The object of research, development or design (in Russian) : образцы ДНК. F. tularensis subsp. mediasiatica

The object of research, development or design (in Kazakh) : F. tularensis subsp. mediasiatica ДНҚ үлгісі

Aim of work (in Russian) : изучение ареала распространения и генетического разнообразия штаммов Francisella tularensis subsp mediasiatica, циркулирующих в Казахстане

Aim of work (in Kazakh) : Қазақстанда айналымда жүрген Francisella tularensis subsp mediasiatica штаммының таралу аймағын және генетикалық әралуандылығын зерттеу

Методы исследования (на русском) : микробиология, молекулярная-генетика и биоинформатика

Методы исследования (на казахском) : микробиология, молекулалық-генетика және биоинформатика

Obtained results and novelty (in Russian) : подобраны праймеры и флуоресцентные TaqMan зонды для выявления Francisella tularensis и подвидовой дифференциации F. tularensis subsp. mediasiatica на основе которых разработаны протокол, включающий в себя оптимальный состав реакционной смеси и программу ПЦР амплификации. Определено генетическое разнообразие 28 коллекционных штаммов F. tularensis subsp mediasiatica и 62 свежевыделенных изолятов и штаммов без точной подвидовой идентификации методом полногеномного секвенирования и MLVA генотипирования. Новизна результатов: разработаны 2 протокола ПЦР с детекцией в режиме реального времени для выявления Francisella spp. и 1 ПЦР РВ для подвидовой дифференциации F. tularensis subsp mediasiatica. Проведено генотипирование 28 коллекционных штаммов F. tularensis subsp mediasiatica и 62 бактериальных изолятов и депонированных штаммов F. tularensis без точной подвидовой дифференциации методом полногеномного секвенирования. Разработанные протокола обладают высокой чувствительностью и специфичностью, и могут быть использованы в качестве первого теста при исследовании суспензий биологических проб при эпидемиологическом мониторинге. Открытость протокола и доступность используемых реактивов способствует снижению стоимости исследования и тем самым может повысить эффективность мониторинговых исследований. Полногеномные данные и их анализ, данного проекта, могут быть использованы в эпидемиологии при расследовании вспышек инфекции и при отслеживании источника и путей распространения инфекции.

Obtained results and novelty (in Kazakh) : Francisella tularensis-ті анықтауға және түр асты түрлерді жіктеуге арналған праймерлер мен флуоресцентті TaqMan зондтары таңдалып, олардың негізінде хаттама әзірленді. Хаттамаға реакция қоспасының оңтайлы құрамы және ПТР амплификациясының бағдарламасы кіреді. Толық геномды секвенерлеу және MLVA генотипирлеу әдісі көмегімен, F. tularensis subsp mediasiatica-ның 28 коллекциялық штаммның және 62 жаңа оқшауланған изоляттар мен нақты түр асты сәйкестендіру жүргізбеген штаммдардың генетикалық әралуан түрі анықталды. Нәтижелердің жаңалығы: Francisella spp. анықтауға арналған нақты уақыт режиміндегі детекциясы бар 2 ПТР хаттамасы әзірленді және F. tularensis subsp mediasiatica-ны түр асты жіктеуге арналған 1 нақты уақыт режиміндегі ПТР хаттама әзірленді. Толық геномды секвенерлеу әдісімен, F. tularensis subsp mediasiatic-ның 28 коллекциялық штаммы және 62 бактериалды изоляттар мен F. tularensis-тің депонирленген штаммдары, нақты түр асты жіктеу жүргізбестен генотипирленді. Әзірленген хаттама жоғары сезімталдық пен ерекшелікке ие және эпидемиологиялық мониторинг кезінде биологиялық үлгідегі суспензияларды зерттеуде бірінші сынақ ретінде қолдануға болады. Хаттаманың жеңілдігі мен қолданылатын реактивтердің қолжетімділігі зерттеу құнын төмендетуге ықпал етеді, осылайша мониторингтік зерттеулердің тиімділігін арттыра алады. Жобаны орындау барысында алынған геномдық мәліметтер мен оларды талдау нәтижелерін эпидемиологияда инфекцияның өршуін бақылау кезінде қолдануға болады.

The main constructive and technical economic indicators (in Russian) : Полученные результаты позволят освоить элементы молекулярно-генетического мониторинга с анализом полногеномных данных патогенов, обладающие максимальной разрешающей способностью и может быть перенесены на любой патоген. Результаты могут быть использованы клиническими врачами при эпидемиологическом контроле за туляремией и в модернизации подхода в борьбе с зоонозами в Казахстане, а также в соседних странах.

The main constructive and technical economic indicators (in Kazakh) : Алынған нәтижелер максималды мукіндікке ие патогендердің толық геномды деректерін талдай отырып, молекулалық-генетикалық мониторинг элементтерін игеруге мүмкіндік береді және кез келген қоздырғышқа берілуі мүмкін. Сонымен қатар, клиникалық дәрігерлер Қазақстанда, сондай-ақ көрші елдерде зооноздарға қарсы күрестегі тәсілді жаңғыртуда және туляремияны эпидемиологиялық бақылау кезінде қолдана алады.

Level of implementation (in Russian) : Не внедрено

Level of implementation (in Kazakh) : Еңгізілмеген

Efficiency (in Russian) : Разработана эффективная тест система для выявления Francisella tularensis spp и его подвида Francisella tularensis subsp. mediasaitica.

Efficiency (in Kazakh) : Francisella tularensis spp және Francisella tularensis subsp mediasiatica – ны анықтауға арналған тиімді тест-жүйе әзірленді.

Field of application (in Russian) : эпидемиология, лабораторная диагностика

Field of application (in Kazakh) : эпидемиология, зертханалық диагностика