The object of research, development or design (in Russian) : Модельными объектами являются рекомбинантные белки BirA-UBA-X, BirA-UIM-X (X=GFP, RAD18, SOX2, OCT4, NANOG), TurboID-X (X=EMD, NRM, SOX2, OCT4, NANOG, RAD18, POLH) и другие, экспрессируемые в клетках НЕК293Т и СНО.

The object of research, development or design (in Kazakh) : Үлгі нысандары рекомбинантты ақуыздар BirA-UBA-X, BirA-UIM-X (X=GFP, RAD18, SOX2, OCT4, NANOG), TurboID-X (X=EMD, NRM, SOX2, OCT4, NANOG, RAD18, POLH) және басқалары HEK293T мен CHO жасушаларда экспрессияланатын болып табылады.

Aim of work (in Russian) : Целью проекта является внедрение нового рабочего процесса, заключающегося в сочетании независимого от данных накопления спектров (DIA) и их обработки с помощью программ, основанных на алгоритмах машинного обучения для углубленного анализа субклеточного распределения белков, изучения их пост-трансляционных модификаций и белок-белковых взаимодействий.

Aim of work (in Kazakh) : Жобаның мақсаты - деректерге тәуелсіз спектрлерді алуды (DIA) және өңдеуді ақуыздардың жасушааралық таралуын терең талдауға, олардың трансляциядан кейінгі модификацияларын және ақуыз-ақуыз әрекеттесуі зерттеуге арналған машиналық оқыту алгоритмдеріне негізделген бағдарламалармен біріктіретін жаңа жұмыс үдерісін енгізу.

Методы исследования (на русском) : В проекте используются традиционные и новые методы фракционирования клеток, а также новые методы ферментативного in vivo мечения белков на примере биотинилирования от сближения (Proximity Utilizing Biotinylation, PUB) и проксимального биотинилирования с помощью мутантной биотин-лигазы TurboID. Для анализа белков с помощью жидкостной хроматографии тандемной масс-спектрометрии используются как традиционные методы сбора данных, такие как DDA, MRM, так и новый метод DIA. Для обработки полученных результатов используются различные компьютерные программы (Spectronaut, PEAKS, MaxDIA, DIA-NN).

Методы исследования (на казахском) : Жобада жасушаларды фракциялаудың дәстүрлі және жаңа әдістері, сондай-ақ Proximity Utilizing Biotinylation (PUB) және TurboID мутантты биотин лигазасы арқылы проксимальды биотинилдеу мысалын пайдалана отырып, ақуыздарды ферментативті in vivo таңбалаудың жаңа әдістері қолданылады. Сұйық хроматография тандемдік масс-спектрометрияны пайдаланып ақуыздарды талдау үшін DDA, MRM және жаңа DIA әдісі сияқты деректерді жинаудың дәстүрлі әдістері де қолданылады. Алынған нәтижелерді өңдеу үшін әртүрлі компьютерлік бағдарламалар қолданылады (Spectronaut, PEAKS, MaxDIA, DIA-NN).

Obtained results and novelty (in Russian) : На данном этапе проекта были получены и идентифицированы десять новых плазмидных конструкций: BirA-UBA-X, BirA-UIM-X (где X = GFP, RAD18, SOX2, OCT4, NANOG), что было подтверждено методом секвенирования. Мы обнаружили несколько белков в образцах BirA-UBA-X, BirA-UIM-X (где X = GFP, RAD18, SOX2, OCT4, NANOG), а именно PCNA (Score - 407), SOX2 (Score - 328), Hnrp C1C2 (Score - 236), Nucleophosmin (Score - 134), Nucleolar protein 58 (Score - 115), hnrpU (Score - 108), Ncor1 (Score - 102), SUMO3 (Score - 97) и убиквитин (Score - 65), которые известны как взаимодействующие партнеры RAD18, SOX2, OCT4, NANOG.

Obtained results and novelty (in Kazakh) : Жобаның осы кезеңінде он жаңа плазмидтік конструкциялар алынды және анықталды: BirA-UBA-X, BirA-UIM-X (мұндағы X = GFP, RAD18, SOX2, OCT4, NANOG), олардың тізбектері секвенирлеу әдіс арқылы расталды.. Біз BirA-UBA-X, BirA-UIM-X (мұндағы X = GFP, RAD18, SOX2, OCT4, NANOG) үлгілерінде RAD18, SOX2, OCT4, NANOG өзара әрекеттесуші белгілі серіктестер ретінде бірнеше ақуызды анықтадық, атап айтқанда PCNA (Көрсеткіші - 407), SOX2 (Көрсеткіші - 328), Hnrp C1C2 (Көрсеткіші – 236), Нуклеофосмин (Көрсеткіш – 134), Ядролық ақуыз 58 (Көрсеткіш – 115), hnrpU (Көрсеткіші - 108), Ncor1 (Көрсеткіші - 102), SUMO3 (Көрсеткіші - 97) және убиквитин (Көрсеткіші - 65) болып табылды.

The main constructive and technical economic indicators (in Russian) : Применение режима DIA позволило идентифицировать более чем в 3 раза большее количество белков в сравнении с режимом DDA. Использование функции “Deap learning boost” программы PEAKS Studio 11 увеличило количество идентифицированных белков более чем на 10% для файлов, полученных в режиме DDA.

The main constructive and technical economic indicators (in Kazakh) : DIA режимін пайдалану DDA режимімен салыстырғанда 3 еседен астам ақуыздарды анықтауға мүмкіндік берді. PEAKS Studio 11 бағдарламасының «Deap learning boost» функциясын пайдалану DDA режимінде алынған файлдар үшін анықталған ақуыздар санын 10%-дан астамға арттырды.

Level of implementation (in Russian) : Поскольку проект включает фундаментальные исследования степень внедрения низкая.

Level of implementation (in Kazakh) : Жоба іргелі зерттеулерді қамтитындықтан, іске асыру деңгейі төмен.

Efficiency (in Russian) : Данный отчет является промежуточным. Эффективность работы будет рассчитана в конце заключительного года выполнения проекта.

Efficiency (in Kazakh) : Бұл есеп аралық болып табылады. Өнімділік жобаның соңғы жылының соңында есептеледі.

Field of application (in Russian) : Результаты этой работы будут иметь непосредственное применение в идентификации белковых биомаркеров в персонализированной медицине.

Field of application (in Kazakh) : Бұл жұмыстың нәтижелері жеке медицинадағы ақуыз биомаркерлерін анықтауда тікелей қолданбаларға ие болады.