The object of research, development or design (in Russian) : Мокрота, бактериальные возбудители пневмонии у человека, геномная ДНК.

The object of research, development or design (in Kazakh) : Қақырық, адамдағы пневмонияның бактериялық қоздырғыштары, геномдық ДНҚ.

Aim of work (in Russian) : Целью проекта является изучение изменчивости микробного состава и устойчивости к противомикробным препаратам у пациентов с бактериальной пневмонией на фоне приема антибиотиков, с использованием классического метода определения чувствительности к противомикробным препаратам и таргетного NGS секвенирования.

Aim of work (in Kazakh) : Жобаның мақсаты антибиотиктерді қабылдау кезіндегі бактериялық пневмониямен ауыратын науқастарда микробтық құрамның өзгергіштігін және микробқа қарсы тұрақтылықты классикалық әдіспен және таргеттік NGS секвенирлеуді қолдана отырып, микробқа қарсы препараттарға сезімталдықты зерттеу болып табылады.

Методы исследования (на русском) : Отбор пациентов проводится в двух клиниках г. Караганды по следующим критериям включения: 90 человек с нетяжелым и тяжелым течением пневмонии с установленным диагнозом, мужчины и женщины, возраст старше 18 лет, при соблюдении критерий исключения: пациенты, принимающие антибактериальные препараты, беременные, больные в терминальных, агонирующих, коматозных состояниях, с тяжелыми онкологическими заболеваниями. Процедура проведения биомедицинского исследования и получения согласия от пациентов согласно Приказу МЗ РК №ҚР ДСМ-310/2020. Объектом исследования является мокрота, собранная от пациентов при поступлении в стационар (первая точка). Проба (первая точка) отбирается до приема антибиотиков в соответствие со стандартной операционной процедурой по забору биологического материала в медицинском учреждении. По истечении 72 часа после начала терапии у того же пациента вновь отбирается мокрота (вторая точка). По двум точкам отбор проб в количестве 180 образцов. Микробиологическими методами получают чистые культуры и проводят их идентификацию (MALDI TOF) c определением чувствительности к противомикробным препаратам (стандарт EUCAST). Выделение бактериальной ДНК осуществляется из мокроты с использованием коммерческого набора. Выбор метода выделения обусловлен необходимостью выделять высококачественную бактериальную ДНК.

Методы исследования (на казахском) : Науқастарды іріктеу Қарағанды қаласының екі клиникасында келесі критерийлер бойынша жүргізіліп жатыр: диагнозы белгіленген пневмонияның ауыр емес және ауыр ағымы бар 90 адам, ерлер мен әйелдер, жасы 18 жастан асқан, келесі алып тастау критерийлеріне сәйкес: бактерияға қарсы препараттарды қабылдайтын пациенттер, жүкті әйелдер, терминалдық, агонациялық, коматоздық жағдайдағы науқастар, ауыр онкологиялық аурулары бар науқастар. Биомедициналық зерттеу жүргізу және науқастардан келісім алу процедурасы ҚР ДСМ №ҚР ДСМ-310/2020 бұйрығына сәйкес орындалады. Зерттеу нысаны - стационарға түскен кезде науқастардан жиналған қақырық (бірінші нүкте). Сынама (бірінші нүкте) антибиотиктерді қабылдағанға дейін медициналық мекемеде биологиялық материалды алу стандартты операциялық процедурасына сәйкес алынады. . Терапия басталғаннан кейін 72 сағаттан кейін сол пациенттен қақырық қайтадан алынады (екінші нүкте). Екі нүкте бойынша 180 үлгі іріктеледі. Микробиологиялық әдістермен таза дақылдар алынып, олардың антимикробтық препараттарға сезімталдығы анықталады (EUCAST стандартына сәйкес MALDI TOF әдісімен). Бактериялық ДНҚ қақырықтан коммерциялық жинақтың көмегімен оқшауланады. Оқшаулау әдісін таңдау жоғары сапалы бактериялық ДНҚ алудың қажеттілігімен байланысты.

Obtained results and novelty (in Russian) : На двух базах клиник отобраны 90 пациентов и от них взяты пробы мокроты в количестве 180 шт. Первый забор проведен до начала противомикробной терапии, второй забор спустя 72 ч курса лечения. Каждый образец поделен на 2 пробы, 1 часть на молекулярно-генетическое исследование, 2 часть на классическое бактериологическое исследование. Было выделено 50 этиологически значимых возбудителей: 23,33% - Klebsiella pneumoniae, 20% Staphylococcus aureus, 10% Pseudomonas aeruginosa, 10% - Streptococcus pneumoniae. В единичных случаях выделены Escherichia coli, Enterobacter cloacaea, Proteus mirabilis, грамположительные микроорганизмы: бета-гемолитические стрептококки. Чувствительность к антимикробным препаратам: Klebsiella pneumoniae 80% штаммов обладали устойчивостью к цефалоспоринам 2 поколения, к цефепиму 71,43%, 57,14% к азтреонаму. 42,86% к амикацину, 50% к тобрамицину и 42,86% к гентамицину, 42,86% к ципрофлоксацину, левофлоксацину и норфлоксацину. Pseudomonas aeruginosa: 66,67% устойчивы к азтреонаму, 66, 67% к меропенему и имипенему, 45,45% к амикацину и тобрамицину, 66,67% к левофлоксацину. У Staphylococcus aureus 60% изолятов устойчивы к цефокситину,16,67% к амикацину, тобрамицину, гентамицину и чувствительны к фторхинолонов, ванкомицину, фузидиевой кислоте, тетрациклину и линезолиду. Из 180 мокроты выделены бактериальные ДНК при концентрации 195,3-340,6 нг/мкл, А260/280 составляет 1,78-1,98.

Obtained results and novelty (in Kazakh) : Екі клиника базасында 90 науқас іріктеліп, олардан 180 қақырық сынамасы алынды. Алғашқы сынама микробқа қарсы терапия басталғанға дейін, ал екінші сынама емдеу курсы басталғаннан кейін 72 сағат өткен соң алынды. Әр сынама екіге бөлінді: 1 бөлігі молекулалық-генетикалық зерттеуге, ал 2 бөлігі классикалық бактериологиялық зерттеуге арналды. 50 этиологиялық маңызды қоздырғыштар бөлінді: 23,33% - Klebsiella pneumoniae, 20% - Staphylococcus aureus, 10% - Pseudomonas aeruginosa, 10% - Streptococcus pneumoniae. Бірен-саран жағдайда Escherichia coli, Enterobacter cloacaea, Proteus mirabilis, грамположительные микроорганизмы: бета-гемолитикалық стрептококктар бөлінді. Антимикробтық препараттарға сезімталдық: Klebsiella pneumoniae штаммдарының 80%-ы 2 буын цефалоспориндерге, 71,43%-ы цефепимге, 57,14%-ы азтреонамға төзімді болды. 42,86%-ы амикацинге, 50%-ы тобрамицинге және 42,86%-ы гентамицинге, 42,86%-ы ципрофлоксацинге, левофлоксацинге және норфлоксацинге төзімді болды. Pseudomonas aeruginosa штаммдарының 66,67%-ы азтреонамға, 66,67%-ы меропенем мен имипенемге, 45,45%-ы амикацин мен тобрамицинге, 66,67%-ы левофлоксацинге төзімді болды. Staphylococcus aureus штаммдарының 60%-ы цефокситинге, 16,67%-ы амикацинге, тобрамицинге, гентамицинге төзімді және фторхинолондарға, ванкомицинге, фузидий қышқылына, тетрациклинге және линезолидке сезімтал болды. 180 қақырықтан концентрациясы 195,3-340,6 нг/мкл, А260/280 көрсеткіші 1,78-1,98 құрайтын бактериалды ДНҚ бөлінді.

The main constructive and technical economic indicators (in Russian) : В работе используются новые подходы секвенирования следующего поколения NGS. Возможности таргетного NGS секвенирования позволят провести анализ образцов мокроты больных пациентов, принимавших антибиотики в определенные периоды времени по 364 генам устойчивости. В результате будут получены данные по изменению микробиологического состава и возможного появления новых устойчивых к антибиотикам у принимавших антимикробные препараты.

The main constructive and technical economic indicators (in Kazakh) : Жұмыста келесі буынды NGS секвенирлеу жаңа тәсілдері қолданылады.Таргеттік NGS секвенирлеу мүмкіндіктері антибиотиктер қабылдаған науқастардың қақырық үлгілерін 364 гендік төзімділік бойынша талдауға мүмкіндік береді. Нәтижесінде микробиологиялық құрамның өзгеруі және антимикробтық препараттарды қабылдағаннан кейін антибиотиктерге төзімді жаңа микроорганизмдердің пайда болуы туралы мәліметтер алынады.

Level of implementation (in Russian) : На данном этапе исследований внедрение не предусмотрено.

Level of implementation (in Kazakh) : Зерттеудің осы кезеңінде іске асыру қарастырылмаған.

Efficiency (in Russian) : Обнаружение генов УПП и появление новых устойчивых микроорганизмов позволит дать оценку лечения и возможно рекомендации по выбору эффективного лекарства.

Efficiency (in Kazakh) : Төзімділік гендерін анықтау және жаңа төзімді микроорганизмдердің пайда болуы емдеуге баға беруге және тиімді дәрі-дәрмек таңдауға ұсыныстар беруге мүмкіндік береді.

Field of application (in Russian) : Полученные результаты могут лечь в основу в мероприятиях, направленных на борьбу с распространением УПП в Казахстане. Внедрение передовых технологий NGS секвенирования в научные организации и привлечение в исследования молодых ученых позволят повысить научный потенциал и методологическую платформу научных изысканий в Республике Казахстан.

Field of application (in Kazakh) : Алынған нәтижелер Қазақстанда төзімділікпен күрес шараларының негізін құрауы мүмкін. NGS секвенирлеуінің алдыңғы қатарлы технологияларын ғылыми ұйымдарға енгізу және зерттеулерге жас ғалымдарды тарту Қазақстан Республикасында ғылыми әлеует пен әдістемелік платформаны арттыруға мүмкіндік береді.