The object of research, development or design (in Russian) : Объекты исследований - штаммы из национальной коллекции микроорганизмов ННЦООИ, депонированные в 1970-2022 гг.

The object of research, development or design (in Kazakh) : Зерттеу нысандары - АҚИҰҒО 1970-2022 жылдары сақталынған микроорганизмдердің ұлттық коллекциясы болып табылады.

Aim of work (in Russian) : Совершенствование эпидемиологического надзора для обеспечения биологической безопасности и эпидемиологического благополучия населения на территории республики и изучение генетической вариабельности возбудителей чумы и туляремии на внутривидовом уровне и оценка влияния на эпидемические проявления инфекций, с использованием методов молекулярной и пространственной эпидемиологии.

Aim of work (in Kazakh) : Республика аумағында халықтың биологиялық қауіпсіздігі мен эпидемиологиялық салауаттылығын қамтамасыз ету үшін эпидемиологиялық қадағалауды жетілдіру және оба мен туляремия қоздырғыштарының генетикалық өзгергіштігін түр ішілік деңгейде зерттеу және инфекциялардың эпидемиялық көріністеріне әсерін молекулалық және кеңістіктік эпидемиология әдістерін қолданып бағалау.

Методы исследования (на русском) : Использованы молекулярно-генетические методы: ПЦР РВ, MLVA и SNP типирования, полногеномное секвенирование, эпидемиологические, микробиологические исследования, биоинформационный анализ, ГИС-технологии.

Методы исследования (на казахском) : Молекулярлық-генетикалық әдістер: ПТР НУР, MLVA және SNP типтеу, толық геномды секвенирлеу, эпидемиологиялық, микробиологиялық зерттеулер, биоинформациялық талдау, ГАЖ-технологиясы қолданылды

Obtained results and novelty (in Russian) : Проведено генотипирование, 25 VNTR локусов методом MLVA и полногеномное секвенирование 20 штаммов Y. pestis. Анализируемые штаммы составили две ветви филогенетического древа 0ANT2 и 2MED1. Разработана ПЦР тест-система для одновременного выявления и проведение экстренной дифференциальной идентификации возбудителей чумы, сибирской язвы и туляремии методом ПЦР в режиме реального времени. Подготовлены НД. Проведен сбор и анализ данных по заболеваемости туляремией людей на природно-очаговой территории РК за последние 80 лет. Наиболее эпидемически активными были Алматинская, Павлодарская области, ВКО, ЗКО. Основными эпидемиологическими типами заболеваемости остаются трансмиссивный, водный и промысловый, и алиментарный путь передачи инфекции. Источниками инфекции остаются водяные полевки и ондатры. Выделение ДНК из инактивированных бактериальных суспензий проводилось с помощью «QIAamp DNA Mini Kit». С целью изучения генетического полиморфизма и оценки эффективности сконструированных систем праймеров и зондов для идентификации вида в ПЦР-РВ была собрана коллекция из 20 образцов ДНК штаммов F. tularensis. Для молекулярного типирования F. tularensis была использована панель, состоящая из 9 VNTR локусов. Разделение ПЦР продуктов проведен методом капиллярного электрофореза на приборе SegStudio в присутствии размерного стандарта Liz600.

Obtained results and novelty (in Kazakh) : 25 VNTR локустарын қолдану нәтижесінде MLVA әдісімен генотиптеу және Y. pestis 20 штаммдарының толық геномдық сиквенсі жүргізілді. Талданған штаммдар филогенетикалық шежіренің 0ANT2 және 2.MED1 екі тармағын құрады. Нақты уақыт режимінде ПТР әдісімен оба, сібір жарасы (күйдіргі) және туляремия қоздырғыштарын бір мезгілде анықтауға және дифференциалауға арналған ПТР тест-жүйесі әзірленді. НҚ дайындалды. Соңғы 80 жыл ішінде ҚР табиғи-ошақты аумағында адамдардың туляремиямен сырқаттануы бойынша деректерді жинау және талдау жүргізілді. Ең эпидемиялық белсенділері Алматы облысы, Павлодар облысы, ШҚО және БҚО болып саналды. Аурудың негізгі эпидемиологиялық түрлері трансмиссивті, сулы және алиментарлық берілу жолдары болып табылды. Су тышқандары мен ондатрлар инфекция көзі болып қала береді. Инактивтендірілген бактериялық суспензиялардан ДНҚ экстракциясы QIAamp DNA Mini Kit көмегімен жүзеге асырылды. F. tularensis суспензиясынан бөлінген штаммдардың 20 ДНҚ үлгілерінің жиынтығы генетикалық полиморфизмді зерттеуге және оны идентификациялауға құрастырылған праймерлер мен зондтар жүйесінің тиімділігін бағалау мақсатында жиналды. F. tularensis штаммдарын молекулалық типтеу үшін 9 VNTR локустарынан тұратын панель пайдаланылды. ПТР өнімдерін бөлу Liz600 өлшемді стандартының қатысуымен SegStudio құрылғысында капиллярлық электрофорез әдісімен жүргізілді.

The main constructive and technical economic indicators (in Russian) : Выполнение работы на разных этапах реализации проекта: отбор штаммов, культивирование возбудителей чумы и туляремии в BSL-3, получение бактериальных суспензии, экстракция ДНК, измерение концентрации ДНК, микробиологические исследования биологического материала и изолированных штаммов, генетические исследования (ПЦР, генотипирование, SNP, полногеномное секвенирование) с проведением биоинформационного анализа, разработка, синтез праймеров, на основе разработанных праймеров и зондов сконструирование ПЦР-тест-системы.

The main constructive and technical economic indicators (in Kazakh) : Жобаның әртүрлі кезеңдерінде жұмыстарды орындау: штаммдарды таңдау, оба және туляремия қоздырғыштарын BSL-3-де өсіру, бактериялық суспензияларды алу, ДНҚ экстракциясы, ДНҚ концентрациясын өлшеу, биологиялық материал мен оқшауланған штаммдарды микробиологиялық зерттеу, биоақпараттық талдаумен генетикалық зерттеулер (ПТР, генотиптеу, SNP, тұтас геномды секвенирлеу), әзірленген праймерлер мен зондтар негізінде праймерлерді әзірлеу, синтездеу, ПТР сынақ жүйесін құру.

Level of implementation (in Russian) : Разработана ПЦР тест-система для одновременного выявления и проведение экстренной дифференциальной идентификации возбудителей чумы, сибирской язвы и туляремии методом ПЦР в режиме реального времени. Подготовлены нормативные документы (стандарт организации, инструкции, патенты) для прохождения процедуры регистрации в Государственный реестр ИМН.

Level of implementation (in Kazakh) : Нақты уақыт режимінде ПТР әдісімен оба, сібір жарасы (күйдіргі) және туляремия қоздырғыштарын бір мезгілде анықтауға және дифференциалауға арналған ПТР тест-жүйесі әзірленді. Медициналық мақсаттағы бұйымдардың мемлекеттік тізіліміне тіркеу рәсімінен өту мақсатында нормативтік құжаттар (ұйым стандарттары, нұсқаулықтар, патенттер) дайындалды.

Efficiency (in Russian) : Получены положительные результаты апробации сконструированной ПЦР тест-системы для одновременного выявления и проведение экстренной дифференциальной идентификации возбудителей чумы, сибирской язвы и туляремии методом ПЦР в режиме реального времени.

Efficiency (in Kazakh) : Нақты уақыттағы ПТР көмегімен оба, сібір жарасы және туляремия қоздырғыштарын бір мезгілде анықтау және шұғыл дифференциалды анықтау үшін құрастырылған ПТР тест жүйесін сынаудан оң нәтижелер алынды.

Field of application (in Russian) : Целевыми потребителями информации, полученной в результате выполнения проекта, будут специалисты научно-исследовательских и практических учреждений здравоохранения и ветеринарии соответствующего профиля.

Field of application (in Kazakh) : Жобаны іске асыру нәтижесінде алынған ақпараттың мақсатты тұтынушылары тиісті профильдегі ғылыми-практикалық денсаулық сақтау және ветеринария мекемелерінің мамандары болады.