The object of research, development or design (in Russian) : Эндолизины профагов из геномных ДНК изолятов штаммов A. hydrophila AB005 и атипичного штамма A. salmonicida AB001.

The object of research, development or design (in Kazakh) : A. hydrophila AB005 штаммының және атипті A. salmonicida AB001 штаммының изоляттарының геномдық ДНҚ-сынан профагтардың эндолизиндері.

Aim of work (in Russian) : Разработка альтернативных противомикробных препаратов с расширенной литической активностью для лечения и профилактики заболеваний, вызванных патогенами рода Aeromonas и оценка потенциальной применимости этих платформ в качестве нового антибактериального средства.

Aim of work (in Kazakh) : Aeromonas тектес патогендерден туындаған ауруларды емдеу және алдын алу үшін кеңейтілген литикалық белсенділігі бар микробқа қарсы баламалы препараттарды әзірлеу және осы платформалардың бактерияға қарсы жаңа агент ретінде ықтималды қолданылуын бағалау.

Методы исследования (на русском) : Полногеномное секвенирование, биоинформатический анализ генома, ПЦР амплификация, рестрикция, лигирование, бактериальная трансформация, агарозный гель электрофорез, эллюция ДНК, выделение плазмид, экспрессия белков, аффинная хроматография, ДНС-ПАГ электрофорез.

Методы исследования (на казахском) : Тұтас геномды секвенирлеу, геномды биоинформатикалық талдау, ПТР амплификация, рестрикция, бактериялық трансформация, агарозды гель электрофорезі, ДНҚ элюциясы, плазмидтерді бөліп алу, белок экспрессиясы, аффиндық хроматографиясы, ДСН-ПАГ электрофорезі.

Obtained results and novelty (in Russian) : Выполнено полногеномное секвенирование по технологии “Oxford Nanopore”. С инструментами FastQC v0.12.1, Trimmomatic v0.36, SPAdes v3.15.3. проведена сборка геномов. Биоинформатический анализ проводился на серверах PATRIC, RAST 2.0, NCBI, TYGS. Геном AB005 содержал 4780815 п.н., со средним содержанием GC 61.2%. Геном AB001 содержал 4738225 п.н., со средним содержанием GC 58,6%. Филогеномное сравнение показало принадлежность штаммов к роду Aeromonas. Выявлено, что AB005 является отдельным видом. В геномах были обнаружены мобильные элементы, гены резистентности и вирулентности. В программе PHASTEST обнаружено 3 элемента профага в AB005 и 1 элемент в AB001. Они имеют высокую степень идентичности с профагами других штаммов Aeromonas (от 56,0 до 98%) по данным BLAST. В профаге AB001 предсказан один CDS как белок лизиса профага. Названный нами эндолизин AS001 состоит из 153 ак, молекулярная масса - 16,9 кДа, а его pI — рН 7,5. Анализы Pfam и CDD показали, что AS001 является N-ацетилмурамидазой, принадлежащей к суперсемейству гликозилгидролазы 104. Ген rAS001 (486 пн.) был клонирован в вектор pET-28c (+) по сайтам BamHI и EcoRI. Анализ pET-28c/rAS001-his вектора проводился методами рестрикции и ПЦР. Экспрессия белка производилась в штамме Shuffle E. coli. AS001 белок с His-концом был очищен металлоаффинной хроматографией на Akta start системе. Результаты ДСН-ПАГЭ показали, что AS001 белок (17 кДа) был очищен до гомогенного состояния без примесей других белков.

Obtained results and novelty (in Kazakh) : Толық геномдық секвинс “Oxford Nanopore” технологиясы бойынша жүзеге асырылды. FastQC v0.12.1, Trimmomatic v0.36, SPAdes v3.15.3 құралдарымен геномдар жинақталды. Биоинформатикалық талдау PATRIC, RAST 2.0, NCBI, TYGS серверлерінде жүргізілді. AB005 геномы 4780815 нуклеотидтен, орташа GC құрамы 61,2% болды. AB001 геномы 4738225 нуклеотидтен, орташа GC құрамы 58,6% болды. Филогеномикалық салыстыру штаммдардың Aeromonas тұқымдасына жататынын көрсетті. AB005 жеке түр екені анықталды. Геномдарда транспозициялық элементтер, төзімділік және вируленттілік гендер табылды. PHASTEST бағдарламасы AB005 штаммында 3 профаг элементін және AB001 1 элементті анықтады. BLAST деректері бойынша олар басқа Aeromonas штаммдарының профагтарымен сәйкестік деңгейі жоғары (56,0-ден 98% дейін). AB001 штаммының профагында бір ген профаг лизис белогы ретінде болжанады. Біз атаған AS001 эндолизині 153 ақ-дан тұрады, молекулалық салмағы 16,9 кДа, pI рН 7,5. Pfam және CDD талдаулары AS001 104-гликозилгидролаза супертүріне жататын N-ацетилмурамидаза екенін көрсетті. rAS001 генінің тізбегі (486 bp) BamHI және EcoRI сайттары бойынша pET-28c(+) векторына клондалды. pET-28c/rAS001 векторын рестрикциялық және ПТР әдістерін қолдану арқылы талдадық. Белок экспрессиясы Shuffle E. coli штаммында жүзеге асырылды. His-AS001 белогы Akta start жүйесінде метал-аффинді хроматографиясы арқылы тазартылды. ДСН-ПАГЭ нәтижелері AS001 белогы (17 кДа) басқа ақуыздармен ластанбаған біртекті күйге дейін тазартылғанын көрсетті.

The main constructive and technical economic indicators (in Russian) : Представленный проект направлен на разработку альтернативных противомикробных препаратов с расширенной литической активностью для лечения и профилактики заболеваний, вызванных патогенами рода Aeromonas, которые являются основной причиной заболеваний осетровых в аквакультуре.

The main constructive and technical economic indicators (in Kazakh) : Ұсынылған жоба акваөсірудегі бекіре тұқымдас балықтардың ауруларының негізгі себебі болып табылатын Aeromonas тұқымдасының қоздырғыштары тудыратын ауруларды емдеу және алдын алу үшін кеңейтілген литикалық белсенділігі бар микробқа қарсы баламалы препараттарды әзірлеуге бағытталған.

Level of implementation (in Russian) :

Level of implementation (in Kazakh) :

Efficiency (in Russian) :

Efficiency (in Kazakh) :

Field of application (in Russian) : Рыбохозяйственные предприятия; включая промышленные аквакультурные комплексы и рыбоводные заводы, а также фермеры-рыбоводы.

Field of application (in Kazakh) : Балық шаруашылығы кәсіпорындары; оның ішінде өнеркәсіптік акваөсіру кешендері мен балық өсіру зауыттары, сондай-ақ балық өсірушілер.