Inventory number IRN Number of state registration
0324РК00062 AP23483529-KC-24 0124РК00286
Document type Terms of distribution Availability of implementation
Краткие сведения Gratis Number of implementation: 0
Not implemented
Publications
Native publications: 0
International publications: 0 Publications Web of science: 0 Publications Scopus: 0
Patents Amount of funding Code of the program
0 34000000 AP23483529
Name of work
Разработка программного обеспечения и тестирование таргетных панелей при нанопоровом секвенировании генов для персонализированной медицины
Type of work Source of funding Report authors
Fundamental Календарь Руслан Николаевич
0
0
0
0
Customer МНВО РК
Information on the executing organization
Short name of the ministry (establishment) Нет
Full name of the service recipient
Частное учреждение "National Laboratory Astana"
Abbreviated name of the service recipient National Laboratory Astana
Abstract

Kоллекция образцов и данные полногеномного секвенирования пациентов и здоровых людей, набранных в Республике Казахстан.

Қазақстан Республикасында жұмысқа қабылданған пациенттер мен дені сау адамдардан үлгілер мен тұтас геномды секвенирлеу деректерін жинау.

Целью проекта является разработка и тестирование программного обеспечения для дизайна таргетных генных панелей для секвенирования длинных фрагментов по нанопоровой технологии.

Жобаның мақсаты – нанопора технологиясын пайдалана отырып, ұзын фрагменттерді секвенирлеуге арналған мақсатты гендік панельдерді жобалауға арналған бағдарламалық қамтамасыз етуді әзірлеу және сынау.

Секвенирование ампликонов с использованием Oxford Nanopore Technologies (ONT). Биоинформационные методы с использованием машинного обучения и методы молекулярной биологии.

Oxford Nanopore Technologies (ONT) көмегімен ампликонды секвенирлеу. Машиналық оқыту және молекулалық биология әдістерін қолданатын биоинформатика әдістері.

Научная новизна данного проекта заключается в том в разработке уникального программного обеспечения для создания генных панелей с использованием технологии секвенирования третьего поколения.

Бұл жобаның ғылыми жаңалығы үшінші буындағы секвенирлеу технологиясын қолдана отырып, гендік панельдерді құруға арналған бірегей бағдарламалық қамтамасыз етуді әзірлеуде жатыр.

Разработка точного теста "Онкопанель" для ONT на основе таргетного TGS-решения для геномного профилирования как дешевой альтернативы существующим коммерческим аналогам.

Қолданыстағы коммерциялық аналогтарға арзан балама ретінде геномдық профильдеу үшін мақсатты TGS шешімі негізінде ONT үшін дәл Oncopanel сынамасын әзірлеу.

Разработанные приложения доступны для широкого использования в научном сообществе через ссылки на соответствующие онлайн-ресурсы. Приложение PCR online предлагает инструменты для настройки и проведения ПЦР, что значительно упрощает процесс выбора оптимальных праймеров. Сайт получил положительные отзывы пользователей и активно используется исследователями, особенно в области молекулярной биологии. Приложение TotalRepeats представляет собой онлайн-инструмент для de novo идентификации и определения границ повторов в геномных последовательностях. Доступность и возможность анализа разнообразных типов ДНК, включая хромосомы, плазмиды и митохондриальные ДНК, расширяет применение этого инструмента. Оно также пользуется активным спросом у исследователей, занимающихся анализом структурных особенностей геномов.

Әзірленген қосымшалар тиісті интернет-ресурстарға сілтемелер арқылы ғылыми қоғамдастықта кеңінен пайдалану үшін қол жетімді. ПТР онлайн қосымшасы оңтайлы праймерлерді таңдау процесін айтарлықтай жеңілдететін ПТР орнату және орындау үшін құралдарды ұсынады. Сайт пайдаланушылардың оң пікірлерін алды және зерттеушілер, әсіресе молекулалық биология саласында белсенді түрде пайдаланылады. TotalRepeats - бұл геномдық тізбектердегі қайталануларды анықтауға және анықтауға арналған онлайн құрал. Хромосомаларды, плазмидаларды және митохондриялық ДНҚ-ны қоса алғанда, әртүрлі ДНҚ түрлерін талдаудың қолжетімділігі мен мүмкіндігі бұл құралды қолдану аясын кеңейтеді. Ол геномдардың құрылымдық ерекшеліктерін талдайтын зерттеушілер арасында да үлкен сұранысқа ие.

Разработано приложение доступно по ссылке: PCR online. https://primerdigital.com/tools/pcr.html Кроме того, было создано онлайн-приложение TotalRepeats на JavaScript для de novo идентификации и определения границ повторов в геномных последовательностях, включая хромосомы, плазмиды и митохондриальные ДНК. Приложение доступно по ссылке: https://primerdigital.com/tools/repeat.html

Қолданба әзірленді және сілтеме бойынша қол жетімді: ПТР онлайн. https://primerdigital.com/tools/pcr.html Бұған қоса, хромосомаларды, плазмидаларды және митохондриялық ДНҚ-ны қоса алғанда, геномдық тізбектердегі қайталануларды де novo анықтау және анықтау үшін TotalRepeats атты JavaScript онлайн қосымшасы жасалды. Қолданба мына мекенжайда қолжетімді: https://primerdigital.com/tools/repeat.html

молекулярная биология, биоинформатика, фундаментальные и прикладные задачи биологии, физиологии, биомедицины и биотехнология

молекулалық биология, биоинформатика, биологияның, физиологияның, биомедицинаның және биотехнологияның іргелі және қолданбалы мәселелері

UDC indices
575.113.1; 575.822; 577.2.08;
International classifier codes
34.15.05; 34.05.17; 34.23.00; 34.03.23;
Key words in Russian
человек; целевое секвенирование третьего поколения; программное обеспечение для биоинформатики; точная онкология; молекулярная диагностика;
Key words in Kazakh
Адам; мақсатты үшінші буын секвенциясы; биоинформатика бағдарламалық қамтамасыз ету; дәл онкология; молекулалық диагностика;
Head of the organization Сарбасов Дос Джурмаханбет Доктор философии (PhD), в области биохимия и молекулярная биология / Профессор
Head of work Календарь Руслан Николаевич Кандидат биологических наук / Профессор