The object of research, development or design (in Russian) : Erwnina amylovora, Venturia inaequalis, Venturia pirina, Venturia asperata, Malus P. Mill.

The object of research, development or design (in Kazakh) : Erwnina amylovora, Venturia inaequalis, Venturia pirina, Venturia asperata, Malus P. Mill.

Aim of work (in Russian) : Целью проекта является полногеномное и молекулярно-генетическое изучение разных штаммов и изолятов Erwnina amylovora, Venturia inaequalis, Venturia pirina и Venturia asperata циркулирующих в диких и культурных популяциях яблони и груши, а также в естественных резервуарах для анализа эволюции и патогенности возбудителей бактериального ожога и парши плодовых культур.

Aim of work (in Kazakh) : Жобаның мақсаты алма мен алмұрттың жабайы және дақылды популяцияларында, сондай-ақ бактериялық күйік пен жеміс қотырының қоздырғыштарының эволюциясы мен патогенділігін талдау үшін табиғи резервуарларда айналатын Erwnina amylovora, Venturia inaequalis, Venturia pirina және Venturia asperata әртүрлі штамдары мен изоляттарын геномдық және молекулалық-генетикалық зерттеу болып табылады.

Методы исследования (на русском) : Классические методы молекулярной биологии: амплификация и секвенирование нуклеиновых кислот, биоинформарический анализ.

Методы исследования (на казахском) : Молекулалық биологияның классикалық әдістері: нуклеин қышқылдарының амплификациясы және секвенирлеу, биоинформарлық талдау.

Obtained results and novelty (in Russian) : Было проведено полногеномное секвенирование 30 изолятов Erwnina amylovora и 8 изолятов Venturia. Наиболее генетическими близкими штаммами для Erwnina amylovora из базы данных NCBI являлись N434113.1 и FN666575.1. Большинство изолятов Erwnina amylovora относятся к R1 риботипу. Наибольшее количество вариаций было выявлено в плазмидном геноме и белок некодирующих регионах генома. Большинство вариаций, 54%, приходились на изоляты, выделенные у дикой яблони. Семь изолятов Venturia inaequalis показали наибольшее генетическое родство с расой 1, и один изолят с расой 2. Было выявлено 125 вариаций в 8 изолятах Venturia inaequalis, выделенных в географически отдаленных популяциях. Было выявлено 3 уникальные вариации в генах, кодирующих эффекторные белки у Venturia inaequalis раса 1. Было выялено 5 изолятов Erwnina amylovora, относящихся к А-генотипу при изучении CRR1 регионов генома. Было выявлено от 246 до 260 SNP среди 30 изучаемых изолятов. Изоляты Venturia inaequalis обладали гомологией, которая составилла 98,7%. Наибольшее генетическое расстояние составило 0.015, наименьшее генетическое расстояние составило 0,009. По результатам анализа Erwinia amylovora, по >3800 позиций генома, изоляты формируют три основных филогенетических кластера, различающихся в среднем по 147 SNP. Создана коллекция чистых культур Erwnina amylovora (30 изолятов) и Venturia inaequalis (8 изолятов).

Obtained results and novelty (in Kazakh) : 30 Erwnina amylovora изоляттары мен 8 Venturia изоляттарының толық геномдық секвенирлеу жасалды. NCBI дерекқорынан Erwnina amylovora үшін ең генетикалық жақын штамдар N434113.1 және FN666575.1 болды. Erwnina amylovora изоляттарының көпшілігі R1 риботипіне жататын болып табылды. Вариациялардың ең көп саны плазмидтік геномда және ақуыз геномның кодталмаған аймақтарында анықталды. Вариациялардың көпшілігі, 54%, жабайы алма ағашынан оқшауланған изоляттарда болды. Venturia inaequalis-тің жеті изоляты 1-ші нәсілге ең үлкен генетикалық байланысты көрсетті, ал 2-ші нәсілге бір изолят. Географиялық тұрғыдан алыс популяцияларда оқшауланған 8 Venturia inaequalis изоляттарында 125 вариация анықталды. Эффекторлық ақуыздарды кодтайтын гендерде 3 ерекше Venturia inaequalis 1 нәсіл вариациялары анықталды. Геномның CRR1 аймақтарын зерттеу кезінде А генотипіне жататын 5 Erwnina amylovora изоляттары анықталды. Зерттелген 30 изоляттың ішінде 246-дан 260-қа дейін SNP анықталды. Зерттелген 30 изоляттың ішінде 246-дан 260-қа дейін SNP анықталды. Venturia inaequalis изоляттары гомологияға ие болды, ол 98,7% құрады. Ең үлкен генетикалық қашықтық 0.015 болды, ең кіші генетикалық қашықтық 0,009 болды. Erwinia amylovora талдауы бойынша > 3800 геномдық позиция бойынша изоляттар орта есеппен 147 SNP бойынша ерекшеленетін үш негізгі филогенетикалық кластерді құрады. Erwnina amylovora (30 изолят) және Venturia inaequalis (8 изолят) таза дақылдар жинағы құрылды.

The main constructive and technical economic indicators (in Russian) : Были выявлены уникальные вариантные позиции в геноме патогенов Erwnina amylovora и Venturia inaequalis, которые могут быть ассоциированы с вирулентностью патогенов и служит маркерами идентификации высокопатогенных штаммов. Была создана референсная коллекция чистых культур Venturia inaequalis и Erwnina amylovora.

The main constructive and technical economic indicators (in Kazakh) : Erwnina amylovora және Venturia inaequalis патогендерінің геномында бірегей вариантты позициялар анықталды, олар патогендердің вируленттілігімен байланысты болуы мүмкін және жоғары патогенді штаммдарды анықтау маркерлері ретінде қызмет етеді. Venturia inaequalis және Erwnina amylovora таза дақылдарының анықтамалық жинағы құрылды.

Level of implementation (in Russian) : Потенциал использования разработак проекта в научной и прикладной сфере очень высокий. Выявлен уникальные варианты геномов патогенов, которые могут быть использованы в детекции штаммов и рас.

Level of implementation (in Kazakh) : Ғылыми және қолданбалы салада жобаны әзірлеу әлеуеті өте жоғары. Штаммдар мен нәсілдерді анықтауда қолдануға болатын патогендік геномдардың бірегей нұсқалары анықталды.

Efficiency (in Russian) : Были выявлены варианты в геномах у разных изолятов Venturia inaequalis и Erwnina amylovora, которые могут быть ассоциированы с вирулентностью и послужить для идентификации штаммов и рас. Были выявлены штаммы и расы с наибольшей гомологией относительно локальных изолятов, данные штаммы и расы преимущественно распространены в Европейском регионе. Высокая гомология с Европейскими штаммами может говорить о том, что происходит обмен патогенами преимущественно с данным регионом ввиду завоза посадочного материала, и другого растительного материала, потенциального хозяина для данных патогенов. Была создана коллекция чистых культур Erwnina amylovora (30 изолятов) и Venturia inaequalis (8 изолятов). Преимуществено изоляты были выделены у образцов культурной яблони, произростающей в Алматинской и Жамбылской областях. В коллекции включены чистые культуры Venturia inaequalis, относящейся к первой расе. R1 и R4 риботипы Erwinia amylovora. Чистые культуры хранятся на питательных средах при температуре 4С с периодическим пересевом, а также в глицериновых стоках при температуре -80С.

Efficiency (in Kazakh) : Venturia inaequalis және Erwnina amylovora әртүрлі изоляттарындағы геномдарда нұсқалар анықталды, олар вируленттілікпен байланысты болуы мүмкін және штаммдар мен нәсілдерді анықтауға қызмет етеді. Жергілікті изоляттарға қатысты ең үлкен гомологиясы бар штамдар мен нәсілдер анықталды, бұл штамдар мен нәсілдер негізінен еуропалық аймақта кең таралған. Еуропалық штаммдармен жоғары гомология отырғызу материалын және осы патогендердің әлеуетті иесі болып табылатын басқа өсімдік материалын әкелуге байланысты патогендердің негізінен осы аймақпен алмасуы бар екенін көрсетуі мүмкін. Erwnina amylovora (30 изолят) және Venturia inaequalis (8 изолят) таза дақылдар жинағы құрылды. Негізінен оқшаулағыштар Алматы және Жамбыл облыстарында өсетін дақылды алма ағаштарының сынамаларынан бөлінді. Жинаққа бірінші нәсілге жататын Venturia inaequalis, Erwinia amylovora R1 және R4 риботиптері таза дақылдары кіреді. Таза дақылдар мезгіл-мезгіл егілетін 4℃ температурада, сондай-ақ глицерин ағындарында-80℃ температурада қоректік ортада сақталады.

Field of application (in Russian) : фитопатология, селекция, молекулярная биология, сельское хозяйство, рациональное использование растительных ресурсов

Field of application (in Kazakh) : фитопатология, селекция, молекулалық биология, ауыл шаруашылығы, өсімдік ресурстарын ұтымды пайдалану