The object of research, development or design (in Russian) : Вирусы абрикоса и грецкого ореха

The object of research, development or design (in Kazakh) : Өрік және жаңғақ вирустары

Aim of work (in Russian) : Разработка высокоэффективных систем диагностики вирусов абрикоса и грецкого ореха, и изучение их распространенности в Казахстане

Aim of work (in Kazakh) : Өрік және грек жаңғақ вирустарын диагностикалаудың және олардың Қазақстанда таралуын зерттеудің жоғары тиімді жүйелерін жасау.

Методы исследования (на русском) : Анализ нуклеотидной базы данных, сравнительный анализ последовательностей, дизайн праймеров и зондов

Методы исследования (на казахском) : Нуклеотидтік мәліметтер базасын талдау, тізбекті салыстырмалы талдау, праймерлер мен зондтардың дизайны

Obtained results and novelty (in Russian) : Проведен дизайн специфичных олигонуклеотидов и TaqMan зондов к 6-ти вирусам (PNRSV, PDV, ApMV, ACLSV, PPV и CLRV) и внутреннему контролю с последовательностями, оптимизированными к мультиплексу ПЦР-РВ. С этой целью, с использованием референтных последовательностей каждого вируса и программы Blastn, из базы данных NCBI получены нуклеотидные последовательности, покрывающие референтные как минимум на 80-90% и имеющих наименьшую идентичность к ним. Таким образом получены последовательности с наибольшим генетическим разнообразием. Так для PNRSV получено 105 нуклеотидных последовательностей, для ApMV – 23, для PDV -66, для ACLSV – 162, для PPV – 250 и для CLRV -55. Дизайн праймеров и зондов для диагностики вирусов проведен с использованием программы Primux. Все праймеры имеют близкие значение температуры плавления, от 56оС до 59оС, таким образом могут быть использованы в мультиплекс ПЦР в реальном времени. Так же проведен дизайн праймеров и зондов для РНК гена глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназы Prunus armeniaca и Juglans regia с использованием программы Primer-Blast. В настоящее время проводится синтез праймеров и зондов. Зонды будут синтезированы с одним из следующих пары красителя и гасителя на 5’ и 3’-концах: FAM и BHQ1, YY и BHQ1, ROX и BHQ2, Cy5 и BHQ3, Cy5.5 и BHQ3

Obtained results and novelty (in Kazakh) : 6 вирусқа (PNRSV, PDV, ApMV, ACLSV, PPV және CLRV) арнайы олигонуклеотидтер мен TaqMan зондтарын жобалау және мультиплексті RT-ПТР үшін оңтайландырылған тізбектері бар ішкі бақылау жүргізілді. Осы мақсатта әрбір вирустың анықтамалық реттілігін және Blastn бағдарламасын пайдалана отырып, NCBI дерекқорынан анықтамалықтарды кемінде 80-90% қамтитын және олармен ең аз сәйкестендіруге ие нуклеотидтер тізбегі алынды. Осылайша, ең үлкен генетикалық әртүрлілікке ие тізбектер алынды. Осылайша, PNRSV үшін 105, ApMV үшін 23, PDV үшін 66, ACLSV үшін 162, PPV үшін 250 және CLRV үшін 55 нуклеотидтер тізбегі алынды. Вирустарды диагностикалау үшін праймерлер мен зондтарды жобалау Primux бағдарламасы арқылы жүзеге асырылды. Барлық праймерлердің балқу температурасы 56°C-тан 59°C-қа дейін ұқсас, сондықтан оларды мультиплекстік нақты уақыттағы ПТР-да қолдануға болады. Prunus armeniaca және Juglans regia глицеральдегид-3-фосфатдегидрогеназа генінің РНҚ геніне арналған праймерлер мен зондтарды жобалау да Primer-Blast бағдарламасы арқылы жүзеге асырылды. Қазіргі уақытта праймерлер мен зондтардың синтезі жүргізілуде. Зондтар 5' және 3' ұштарында келесі бояғыш және сөндіргіш жұптардың бірімен синтезделеді: FAM және BHQ1, YY және BHQ1, ROX және BHQ2, Cy5 және BHQ3, Cy5.5 және BHQ3

The main constructive and technical economic indicators (in Russian) : Получены специфичные олигонуклеотиды и TaqMan зонды к 6-ти вирусам (PNRSV, PDV, ApMV, ACLSV, PPV и CLRV) и внутреннему контролю с последовательностями, оптимизированными к мультиплексу ПЦР-РВ.

The main constructive and technical economic indicators (in Kazakh) : 6 вирусқа (PNRSV, PDV, ApMV, ACLSV, PPV және CLRV) арнайы олигонуклеотидтер мен TaqMan зондтарын жобалау және мультиплексті RT-ПТР үшін оңтайландырылған тізбектері бар ішкі бақылау алынды

Level of implementation (in Russian) :

Level of implementation (in Kazakh) :

Efficiency (in Russian) :

Efficiency (in Kazakh) :

Field of application (in Russian) : Биотехнология растений, растениеводство, плодоводство, питомниководство

Field of application (in Kazakh) : Өсімдік биотехнологиясы, өсімдік шаруашылығы, жеміс шаруашылығы, питомник шаруашылығы