыми жұмыс нәтижелері зерттеу нәтижелерін жариялау, практикалық ветеринария саласы мамандарына семинарлар (дәрістер) жүргізілуі, зерттеу нәтижелерін жариялау түрінде ветеринариялық қауымдастық арасына таратылатын және ветеринария саласы мамандарын дайындау барысында оқу үдерісіне ендіру арқылы жүзеге асырылатын болады.