The object of research, development or design (in Russian) : В рамках ретроспективного исследования предполагается осуществление комплексной диагностики, включающей патоморфологическую, иммуногистохимическую и молекулярно-генетическую оценку имеющихся на момент подачи заявки ФФПБ образцов опухолевой ткани, полученных от пациентов с диагнозом МБ. В проспективном исследовании принимают участие пациенты, не достигшие 18-летнего возраста, у которых гистологически подтвержден диагноз МБ.

The object of research, development or design (in Kazakh) : Ретроспективті зерттеу шеңберінде МБ диагнозы қойылған пациенттерден алынған, өтінім беру кезінде ффпб бар ісік тінінің үлгілерін патоморфологиялық, иммуногистохимиялық және молекулалық-генетикалық бағалауды қамтитын кешенді диагностиканы жүзеге асыру көзделеді. Перспективалық зерттеуге МБ диагнозы гистологиялық тұрғыдан расталған 18 жасқа толмаған пациенттер қатысады.

Aim of work (in Russian) : Основная цель исследования заключается в изучении молекулярно-генетических особенностей и методов оценки эффективности терапии медуллобластомы у детей, разработке и внедрении алгоритмов диагностики и мониторинга для улучшения персонализированного подхода к ведению педиатрических пациентов с медуллобластомой в Казахстане.

Aim of work (in Kazakh) : Зерттеудің негізгі мақсаты балалардағы медуллобластома терапиясының тиімділігін бағалаудың молекулалық-генетикалық ерекшеліктері мен әдістерін зерделеу, Қазақстанда медуллобластомасы бар педиатриялық пациенттерді басқарудың дербестендірілген тәсілін жақсарту үшін диагностика және мониторинг алгоритмдерін әзірлеу және енгізу болып табылады.

Методы исследования (на русском) : Ретроспективное исследование будет включать анализ молекулярно-генетических характеристик МБ на основе ФФПБ опухолевых образцов. Предусмотрено проведение дополнительной патоморфологической оценки и иммуногистохимического анализа ФФПБ опухолевых тканей, совместно с Nagasaki University (Япония), в рамках меморандума о научном сотрудничестве. Для изучения генетической этиологии будет выполнена экстракция ДНК из ФФПБ опухолевых образцов, а затем будет проведено полноэкзомное секвенирование с использованием технологии NGS. В рамках проспективного исследования предполагается исследовать применение жидкостной биопсии и доли циркулирующей опухолевой ДНК (цоДНК) для оценки опухолевой гетерогенности и эффективности терапии. В ходе проспективного исследования планируется проведение полноэкзомного секвенирование ФФПБ образцов опухолевой ткани и сцДНК из спинномозговой жидкости (СМЖ), полученной во время резекции опухоли; это позволит изучить молекулярно-генетические особенности МБ, а сопоставление полученных результатов расширит понимание опухолевой гетерогенности. Выявленные онкогенные мутации будут валидированы и мониторированы с помощью аллель-специфической цифровой ПЦР. Полученные результаты позволят внедрить технологию жидкостной биопсии и определения доли цоДНК в качестве метода мониторинга терапии, более того, позволят расширить понимание вопросов опухолевой гетерогенности.

Методы исследования (на казахском) : Ретроспективті зерттеу ісік үлгілерінің FFPE негізінде МБ молекулалық-генетикалық сипаттамаларын талдауды қамтиды. Ғылыми ынтымақтастық туралы меморандум шеңберінде Нагасаки университетімен (Жапония) бірлесіп, ісік тіндерінің FFPE қосымша патоморфологиялық бағалау және иммуногистохимиялық талдау жүргізу көзделген. Генетикалық этиологияны зерттеу үшін ісік үлгілерінің FFPE ДНҚ экстракциясы орындалады, содан кейін NGS технологиясын пайдалана отырып, толық экзомды секвенирлеу жүргізіледі. Проспективті зерттеу аясында терапияның ісік гетерогенділігі мен тиімділігін бағалау үшін сұйық биопсияны және айналымдағы ісік ДНҚ-ның (аіДНҚ) үлесін қолдануды зерттеу көзделеді. Проспективті зерттеу барысында ісік резекциясы кезінде алынған цереброспинальды сұйықтықтан (ЖМС) алынған ісік тінінің және аіДНҚ үлгілерінің FFPB толық экзомдық секвенирлеу жүргізу жоспарлануда; бұл МБ молекулалық-генетикалық ерекшеліктерін зерттеуге мүмкіндік береді, ал алынған нәтижелерді салыстыру ісік гетерогенділігі туралы түсінікті кеңейтеді. Анықталған онкогендік мутациялар аллельге тән цифрлық ПТР арқылы тексеріледі және бақыланады. Алынған нәтижелер сұйық биопсия технологиясын енгізуге және терапияны бақылау әдісі ретінде аіДНҚ үлесін анықтауға мүмкіндік береді, сонымен қатар ісік гетерогенділігі мәселелерін түсінуді кеңейтуге мүмкіндік береді.

Obtained results and novelty (in Russian) : Проведено комплексное молекулярно-генетическое и биоинформатическое исследование детских случаев медуллобластомы, включающее анализ 49 FFPE-образцов опухолевой ткани и 21 образца СМЖ. По данным полноэкзомного секвенирования выявлен спектр соматических мутаций, включая патогенные варианты в генах KMT2C, RB1, NF1, PTCH1, PMS1/2, KDM6A, а также характерные копийные вариации (i17q, амплификация MYCN, делеция 6q и др.). Впервые в Казахстане проведён параллельный анализ опухолевой ДНК и циркулирующей ДНК СМЖ, показавший возможность мониторинга терапии по динамике аллельного баланса. Установлено, что мутации в путях DDR (HR, MMR) встречаются у 71,4% пациентов и могут быть ассоциированы с чувствительностью к цисплатину и этопозиду. Научная новизна проекта заключается в идентификации уникальных генетических профилей казахстанской когорты пациентов с медуллобластомой и демонстрации потенциала сцДНК из СМЖ как неинвазивного биомаркера для оценки эффективности терапии и персонализированного прогноза.

Obtained results and novelty (in Kazakh) : Балалардағы медуллобластоманың клиникалық жағдайлары бойынша кешенді молекулалық-генетикалық және биоинформатикалық зерттеу жүргізілді. Зерттеу 49 ісік тінінің FFPE үлгісін және жұлын ми сұйықтығының 21 үлгісін талдауды қамтыды. Толық экзомдық секвенирлеу нәтижелері бойынша соматикалық мутациялардың спектрі анықталды, олардың ішінде KMT2C, RB1, NF1, PTCH1, PMS1/2, KDM6A гендеріндегі патогендік варианттар, сондай-ақ тән көшірме вариациялары (i17q, MYCN амплификациясы, 6q делециясы және т.б.) айқындалды. Қазақстанда алғаш рет ісік ДНҚ мен жұлын сұйықтығындағы айналымдағы ДНҚ-ны параллельді талдау жүргізіліп, аллельдік баланстың динамикасы арқылы терапияны бақылау мүмкіндігі көрсетілді. DDR (HR, MMR) жолдарындағы мутациялар пациенттердің 71,4%-ында анықталып, цисплатин мен этопозидке сезімталдықпен байланысты болуы мүмкін екені белгіленді. Жобаның ғылыми жаңалығы медуллобластомамен ауыратын қазақстандық пациенттер когортасының бірегей генетикалық профильдерін анықтауда және жұлын сұйықтығындағы еаДНҚ-ның терапия тиімділігін бағалау мен дербестендірілген болжам жасауға арналған инвазивті емес биомаркер ретіндегі әлеуетін көрсетуінде болып табылады.

The main constructive and technical economic indicators (in Russian) : В рамках проекта проведено молекулярно-генетическое исследование 49 FFPE-образцов опухолевой ткани и 21 образца спинномозговой жидкости у детей с медуллобластомой. Получены высококачественные ДНК-препараты (средняя концентрация 1276 нг/мкл для опухолевой ткани, 3,1–5,4 нг/мкл для СМЖ и плазмы). Выполнено полноэкзомное секвенирование, биоинформатический анализ и валидация результатов. Разработаны праймеры для семи целевых мутаций. Идентифицированы ключевые мутационные события и копийные вариации, подтверждён потенциал сцДНК для мониторинга терапии, что формирует основу для внедрения персонализированных подходов.

The main constructive and technical economic indicators (in Kazakh) : Жоба аясында медуллобластомамен ауыратын балалардың ісік тінінің 49 FFPE үлгісі және жұлын сұйықтығының 21 үлгісі бойынша молекулалық-генетикалық зерттеу жүргізілді. Жоғары сапалы ДНҚ-препараттар алынды (ісік тіні үшін орташа концентрациясы 1276 нг/мкл, жұлын ми сұйықтығы мен плазма үшін – 3,1–5,4 нг/мкл). Толық экзомдық секвенирлеу, биоинформатикалық талдау және нәтижелерді валидациялау орындалды. Жеті нысаналы мутацияға арналған праймерлер әзірленді. Негізгі мутациялық оқиғалар мен көшірме вариациялары анықталды, терапияны бақылауда еаДНҚ қолданудың әлеуеті расталды. Бұл дербестендірілген тәсілдерді енгізудің негізін қалайды.

Level of implementation (in Russian) : Результаты исследования находятся на этапе практической апробации и используются в научно-исследовательской и учебной деятельности. Отдельные методические подходы и аналитические решения постепенно интегрируются в текущие проекты по молекулярной диагностике опухолей. Полученные данные создают основу для дальнейшего внедрения в лабораторную и клиническую практику.

Level of implementation (in Kazakh) : Зерттеу нәтижелері практикалық апробация кезеңінде және ғылыми-зерттеу мен оқу үдерісінде пайдаланылуда. Жекелеген әдістемелік тәсілдер мен талдамалық шешімдер біртіндеп ісік ауруларының молекулалық диагностикасы бойынша ағымдағы жобаларға енгізілуде. Алынған деректер оларды зертханалық және клиникалық тәжірибеге одан әрі енгізудің негізін қалайды.

Efficiency (in Russian) : Результаты позволили повысить точность молекулярной диагностики и верификации подтипов медуллобластомы, а также подтвердили диагностическую ценность сцДНК как неинвазивного маркера. Это обеспечивает основу для персонализированного подхода в лечении и снижает риск диагностических ошибок.

Efficiency (in Kazakh) : Зерттеу нәтижелері медуллобластоманың молекулалық диагностикасы мен оның ішкі типтерін верификациялау дәлдігін арттыруға мүмкіндік берді, сондай-ақ еаДНҚ-ның инвазивті емес маркер ретінде диагностикалық құндылығын растады. Бұл дербестендірілген емдеу тәсілін қолдануға негіз болып, диагностикалық қателіктер қаупін төмендетеді.

Field of application (in Russian) : Онкология, клиническая генетика

Field of application (in Kazakh) : Онкология, клиникалық генетика