The object of research, development or design (in Russian) : Лошади мугалжарской породы

The object of research, development or design (in Kazakh) : Мұғалжар жылқысы

Aim of work (in Russian) : Выявить геномные маркеры, ассоциированные с продуктивными качествами у лошадей мугалжарской породы, используя технологию SNP-генотипирования

Aim of work (in Kazakh) : Мұғалжар тұқымы жылқыларының өнімділік қасиеттерімен қауымдастырылған геномдық маркерлерді SNP-генотиптеу технологиясын пайдалану арқылы анықтау

Методы исследования (на русском) : На первом этапе было проведено исследование с использованием ранее полученных данных генотипирования из биобанка ЗКАТУ им. Жангир хана от 665 голов лошадей мугалжарской породы из КХ ТОО "Каратомар" (Северо-Казахстанская обл.), КХ "Бакытбек" (Карагандинская обл.), КХ "Оразбай Б.З.", (Алматинская обл.). Полученные сырые данные в формате idat были конвертированы в текстовые файлы на программе GenomeStudio с минимальной фильтрацией. Скрипт собственного производства на Python был использован для конвертирования текстовых файлов на формат для Plink (.ped, .map). PLINK с параметрами --make-bed был использован для конвертации ped, map файлов в более быстрые бинарные форматы (bed, bim, fam). Исключения данных с низким качеством был использован PLINK с параметрами --geno 0.1 --mind 0.1 --maf 0.05 --hwe 1e-9. Всего для дальнейшего анализа, после проведения фильтрации, был отобран 551 образец. Для обработки цифровых данных, хозяйствам были даны коды 9, 10, 11. Для анализа с помощью алгоритма Admixture были использованы все образцы, а для визуализации генетического разнообразия внутри породы были использованы случайные 25 образцов с каждого хозяйства. Кроме этого отобрано 19 проб биоматериала (волосяные луковицы) из КХ "Орда" и 116 проб из ТОО "Chromtau Beef" для дальнейшего генотипирования на базе университета.

Методы исследования (на казахском) : Жобаның алғашқы кезеңінде мұғалжар тұқымды 665 жылқының генотиптеу бойынша бұрын алынған деректері пайдаланылып, зерттеу жүргізілді. Деректер Жәңгір хан атындағы БҚАТУ-дың биобанкінен алынды және келесі шаруашылықтардан жиналды: "Қаратомар" ЖШС (Солтүстік Қазақстан облысы), "Бақытбек" ШҚ (Қарағанды облысы), "Оразбай Б.З." ШҚ (Алматы облысы). Алынған idat форматындағы шикі деректер GenomeStudio бағдарламасындағы мәтіндік файлдарға минималды фильтрлеу арқылы түрлендірілді. Өзіміз жасаған Python скрипті мәтіндік файлдарды Plink форматына (.ped, .map) түрлендіру үшін қолданылды. PLINK бағдарламасы --make-bed параметрімен ped және map файлдарын жылдам бинарлы форматтарға (bed, bim, fam) түрлендіру үшін пайдаланылды. Сапасы төмен деректерді шығарып тастау үшін PLINK келесі параметрлерді: --geno 0.1 --mind 0.1 --maf 0.05 --hwe 1e-9, генотиптердің жиілігі 0.1- ден төмен және минорлық аллельдердің жиілігі 0.05-тен төмен болғанда алып тастау үшін қолданылды. Әрі қарай талдау үшін фильтрлеуден кейін барлығы 551 үлгі таңдалды. Цифрлық деректерді өңдеу үшін шаруашылықтарға 9, 10, 11 код берілді. Admixture алгоритмі арқылы талдау үшін барлық үлгілер пайдаланылды және тұқым ішіндегі генетикалық әртүрлілікті визуализациялау үшін әр шаруашылықтан кездейсоқ 25 үлгі пайдаланылды. Сонымен қатар, университет базасында одан әрі генотиптеу үшін "Орда" ШҚ-нан 19 биоматериал (қыл түбірімен) және "Chromtau Beef" ЖШС-нен 116 сынамалары алынды.

Obtained results and novelty (in Russian) : 1. Проведен комплексный анализ генетического разнообразия лошадей породы мугалжар из трех различных регионов Казахстана (Северо-Казахстанская, Карагандинская и Алматинская области) с использованием SNP-маркеров. 2. Анализ ADMIXTURE показал отсутствие значимой генетической дифференциации между популяциями на уровне породы в целом (значения перекрестной валидации = 0.5). 3. PCA-анализ выявил четкую кластеризацию лошадей по принадлежности к различным хозяйствам, что указывает на формирование локальных субпопуляций: - Первый главный компонент объясняет 3.07% изменчивости - Второй главный компонент - 2.07% - Третий главный компонент - 1.89% 4. Построенное филогенетическое дерево подтверждает наличие генетических различий между группами лошадей из разных хозяйств.

Obtained results and novelty (in Kazakh) : 1. Қазақстанның үш түрлі аймағындағы (Солтүстік Қазақстан, Қарағанды және Алматы облыстары) мұғалжар тұқымды жылқылардың генетикалық әртүрлілігі SNP-маркерлерді қолдана отырып, кешенді түрде талданды. 2. ADMIXTURE талдауы популяциялар арасында тұқым деңгейінде айтарлықтай генетикалық дифференциацияның жоқтығын көрсетті (кросс-валидация мәндері = 0.5). 3. PCA талдауы жылқылардың әртүрлі шаруашылықтарға тиесілі екенін айқын кластерлеу арқылы анықтады, бұл жергілікті субпопуляциялардың қалыптасуын көрсетеді: - Бірінші негізгі компонент 3.07% - Екінші негізгі компонент – 2.07% - Үшінші негізгі компонент – 1.89%-ын өзгергіштігін түсіндіреді 4. Құрастырылған филогенетикалық ағаш әртүрлі шаруашылықтардағы жылқылар топтары арасында генетикалық айырмашылықтардың бар екенін растайды.

The main constructive and technical economic indicators (in Russian) : Полученные результаты дадут представление о происхождении лошадей мугалжарской породы и генетическом механизме формирования их продуктивных качеств. SNP-маркеры, которые будут выявлены в исследовании, помогут разработать стратегии сохранения различных местных пород лошадей. Проведение генетического тестирования лошадей по маркерам в раннем возрасте повысит интенсивность селекции в коневодстве, позволит спрогнозировать продуктивные качества, повысив рентабельность производства. Внедрение результатов проекта в селекционные процессы в коневодстве позволить увеличить объёмы и улучшить качество производимой продукции.

The main constructive and technical economic indicators (in Kazakh) : Алынған нәтижелер Мұғалжар жылқыларының шығу тегі және олардың өнімді қасиеттерін қалыптастырудың генетикалық механизмі туралы түсінік береді. Зерттеуде анықталатын SNP маркерлері әртүрлі жергілікті жылқы тұқымдарын сақтау стратегияларын дамытуға көмектеседі. Жылқыларды маркерлер бойынша ерте жаста генетикалық тестілеу жылқы шаруашылығындағы селекцияның қарқындылығын арттырады, өндірістің рентабельділігін арттыра отырып, өнімді қасиеттерді болжауға мүмкіндік береді. Жоба нәтижелерін жылқы шаруашылығындағы селекциялық процестерге енгізу өндірілетін өнімнің көлемін ұлғайтуға және сапасын жақсартуға мүмкіндік береді.

Level of implementation (in Russian) : Не внедрено

Level of implementation (in Kazakh) : Енгізілген жоқ

Efficiency (in Russian) :

Efficiency (in Kazakh) :

Field of application (in Russian) : Целевыми потребителями результатов проекта являются исследователи генома сельскохозяйственных животных и конезаводы.

Field of application (in Kazakh) : Жоба нәтижелерін мақсатты тұтынушылар болып ауыл шаруашылығы жануарларының геномын зерттеушілер және жылқы зауыттары табылады.