The object of research, development or design (in Russian) : ДНК животных Аулиекольской, Алатауской, Калмыцкой, Казахской пород крупного рогатого скота

The object of research, development or design (in Kazakh) : Әулиекөл, Алатау, Қалмақ, Қазақтың ақ бас тұқымдас ірі қара малдарының ДНҚ сынамалары

Aim of work (in Russian) : Проведение полногеномного секвенирования образцов ДНК Аулиекольской, Алатауской, Калмыцкой, Казахской пород крупного рогатого скота

Aim of work (in Kazakh) : Әулиекөл, Алатау, Қалмақ, Қазақтың ақ бас тұқымдас ірі қара малының ДНҚ үлгілерін толықгеномдық секвенирлеу

Методы исследования (на русском) : Образы ДНК Казахской белоголовой, Аулиекольской, Алатауской пород были прогенотипированы на чипе, содержащем 54,000 SNP, неродственные животные каждой породы были отобраны с помощью программы Plink используя параметр --genome. Эти животные были секвенированы в компании Новоген (Кембридж, Великобритания) парными прочтениями (150 п.о.) методом Иллюмины. Данные секвенирования Аулиеатинской породы были выравнены на референсный геном КРС (ARS-USD1.2) с помощью программы bwa. Дуплицированные последовательности были удалены программой Pcard и gvcf файлы получены с помощью программы GATK. Для ближайших пород была проведена оценка локальной истории геномов Аулиеатинской породы с помощью программ RFMix и Gnomix. Следы отбора в геномах породы были определены с помощью программы hapFLK, оконного и точечного FST анализа.

Методы исследования (на казахском) : Әулиекөл, Қазақтың ақ бас, Алатау тұқымдарының ДНҚ үлгілері 54 000 SNP бар чипте генотиптелді, әр тұқымның туыстықсыз жануарлары Plink бағдарламасы арқылы --genome параметрі арқылы таңдалды. Бұл жануарларды Novogen (Кембридж, Ұлыбритания) арқылы Illumina әдісімен жұптастырылған көрсеткіштерді (150 bp) пайдалана отырып ретке келтірді. Әулиеати тұқымынан алынған секвенирлеу деректері bwa бағдарламасы арқылы ірі қара малдың анықтамалық геномына (ARS-USD1.2) сәйкестендірілді. Қайталанатын тізбектер Pcard бағдарламасы арқылы жойылды және GATK бағдарламасы арқылы gvcf файлдары алынды. Ең жақын тұқымдар үшін RFMix және Gnomix бағдарламалары арқылы Әулиеати тұқымының геномдарының жергілікті тарихы бағаланды. Тұқымның геномындағы селекция іздері hapFLK бағдарламасы, терезе және нүктелік FST талдауы арқылы анықталды.

Obtained results and novelty (in Russian) : В результате генотипирования ДНК 53 животных были отобраны 20 неродственных животных Казахской белоголовой и 17 образцов Аулиекольской пород, отсеквенированы с покрытием ~15X (>50 миллиардов п.о. на образец) короткими (150 п.о.) парными прочтениями технологией компании Иллюмина. Среди образцов Аулиеатинской породы было определено 26,379,174 высококачественных генетических вариантов. Объединение с данными проекта 1000 геномов быков (182 породы, более 5000 животных) позволило выявить 30 ближайших к Аулиеатинской породе

Obtained results and novelty (in Kazakh) : 53 жануардың ДНҚ генотипін анықтау нәтижесінде Қазақтың ақ бас тұқымының 20 туыстық жануары және Әулиекөл тұқымының 17 үлгісі таңдалып алынды, олар Illumina технологиясы арқылы қысқа (150 б.б.) жұптық көрсеткіштермен ~15X қамтумен (бір үлгіге >50 млрд. б.) реттелген. . Әулиеати тұқым үлгілерінің ішінде 26 379 174 жоғары сапалы генетикалық нұсқалар анықталды. 1000 бұқа геномын (182 тұқым, 5000-нан астам жануар) жоба деректерімен біріктіру Әулиеата тұқымына ең жақын 30 тұқымды анықтауға мүмкіндік берді.

The main constructive and technical economic indicators (in Russian) : Использованы современные молекулярно-генетические методы исследования, полученные результаты обработаны с помощью компьютерных программ, проведена биоинформационный анализ

The main constructive and technical economic indicators (in Kazakh) : Молекулярлық-генетикалық зерттеудің заманауи әдістері қолданылды, алынған нәтижелер компьютерлік бағдарламалардың көмегімен өңделді, биоақпараттық талдау жүргізілді.

Level of implementation (in Russian) : нет

Level of implementation (in Kazakh) : жоқ

Efficiency (in Russian) : Были выявлены 42 кандидатные кодирующие мутации у Аулиеатинской с FST > 0.4 которые, по-видимому, были наследованы от черно-пестрой породы (с наивысшим FST = 0.5 в гене ESCO2 вовлеченном формирование размера тела) и одна кодирующая мутация в гене SLC9C1, которая была наследована от черно-пестрого о скота.

Efficiency (in Kazakh) : Әулиеатыда FST > 0,4 ​​болатын, қара және ақ тұқымнан тұқым қуалайтын 42 кандидатты кодтаушы мутация (дене өлшеміне қатысатын ESCO2 генінде ең жоғары FST = 0,5) және SLC9C1 генінде бір кодтаушы мутация анықталды.

Field of application (in Russian) : молочное скотоводство, мясное скотоводство, племенные центры

Field of application (in Kazakh) : сүт бағытындағы шаруашылық, ет бағытындағы шаруашылық, асыл тұқымды орталықтар