The object of research, development or design (in Russian) : геномная ДНК, полученная из периферической крови больных раком молочной железы и условно здоровых лиц.

The object of research, development or design (in Kazakh) : сүт безі қатерлі ісігімен ауыратын науқастардың және шартты түрде сау адамдардың перифериялық қанынан алынған геномдық ДНҚ.

Aim of work (in Russian) : Провести комплексный анализ мутаций и полиморфизмов генов, ассоциированных с развитием рака предстательной железы в казахстанской популяции и определить клинически значимые, диагностические и прогностические генетические маркеры.

Aim of work (in Kazakh) : Қазақстандық популяцияда қуықасты безігі қатерлі ісігінің дамуымен байланысты гендердің мутациялары мен полиморфизмдеріне кешенді талдау жүргізу және клиникалық маңызды, диагностикалық және болжамдық генетикалық маркерлерді анықтау.

Методы исследования (на русском) : методы молекулярно-генетического, биоинформационного и статистического анализа

Методы исследования (на казахском) : молекулалық-генетикалық, биоақпараттық және статистикалық талдау әдістері

Obtained results and novelty (in Russian) : На платформе MiSeq Illumina проведено таргетное NGS-секвенирование в опытной (91 обр.) и контрольной (61 обр.) группах (всего 152 обр.). NGS-секвенирование проведено согласно протоколу TruSight Rapid Capture Kit с использованием панели TruSight Cancer Sequencing Panel (Illumina, USA). Было проведено секвенирование более чем 1700 экзонов и прилегающих к ним интронов (50 п.о.) 94 генов, вовлеченных в канцерогенез (255 kb генома человека). По результатам биоинформационного анализа у 29 из 91 пациента с раком предстательной железы (РПЖ) было выявлено 5 типов патогенных вариантов: акцепторный вариант сплайсинга c.7008-2A>T в гене BRCA2, миссенс- вариант c.631G>A в гене BRCA2, нонсенс-мутация c.2465T>G в гене ATM, миссенс-вариант c.470T>C в гене CHEK2 и интронный вариант c.1185+30064G>A в гене EHBP1. Патогенная мутация EHBP1 c.1185+30064G>A была выявлена у 24 пациентов с РПЖ. Эта мутация описана в базе данных ClinVar как патогенная и ассоциируется с повышенным риском развития РПЖ, а также с более агрессивным его течением. В контрольной группе условно здоровых индивидов эта патогенная мутация была выявлена у 6 из 61 человека, что составляет 9,8%. Не было выявлено достоверной разницы между возрастом и стадией у пациентов с мутацией и без нее. Однако была выявлена достоверная разница (р=0,05) в частоте встречаемости данной мутации между группой пациентов с РПЖ и группой здоровых лиц. Сила связи между данной мутацией и риском РПЖ, измеренная с помощью OR, составила 1,203.

Obtained results and novelty (in Kazakh) : Miseq illumina платформасында тәжірибелік (91 үлгі) және бақылау (61 үлгі) топтарында (барлығы 152 үлгі) таргетті NGS-секвенирлеу жүргізілді. NGS-секвенирлеу TruSight Rapid Capture Kit (Illumina, USA) хаттамасына сәйкес TruSight Cancer Sequencing Panel көмегімен жүзеге асырылады. Канцерогенезге қатысатын 94 геннің 1700-ден астам экзондары мен оларға іргелес интронды аймақтары (50 н.ж.) (адам геномының 255 kb) секвенирленді. Биоинформатикалық талдау нәтижелері бойынша қуықасты безі қатерлі ісігі (ҚБҚІ) бар 91 науқастың 29-ында патогендік нұсқалардың 5 түрі анықталды: BRCA2 геніндегі c.7008-2A>Т акцепторлық сплайсинг нұсқасы, BRCA2 геніндегі c.631G>A миссенс-нұсқа, ATM геніндегі c.2465T>G нонсенс-мутация, CHEK2 генінде c.470T>C миссенс-нұсқа және EHBP1 генінде интрондық нұсқа с.1185+30064G>A. EHBP1 патогендік мутациясы c.1185+30064G>A ҚБҚІ бар 24 науқаста анықталды. Бұл мутация ClinVar дерекқорында патогенді деп сипатталған және ҚБҚІ-нің даму қаупінің жоғарылауымен, сондай-ақ оның агрессивті ағымымен байланысты. Шартты түрде сау адамдардың бақылау тобында бұл патогендік мутация 61 адамның 6-да анықталды, бұл 9,8% құрайды. Мутациясымен және мутациясыз науқастарда жас пен кезең арасында сенімді айырмашылық анықталған жоқ. Алайда, ҚБҚІ бар науқастар тобы мен сау адамдар тобы арасындағы берілген мутацияның пайда болу жиілігінде сенімді айырмашылық (р=0,05) анықталды. Берілген мутация мен OR-мен өлшенген ҚБҚІ қаупі арасындағы байланыс күші 1,203 құрады.

The main constructive and technical economic indicators (in Russian) : анализ >1700 экзонов 94 таргетных онкогенов; выявление 5 типов патогенных вариантов у пациентов с раком предстательной железы; опубликовано 2 тезиса в сборниках трудов международных научных конференций.

The main constructive and technical economic indicators (in Kazakh) : 94 мақсатты онкогеннің 1700 экзонын талдау; қуық асты безі қатерлі ісігі бар науқастарда патогендік нұсқалардың 5 түрін анықтау; халықаралық ғылыми конференциялардың еңбектер жинағында 2 тезис жарияланды.

Level of implementation (in Russian) : не внедрено

Level of implementation (in Kazakh) : енгізілмеген

Efficiency (in Russian) : Комплексное изучение последовательностей генов, ассоциированных с развитием канцерогенеза, на основе передовых технологий изучения генома (NGS), позволит эффективно и всесторонне проанализировать взаимосвязь генетических вариаций с особенностями предрасположенности, развития и динамики клинико-прогностических параметров рака предстательной железы в популяции казахов. Значимость работы заключается в возможности проводить молекулярно-генетическое тестирование и выделять группы пациентов с высоким риском развития РПЖ. Эти результаты могут быть использованы для проведения медико-генетического консультирования семей, что поможет определить риск повторения РПЖ в этих семьях. Кроме того, комплексный анализ геномных участков и клинических данных позволяет ожидать выявления раннее неизвестных патогенных мутаций и полиморфизмов, ассоциированных с РПЖ.

Efficiency (in Kazakh) : Геномды зерттеудің озық технологиялары (NGS) негізінде канцерогенездің дамуымен байланысты гендер тізбегін кешенді зерттеу генетикалық вариациялардың қазақ популяциясындағы қуық асты безі қатерлі ісігінің бейімділік, даму және клиникалық-болжамдық параметрлерінің динамикасы ерекшеліктерімен өзара байланысын тиімді және жан-жақты талдауға мүмкіндік береді. Жұмыстың маңыздылығы молекулярлық-генетикалық тестілеуді жүргізу және ҚБҚІ даму қаупі жоғары науқастар тобын анықтау мүмкіндігінде. Бұл нәтижелер отбасыларға медициналық-генетикалық кеңес беру үшін пайдаланылуы мүмкін, бұл осы отбасыларда ҚБҚІ-нің қайталану қаупін анықтауға көмектеседі. Сонымен қатар, геномдық аймақтар мен клиникалық деректерді кешенді талдау бұрын белгісіз патогендік мутациялар мен ҚБҚІ-мен байланысты полиморфизмдердің анықталуын күтуге мүмкіндік береді.

Field of application (in Russian) : онкология, урология, генетика.

Field of application (in Kazakh) : онкология, урология, генетика.