The object of research, development or design (in Russian) : стул, ДНК, библиотека ДНК

The object of research, development or design (in Kazakh) : нәжіс, ДНҚ, ДНҚ кітапханасы

Aim of work (in Russian) : Целью проекта является определение перспективных микробиомных маркеров ВЗК для скрининга, прогнозирования и ранней диагностики ВЗК.

Aim of work (in Kazakh) : Жобаның мақсаты - ІҚА-ның скринингі, болжамы және ерте диагностикасы үшін перспективалы IBD микробтық маркерлерін анықтау.

Методы исследования (на русском) : Экстракция ДНК, подготовка библиотек ДНК, 16SrRNA секвенирование, биоинформатический анализ секвенированных ампликонов

Методы исследования (на казахском) : ДНҚ экстракциясы, ДНҚ кітапханаларын дайындау, 16s rRNA секвенирлеу, реттелген ампликондарды биоинформатикалық талдау

Obtained results and novelty (in Russian) : Успешно проведена экстракция ДНК из образцов стула 150 пациентов с воспалительными заболеваниями кишечника (ВЗК) и 150 образцов контрольной группы. Создана библиотека ДНК, включающая все этапы подготовки, включая фрагментацию, восстановление концов, лигирование адаптеров и ПЦР-амплификацию. Проведено 16SrRNA секвенирование 286 образцов на платформе MiSeq 2500 с объемом данных 6.2 Gb на образец. Качество данных проверялось с помощью Trimmomatic, что обеспечило удаление низкокачественных оснований и чтений. Выполнен анализ секвенированных ампликонов с использованием инструментов LotuS и nfcore/ampliseq, что позволило точно идентифицировать ампликоны. Получены таблицы обилия для таксономической классификации ампликонов 16S rRNA. Проведен анализ альфа- и бета-разнообразия с использованием статистических тестов и визуализаций на Python. Новизной работы является использование современных технологий и инструментов на всех этапах исследования, от экстракции ДНК до анализа разнообразия; сопоставление различных алгоритмов для определения ASV, что позволило повысить точность и разрешение данных; Поддержка различных таксономических баз данных, включая 16S, для улучшения идентификации микроорганизмов. Таким образом, работа представляет собой значимый вклад в исследование микробиома кишечника и может быть основой для дальнейших научных изысканий.

Obtained results and novelty (in Kazakh) : 150 ішектің қабыну аурулары (ІҚА) бар науқастың және 150 бақылау тобының нәжіс үлгілерінен ДНҚ-ны экстракциялау сәтті жүргізілді. ДНҚ кітапханасы құрылды, оған фрагментация, ұштарын қалпына келтіру, адаптерлерді лигирование және ПЦР-амплификациясы сияқты барлық дайындық кезеңдері кірді. 286 үлгінің 16SrRNA секвенирленуі MiSeq 2500 платформасында жүргізілді, әр үлгідегі деректер көлемі 6.2 Гб. Деректердің сапасы Trimmomatic арқылы тексерілді, бұл төмен сапалы негіздер мен оқу деректерін жоюды қамтамасыз етті. Секвенирленген ампликондардың талдауы LotuS және nfcore/ampliseq құралдарын пайдалану арқылы жүргізілді, бұл ампликондарды дәл анықтауға мүмкіндік берді. 16S rRNA ампликондарының таксономиялық классификациясы үшін молшылық кестелері алынды. Альфа- және бета-разнообразияны талдау Python-да статистикалық тесттер мен визуализацияларды пайдалана отырып жүргізілді. Жұмыстың жаңашылдығы — зерттеудің барлық кезеңдерінде, ДНҚ экстракциясынан бастап әртүрлілікті талдауға дейін заманауи технологиялар мен құралдарды қолдану; ASV анықтау үшін түрлі алгоритмдерді салыстыру, бұл деректердің дәлдігі мен шешімін арттыруға мүмкіндік берді; 16S-ны қоса алғанда, әртүрлі таксономиялық дерекқорларды қолдау, микроорганизмдерді анықтауды жақсарту үшін. Осылайша, жұмыс ішек микробиомын зерттеуге маңызды үлес қосады және болашақ ғылыми зерттеулер үшін негіз бола алады.

The main constructive and technical economic indicators (in Russian) : В ходе работ просеквенировано 286 образцов ДНК кала, из них 143 образца пациентов с диагнозом ВЗК и 143 образца здоровой контрольной группы

The main constructive and technical economic indicators (in Kazakh) : Жұмыс барысында 286 нәжіс ДНҚ үлгісі секвенирленді, оның ішінде 143 үлгі ІҚА диагнозы қойылған науқастардан және 143 үлгі сау бақылау тобынан алынған.

Level of implementation (in Russian) : не внедрено

Level of implementation (in Kazakh) : енгізілмеді

Efficiency (in Russian) : Ожидаемый социально-экономический эффект заключается в том, что сочетание увеличения распространенности ВЗК и высокой стоимости лечения на одного пациента приведет к дополнительной нагрузке на страну и усугубит разрыв в доступности медицинских услуг для людей с разным социально-экономическим положением.

Efficiency (in Kazakh) : Күтілетін әлеуметтік-экономикалық әсер ІҚА таралуының жоғарылауы мен бір пациентке шаққандағы емдеудің жоғары құнының үйлесуі елге қосымша ауыртпалық әкеледі және әртүрлі әлеуметтік-экономикалық жағдайы бар адамдар үшін медициналық қызметтердің қолжетімділігіндегі алшақтықты күшейтеді.

Field of application (in Russian) : Целевой аудиторией проекта станут пациенты с ВЗК, микробиологи, врачи общей практики и гастроэнтерологи. Ожидаемые результаты будут интересны практикантам, магистрантам, докторантам и исследователям в областях биомедицины, гастроэнтерологии, микробиологии и эпидемиологии, а также специалистам, принимающим решения в сфере общественного здравоохранения, и населению, заинтересованному в улучшении качества жизни.

Field of application (in Kazakh) : Жобаның мақсатты аудиториясы ІҚА пациенттері, микробиологтар, жалпы тәжірибелік дәрігерлер және гастроэнтерологтар болады. Күтілетін нәтижелер биомедицина, Гастроэнтерология, Микробиология және эпидемиология саласындағы практиканттарға, магистранттарға, докторанттарға және зерттеушілерге, сондай-ақ қоғамдық денсаулық сақтау саласындағы шешім қабылдаушыларға және өмір сапасын жақсартуға мүдделі халыққа қызықты болады.