The object of research, development or design (in Russian) : Фермент системы репарации ДНК

The object of research, development or design (in Kazakh) : ДНҚ жөндеу фермент

Aim of work (in Russian) : Целью Проекта является биохимическая характеристика ранее неизученного фермента репарации ДНК – NucS Mycobacterium tuberculosis

Aim of work (in Kazakh) : Жобаның мақсаты бұрын зерттелмеген Mycobacterium tuberculosis NucS ДНҚ қалпына келтіру ферментінің биохимиялық сипаттамасы болып табылады

Методы исследования (на русском) : Методы молекулярной биологии и биохимии

Методы исследования (на казахском) : Молекулярлық биология және биохимия әдістері

Obtained results and novelty (in Russian) : Были подготовлены дуплексные ДНК-субстраты, например: U-22-(5′-TAMRA-d(CACTTCGGAUTGTGACTGATCC)), 22-мер, где U=2′deoxyuridine в 10 положении, комплементарный олигонуклеотид 22-COMPL-G (5′-GGATCAGTCACAGTCCGAAGTG). Анализ расщепления дуплексных ДНК-субстратов показал наличие активности фермента в отношении субстрата, содержащего урацил в некомплементарном положении. В результате оптимизации был определен состав буфера: 25 мМ Hepes-NaOH pH 6.5, 2,5 мМ MgCl2, 5 мМ DTT, 0,1 мг/мл БСА, 0,1% Triton-X. При определении зависимости от дивалентных катионов металлов было определено, что 2,5 мМ MgCl2 в реакционной смеси способствует катализу. Реакция расщепления с использованием субстрата, содержащего урацил, показала, что максимальная активность наблюдается при использовании 1,4 мкМ концентрации фермента при использовании 20 нМ концентрации субстрата. Был определен сайт расщепления субстрата в месте расположения ошибочно спаренного основания. Было определено, что при использовании 2 мкМ концентрации бета-клампа происходит увеличение процессинга субстрата на 20-30% больше по сравнению с контролем. С помощью использования баз данных были выявлены известные аминокислотные последовательности бета-кламп мотивов белковых партнеров и проведено их сравнение для определения консервативных областей, участвующих в белок-белковых взаимодействиях. В отношении последовательности изучаемого фермента была найдена консервативная область, имеющая последовательность EYRLF.

Obtained results and novelty (in Kazakh) : Дуплексті ДНҚ субстраттары дайындалды, мысалы: U-22-(5′-TAMRA-d(CACTTCGGAUTGTGACTGATCC)), 22-mer, мұндағы U=2′дезоксиуридин 10-позицияда, комплементарлы олигонуклеотид 22-COMPL-G (5′-) GGATCAGTCACAGTCCGAAGTG). Дуплексті ДНҚ субстраттарының бөлінуін талдау комплементарлы емес позицияда урацил бар субстратқа қатысты фермент белсенділігінің болуын көрсетті. Оңтайландыру нәтижесінде буфер құрамы анықталды: 25 мМ Hepes-NaOH pH 6,5, 2,5 мМ MgCl2, 5 мМ DTT, 0,1 мг/мл BSA, 0,1% Triton-X. Екі валентті металл катиондарына тәуелділікті анықтау кезінде реакциялық қоспадағы 2,5 мМ MgCl2 катализге ықпал ететіні анықталды. Құрамында урацил бар субстратты қолдану арқылы бөліну реакциясы 20 нМ субстрат концентрациясын пайдаланған кезде 1,4 мкм фермент концентрациясын пайдалану арқылы максималды белсенділік байқалатынын көрсетті. Қате жұпталмаған негіз орналасқан жердегі субстраттың бөліну орны анықталды. Бета қысқыштың 2 мкМ концентрациясын пайдаланған кезде субстратты өңдеудің бақылаумен салыстырғанда 20-30%-ға жоғарылағаны анықталды. Дерекқорларды пайдалана отырып, ақуыз серіктестерінің бета-қысқыш мотивтерінің белгілі аминқышқылдарының реттілігі анықталды және белок-ақуыз өзара әрекеттесуіне қатысатын сақталған аймақтарды анықтау үшін салыстырылды. Зерттелетін ферменттің тізбегіне қатысты EYRLF тізбегі бар сақталған аймақ табылды.

The main constructive and technical economic indicators (in Russian) : -

The main constructive and technical economic indicators (in Kazakh) : -

Level of implementation (in Russian) : -

Level of implementation (in Kazakh) : -

Efficiency (in Russian) : -

Efficiency (in Kazakh) : -

Field of application (in Russian) : Фундаментальные знания

Field of application (in Kazakh) : Негізгі білім