The object of research, development or design (in Russian) : Типичные штаммы Salmonellа, вида S.enterica, серовариантов S.typhi, S. Paratyphi A, S.enteritidis, S. Typhimurium (всего 50 штаммов) и 10 штаммов вида S. Bongori, изолированные в разные годы в различных регионах Республики Казахстан.

The object of research, development or design (in Kazakh) : S. enterica түрінің 50 Salmonella штаммдары (S. typhi, S. paratyphi A, S. Enteritidis, S. typhimurium сероварианттары) және Қазақстан Республикасының әртүрлі өңірлерінде әртүрлі жылдары оқшауланған S. Bongori түрінің 10 штаммы таңдалды.

Aim of work (in Russian) : Совершенствование мониторинга популяций сальмонелл и энтеровирусов на территории Казахстана путем разработки высокоспецифичных диагностических тест-систем на основе метода ПЦР в реальном времени для экспрессного определения этиологической причины вспышек сальмонеллезных и энтеровирусных инфекций с целью проведения адекватных и оперативных противоэпидемических мероприятий.

Aim of work (in Kazakh) : Жедел эпидемияға қарсы іс-шараларды жүргізу мақсатында сальмонеллез және энтеровирустық инфекциялардың өршуінің этиологиялық себебін жедел анықтау үшін нақты уақыттағы ПТР әдісі негізінде жоғары спецификалық диагностикалық тест-жүйелерді әзірлеу арқылы Қазақстан аумағында сальмонеллалар мен энтеровирустар популяцияларының мониторингін жетілдіру.

Методы исследования (на русском) : Молекулярно-генетический анализ патогенов – генотипирование и сиквенс-анализ, ПЦР РВ, MLVA типирования, эпидемиологические, микробиологические исследования, биоинформационный анализ, ГИС-технологии.

Методы исследования (на казахском) : Патогендердің молекулалық-генетикалық талдауы – генотиптеу және сиквенс-талдау, НУ-ПТР, MLVA типтеу, эпидемиологиялық, микробиологиялық зерттеулер, биоақпараттық талдау, ГИС-технология.

Obtained results and novelty (in Russian) : Проведен сбор и анализ информации по определению уровня изученности генома сальмонелл и энтеровирусов. Идентифицировано более 2600 сероваров, основными возбудителями вспышек являются S. enterica сероваров Typhimurium и Enteritidis. Анализ геномного пейзажа 2023 года выявил превалирование антибиотикоустойчивых штаммов сальмонеллеза. Из лаборатории национальной коллекции микроорганизмов ННЦООИ были отобраны типичные штаммы Salmonellа, всего 50 штаммов. Экстракция геномной ДНК осуществляли с помощью набора QIAamp DNA Mini Kit. Выделенные образцы ДНК сальмонелл далее использовали для проведение молекулярного типирования, также в качестве матрицы для апробации праймеров и ПЦР тест-систем в процессе разработки. Для проведения внутривидовой дифференциации сальмонелл был использован метод молекулярного генотипирования - протокол MLVA5, основанный на пяти VNTR локусах (STTR3, STTR5, STTR6, STTR9 и STTR10), предложенный в 2003 году Линдстедтом и его коллегами. В работе для определения VNTR профилей сальмонелл нами были отобраны 30 образцов ДНК вида S. enterica и 10 вида S. bongori. Методом мультиплексной ПЦР было начато исследование тандемных повторов с переменным числом (VNTR). Для точного определения размера продуктов ПЦР VNTR на приборе SegStudio использован капиллярный электрофорез в присутствии размерного стандарта Liz600.

Obtained results and novelty (in Kazakh) : Сальмонеллалар мен энтеровирустардың геномын зерттеу деңгейін анықтау бойынша ақпарат жиналып, талданды. 2600-ден астам сероварлар анықталды, індеттің негізгі қоздырғыштары Typhimurium және Enteritidis сероварларының S. enterica болып табылады. 2023 жылғы геномдық ландшафтты талдау сальмонеллездің антибиотикке төзімді штаммдарының басым болуын анықтады. АҚИҰҒО микроорганизмдердің ұлттық коллекциясының зертханасынан S. enterica түрінің барлығы 50 Salmonella штаммдары таңдалды. Геномдық ДНҚ экстракциясы QIAamp DNA Mini Kit көмегімен жүзеге асырылды. Бөлінген сальмонелла ДНҚ сынамалары молекулалық типтеу жүргізу, сондай-ақ праймерлер мен ПТР тест-жүйесін әзірлеу процесі кезінде үлгі ретінде пайдаланылды. Сальмонеллалардың түрішілік дифференциациясын жүргізу мақсатында 2003 жылы Линдстедт және оның әріптестері ұсынған бес VNTR локустарына (STTR3, STTR5, STTR6, STTR9 және STTR10) негізделген молекулалық генотиптеу әдісі қолданылды. Сальмонеллалардың VNTR профильдерін анықтау үшін біз S. enterica түрінің 30 және S. bongori түрінің 10 ДНҚ сынамаларын таңдадық. Мультиплексті ПТР әдісімен айнымалы санды тандемді қайталауды (VNTR) зерттеу басталды. SegStudio құрылғысында ПТР өнімдерінің мөлшерін дәл анықтау мақсатында Liz600 өлшемдік стандартының қатысуымен капиллярлық электрофорез қолданылды.

The main constructive and technical economic indicators (in Russian) : Выполнение работы на разных этапах реализации проекта: отбор штаммов, культивирование возбудителей сальмонеллеза в BSL-2, получение микробной массы, экстракция и измерение концентрации ДНК, микробиологические исследования биологического материала и изолированных штаммов, генетические исследования (ПЦР, генотипирование, SNP, полногеномное секвенирование) с проведением биоинформационного анализа, разработка, синтез праймеров, на основе разработанных праймеров и зондов конструирование ПЦР-тест-системы.

The main constructive and technical economic indicators (in Kazakh) : Жобаны іске асырудың әртүрлі кезеңдерінде жұмысты орындау: штаммдарды іріктеу, BSL-2-де сальмонеллез қоздырғыштарын өсіру, микробтық массаны алу, ДНҚ бөлу және концентрациясын өлшеу, биологиялық материалды және оқшауланған штаммдарды микробиологиялық зерттеу, биоақпараттық талдау жүргізе отырып генетикалық зерттеулер (ПТР, генотиптеу, SNP, толық геномды секвенирлеу), праймерлерді әзірлеу, синтездеу, әзірленген праймерлер мен зондтардың негізінде ПТР-тест жүйесін жобалау.

Level of implementation (in Russian) : Разработана тест-система для выявления сальмонелл вида Salmonella enterica, включая сальмонеллы редких групп, на основе мультиплексной ПЦР-РВ.

Level of implementation (in Kazakh) : Мультиплексті НУ-ПТР негізінде Salmonella enterica түрінің сальмонеллаларын, соның ішінде сирек кездесетін топтардың сальмонеллаларын анықтауға арналған тест-жүйе әзірленді.

Efficiency (in Russian) : Получены положительные результаты апробации сконструированной ПЦР тест-системы для выявления сальмонелл вида Salmonella enterica.

Efficiency (in Kazakh) : Salmonella enterica түрінің сальмонеллаларын анықтауға арналған әзірленген ПТР тест-жүйе апробацияның оң нәтижелері алынды.

Field of application (in Russian) : Целевые потребители ПЦР тест-систем – учреждения противочумной, санитарно-эпидемиологической, ветеринарной служб, лаборатории поликлиник, инфекционных стационаров, профильные научные учреждения.

Field of application (in Kazakh) : ПТР тест-жүйелерінің мақсатты тұтынушылары – обаға қарсы күрес станциялары, санитариялық-эпидемиологиялық, ветеринариялық қызметтер мекемелері, емханалар зертханалары, инфекциялық стационарлар, профильді ғылыми мекемелер.