The object of research, development or design (in Russian) : Лошади Казахской породы тип Жабе и Мугалжарской породы

The object of research, development or design (in Kazakh) : Жабе және Мұғалжар тұқымды қазақ тұқымды жылқылар

Aim of work (in Russian) : Целью проекта является сохранение генофонда популяций Казахской породы лошадей с применением полногеномного секвенирования, поиск следов отбора в геномах лошадей, определение конкретных генетических вариантов и сбалансированную систему генов и аллелей, которые обуславливают породоспецифичность, связанные с экстерьерными особенностями, продуктивностью, жизнеспособностью, резистентностью животных.

Aim of work (in Kazakh) : Жобаның мақсаты – толық геномдық секвенирлеуді қолдану арқылы қазақ жылқы тұқымы популяцияларының генофондын сақтау, жылқы геномдарында селекция іздерін іздеу, тұқымдық ерекшелігін анықтайтын нақты генетикалық нұсқаларды және гендер мен аллельдердің теңгерімді жүйесін анықтау. жануарлардың сыртқы ерекшеліктерімен, өнімділігімен, өміршеңдігімен және төзімділігімен байланысты.

Методы исследования (на русском) : Отобранные образцы ДНК лошадей будут отсеквенированы с помощью технологии компании Иллюмина с покрытием в 15Х. Полученные данные будут отфильтрованы для удаления адаптеров, неспецифических последовательностей и дубликатов, затем картированы против референсного генома лошади. Позиции однонуклеотидных полиморфизмов (SNP), небольших вставок и делеций будут определены с помощью ряда программ, таких как FreeBayes, GATK - и т.д. SNP будут отфильтрованы по ряду показателей, таких как наличие в прочтениях с обеих цепей ДНК, частоте минорного аллеля в выборке и другим. Позиции SNP, небольших вставок/делеций для образцов лошади будут объединены в общие файлы с аналогичными данными пород публичных баз данных (NCBI) для выявления районов селекции в геномах Казахстанских пород лошадей. Основным методом, использованным для этого типа анализа, будет метод FLK и его вариант, называемый hapFLK. Будут определены замены как в регуляторных участках ДНК вблизи генов-кандидатов, так и внутри кодирующей части этих генов, которые отличают отдельные Казахстанские породы друг от друга и от неказахстанских пород. Мутации внутри кодирующих участков генов будут проанализированы программой ANNOVAR и программой snpEff для выявления их вероятного функционального значения.

Методы исследования (на казахском) : Таңдалған жылқы ДНҚ үлгілері 15X қамтуы бар Illumina технологиясы арқылы реттелген болады. Алынған деректер адаптерлерді, спецификалық емес тізбектерді және көшірмелерді жою үшін сүзіледі, содан кейін жылқы сілтеме геномымен салыстырылады. Бір нуклеотидті полиморфизмдердің (SNPs), шағын енгізулер мен жоюлардың позициялары FreeBayes, GATK сияқты бірқатар бағдарламалардың көмегімен анықталады. SNP бірнеше көрсеткіштер бойынша сүзіледі, мысалы, екі ДНҚ тізбегінің көрсеткіштерінің болуы, үлгідегі кіші аллельдің жиілігі және т.б. SNP позициялары, жылқы үлгілеріне арналған шағын енгізулер/делециялар қазақстандық жылқы тұқымдарының геномдарында селекция аймақтарын анықтау үшін ұқсас жалпыға ортақ деректер базасы тұқым деректерімен (NCBI) ортақ файлдарға біріктірілетін болады. Талдаудың бұл түрі үшін қолданылатын негізгі әдіс FLK әдісі және оның hapFLK деп аталатын нұсқасы болады. Ауыстырулар кандидат гендердің жанындағы реттеуші ДНҚ аймақтарында да, жеке қазақстандық тұқымдарды бір-бірінен және қазақ емес тұқымдардан ажырататын осы гендердің кодтау бөлігінде де анықталады. Гендердің кодтау аймақтарындағы мутациялар олардың ықтимал функционалдық маңыздылығын анықтау үшін ANNOVAR және snpEff арқылы талданатын болады.

Obtained results and novelty (in Russian) : Будут получены геномы лошадей казахской породы типа жабе и Мугалжарской, данные секвенирования позволят обнаружить районы генома, подверженные селекции. Благодаря тому, что в анализ будут вовлечены все генетические варианты, представленные в наших выборках этих двух пород, мы ожидаем найти не только районы хромосом, подверженные селекции, но и непосредственно генетические варианты, которые отбирались в результате селекции в этих регионах. Этот результат будет иметь не только фундаментальное значение, но и практическое, потому что позволит создать набор конкретных генетических вариантов, которые могут быть тестированы для селекции пород лошадей Казахстана. Данные по генетическим вариантам, подверженным селекции, позволит нам осуществить анализ генных путей, которые подвергались селекции и сравнить их между двумя породами.

Obtained results and novelty (in Kazakh) : Жабе және Мұғалжар сияқты қазақ тұқымды жылқылардың геномдары алынады; Осы екі тұқымның үлгілерінде бар барлық генетикалық нұсқаларды қосу арқылы біз селекцияға ұшыраған хромосомалық аймақтарды ғана емес, сонымен қатар осы аймақтардағы іріктеу арқылы тікелей таңдалған генетикалық нұсқаларды табамыз деп күтеміз. Бұл нәтиженің принципті маңызы ғана емес, сонымен қатар практикалық мәні де болады, өйткені ол Қазақстанда жылқы тұқымдарының селекциясы үшін сыналатын нақты генетикалық нұсқалар кешенін жасауға мүмкіндік береді. Селекцияға ұшыраған генетикалық нұсқалар туралы деректер бізге селекциядан өткен гендік жолдарды талдауға және оларды екі тұқым арасында салыстыруға мүмкіндік береді.

The main constructive and technical economic indicators (in Russian) : Проект заложит основу для программы генетического улучшения казахстанских лошадей, способствуя устойчивым методам ведения сельского хозяйства и повышая конкурентоспособность сектора коневодства Казахстана

The main constructive and technical economic indicators (in Kazakh) : Жоба тұрақты ауылшаруашылық тәжірибесін ілгерілететін және қазақ жылқы секторының бәсекеге қабілеттілігін арттыратын қазақ жылқыларының генетикалық жетілдіру бағдарламасының негізін қалады.

Level of implementation (in Russian) : Будут определены генные и консервативные регуляторные последовательности ДНК, а также породоспецифические мутации под отбором для каждой из Казахской породы лошадей и будут определены их ассоциации с фенотипическими данными, которые будут рекомендованы к использованию в селекции коневодства мутации или гаплотипы, которые являются маркерами продуктивности.

Level of implementation (in Kazakh) : Гендік және консервативті реттеуші ДНҚ тізбегі анықталады, сондай-ақ әрбір қазақ жылқы тұқымы бойынша селекциядағы тұқымға спецификалық мутациялар және олардың фенотиптік деректермен ассоциациялары анықталады, оларды жылқы шаруашылығының мутацияларында немесе гаплотиптерде қолдануға ұсынылатын болады. өнімділік көрсеткіштері.

Efficiency (in Russian) : Путем идентификации генетических маркеров, таких как однонуклеотидные полиморфизмы (SNPs), связанных с желаемыми признаками, включая мясную и молочную продуктивность, адаптацию к климатическим условиям, это исследование проложит путь для разработки плотных SNP-микрочипов для последующей геномной селекции

Efficiency (in Kazakh) : Ет және сүт өнімділігін, климаттық жағдайларға бейімделуді қоса алғанда, қажетті белгілермен байланысты бір нуклеотидті полиморфизмдер (SNPs) сияқты генетикалық маркерлерді анықтау арқылы бұл зерттеу кейінгі геномдық селекция үшін тығыз SNP микрочиптерін жасауға жол ашады

Field of application (in Russian) : Полученные результаты будут применены в хозяйствах, занимающиеся разведением лошадей

Field of application (in Kazakh) : Алынған нәтижелер жылқы шаруашылығына қолданылады