The object of research, development or design (in Russian) : Генетические данные, геномные последовательности, полученные на высокопроизводительных платформах следующего и третьего поколения.

The object of research, development or design (in Kazakh) : Генетикалық деректер, геномдық тізбектер келесі және үшінші ұрпақтың жоғары өнімді платформаларында алынған.

Aim of work (in Russian) : Разработать биоинформационное приложение с открытым доступом для идентификации и анализа вариабельности тандемных повторов, в том числе, в исходных данных при полногеномном секвенировании третьего поколения.

Aim of work (in Kazakh) : Үшінші буындағы тұтас геномды секвенирлеу кезінде бастапқы деректерді қоса алғанда, тандемді қайталаулардың өзгергіштігін анықтау және талдау үшін ашық қолжетімді биоинформатика қосымшасын әзірлеу.

Методы исследования (на русском) : Поиск тандемных повторов осуществлен методами выравнивания фланкирующих последовательностей на последовательностях. Использовались несколько алгоритмов выравнивания, наиболее подходящие для большого массива данных.

Методы исследования (на казахском) : Тандем қайталануларын іздеу қатарлар бойынша флангтық тізбектерді туралау әдістерін қолдану арқылы жүзеге асырылды. Үлкен деректер жиынтығы үшін ең қолайлы бірнеше теңестіру алгоритмдері қолданылды.

Obtained results and novelty (in Russian) : В рамках проекта были использованы биоинформатические алгоритмы для идентификации родственных последовательностей с разным уровнем дивергенции, а также языки и средства программирования при разработке структуры и интерфейса приложения. Подтверждены достоверность полученных результатов в разработанном программном обеспечении, с помощью стандартных лабораторных молекулярно-генетических методов, включая полногеномное секвенирование геномов прокариот и эукариот, и методами для дифференциации тандемных повторов с помощью капиллярного электрофореза. Основным результатом реализуемого проекта является программное обеспечение с открытым доступом и пользовательским интерфейсом для идентификации тандемных повторов при полногеномном секвенировании. Программное обеспечение позволяет идентифицировать разнообразие целевых локусов с тандемными повторами, в том числе, в исходных данных полногеномного секвенирования и проводить статистический анализ идентифицированных вариантов.

Obtained results and novelty (in Kazakh) : Жоба әртүрлі деңгейлері бар сәйкес тізбектерді анықтау үшін биоинформатика алгоритмдерін, сонымен қатар қолданбаның құрылымы мен интерфейсін әзірлеу үшін тілдер мен бағдарламалау құралдарын пайдаланды. Әзірленген бағдарламалық жасақтамада алынған нәтижелердің сенімділігі прокариоттар мен эукариоттардың геномдарының тұтас геномдық реттілігін қоса алғанда, стандартты зертханалық молекулалық-генетикалық әдістерді және капиллярлық электрофорезді қолдану арқылы тандемді қайталауды саралау әдістерін қолдану арқылы расталды. Ағымдағы жобаның негізгі нәтижесі – бүкіл геномды реттілікте тандемді қайталауларды анықтауға арналған пайдаланушы интерфейсі бар ашық қолжетімді бағдарламалық қамтамасыз ету. Бағдарламалық қамтамасыз ету мақсатты локустардың әртүрлілігін тандемді қайталаулармен, соның ішінде тұтас геномды секвенирлеудің бастапқы деректерінде анықтауға және анықталған нұсқалардың статистикалық талдауын жүргізуге мүмкіндік береді.

The main constructive and technical economic indicators (in Russian) : Разработанный нами программный продукт, позволяет идентифицировать целевые тандемные повторы с пользовательским интерфейсом в открытом интернет-ресурсе для решения широких задач по генотипированию геномов эукариот и прокариот, в том числе для анализа генома человека.

The main constructive and technical economic indicators (in Kazakh) : Біз әзірлеген бағдарламалық өнім эукариоттық және прокариоттық геномдарды генотиптеу, оның ішінде адам геномын талдаудың кең мәселелерін шешуге арналған ашық интернет-ресурста пайдаланушы интерфейсімен мақсатты тандемді қайталауларды анықтауға мүмкіндік береді.

Level of implementation (in Russian) : Разработанный программный продукт с пользовательским интерфейсом в открытом интернет-ресурсе. Разработано приложение доступно по ссылке: https://github.com/rkalendar/virtualPCR

Level of implementation (in Kazakh) : Ашық интернет-ресурста пайдаланушы интерфейсі бар әзірленген бағдарламалық өнім. Қолданба әзірленді және мына мекенжайда қолжетімді: https://github.com/rkalendar/virtualPCR

Efficiency (in Russian) : Разработанные приложения доступны для широкого использования в научном сообществе через ссылки на соответствующие онлайн-ресурсы.

Efficiency (in Kazakh) : Әзірленген қосымшалар тиісті интернет-ресурстарға сілтемелер арқылы ғылыми қоғамдастықта кеңінен пайдалану үшін қол жетімді.

Field of application (in Russian) : Область применения разработанного программного обеспечения: биоинформатика, медицинская и сельскохозяйственная генетика, генетика микроорганизмов. Результаты этого проекта имеют большое значение, в том числе, для фундаментальных наук. Программное обеспечение позволит эффективно идентифицировать тандемных повторов и установлению ассоциаций между разнообразием тандемных повторов с генетическими заболеваниями человека и с генетическим разнообразием микроорганизмов и их патогенностью. Реализация проекта позволит усилить направление биоинформатики в ведущем вузе страны и создаст платформу для специализации и профориентации обучающихся7

Field of application (in Kazakh) : Әзірленген бағдарламалық қамтамасыз етуді қолдану саласы: биоинформатика, медициналық және ауылшаруашылық генетика, микроорганизмдердің генетикасы. Бұл жобаның нәтижелері, соның ішінде іргелі ғылымдар үшін үлкен маңызға ие. Бағдарламалық жасақтама тандемдік қайталануларды тиімді идентификациялауға және тандемдік қайталанулардың әртүрлілігі арасында адамның генетикалық ауруларымен және микроорганизмдердің генетикалық әртүрлілігімен және олардың патогенділігі арасында ассоциация орнатуға мүмкіндік береді. Жобаны іске асыру еліміздің жетекші ЖОО-да биоинформатика бағытын күшейтуге мүмкіндік береді және білімалушыларды мамандандыру мен кәсіптік бағдарлау үшін платформа әзірленеді.