Inventory number IRN Number of state registration
0323РК01827 AP14871603-KC-23 0122РК00241
Document type Terms of distribution Availability of implementation
Краткие сведения Gratis Number of implementation: 0
Not implemented
Publications
Native publications: 0
International publications: 0 Publications Web of science: 0 Publications Scopus: 0
Patents Amount of funding Code of the program
0 32892238 AP14871603
Name of work
Исследование механизма фотоактивации катализаторов переходных металлов в естественном фотосинтезе
Type of work Source of funding Report authors
Fundamental Тыченгулова Алия Жанаткызы
0
0
0
0
Customer МНВО РК
Information on the executing organization
Short name of the ministry (establishment) МЦРИАП РК
Full name of the service recipient
Астрофизический институт имени В.Г.Фесенкова
Abbreviated name of the service recipient ТОО "АФИФ"
Abstract

К основным объектам исследования относятся: 1) промежуточные структуры водо-окисляющего катализатора в процессе фотоактивации; 2) структуры водо-окисляющего комплекса с противоионами ацетата в процессе самосборки кластера.

Негізгі зерттеу объектілері: 1) фотоактивтену процесіндегі су тотықтырғыш катализатордың аралық құрылымдары; 2) кластерді өздігінен құрастыру кезінде ацетатты қарсы иондары бар су тотықтырғыш кешеннің құрылымдары.

Получение новых данных о механизме фотоактивации, а именно данных о структуре промежуточных состояний комплексов в процессе каталитической реакции и атомистических основ самосборки водоокислящего марганцевого комплекса фотосистемы II.

Фотоактивация механизмі туралы жаңа мәліметтер алу, атап айтқанда каталитикалық реакция барысындағы кешендердің аралық күйлерінің құрылымы және Фотожүйе II-нің су тотықтырғыш марганец кешенінің өздігінен жиналуының атомдық негіздері туралы мәліметтерді алу.

Образование (гидро)оксомостиков между атомами металлов исследовано с помощью расчетов теории функционала плотности (DFT), выполненных с использованием пакета программ ORCA. Оптимизация геометрии атомов металлов, окруженных первой координационной сферой молекул воды, выполнена на уровне теории B3LYP с использованием поправки на дисперсию атомов Гримме (D3BJ). Свободные энергии исследуемых моделей в водном растворе оценены путем суммирования одноточечной электронной энергии на уровне B3LYP/def2-TZVPP, поправки на дисперсию D3BJ, термохимических поправок при 1 атм и 298,15 К. Окислительные потенциалы рассчитаны с использованием уравнения компьютерного водородного электрода. Методом анализа минимального энергетического пути исследованы промежуточных состояний и энергетические барьеры образования оксомостика.

Металл атомдары арасындағы (гидро)оксо көпірлерінің түзілуі ORCA бағдарламалық пакеті арқылы орындалған тығыздық функционалдық теориясы (DFT) есептеулері арқылы зерттелді. Су молекулаларының бірінші координациялық сферасымен қоршалған металл атомдарының геометриясын оңтайландыру теорияның B3LYP деңгейінде Гримме атомдарының дисперсиясын (D3BJ) түзету арқылы орындалды. Зерттелетін модельдердің сулы ерітіндідегі бос энергиялары B3LYP/def2-TZVPP деңгейіндегі бір нүктелік электрон энергиясын, D3BJ дисперсиялық түзетуді, 1 атм және 298,15 К термохимиялық түзетулерді қосу арқылы бағаланады. Тотығу потенциалдары компьютерлік сутегі көмегімен есептеледі. электрод теңдеуі. Оксокөпірдің түзілуіне аралық күйлер мен энергетикалық кедергілер минималды энергетикалық жолды талдау әдісі арқылы зерттелді.

Было выявлено понижение внешних потенциалов U для моделей с противоионами. При этом добавление второго ацетата также приводит к уменьшению U. Потенциалы, рассчитанные для моделей двух гидратированных ионов марганца, взаимодействующих с мостиковым лигандом ацетата соответствует потенциалу белкового остатка акцептора электронов в фотосистеме II. Было обнаружено, что модели с гидратированными ионами марганца и мостиковым лигандом ацетата имеют тенденцию поэтапно образовывать два одиночных мостика Mn(III)–O–Mn(III) через более стабильный, полностью координированный промежуточный продукт реакции. Оценка Mn-O расстояний между ионом металла и молекулами воды, одной формирующей оксомостик и другой, теряющей координацию с марганцем выявила, что реакция протекает с образованием промежуточного состояния с семикратной координацией. ВКС АФИФ модернизирована на 13 ТФлопс путем приобретения серверного оборудования на процессорах AMD 4th Gen EPYC 9654 CPU с целью проведения дальнейших масштабных вычислений и анализа данных исследуемых бионеорганических систем.

Было выявлено понижение внешних потенциалов U для моделей с противоионами. При этом добавление второго ацетата также приводит к уменьшению U. Потенциалы, рассчитанные для моделей двух гидратированных ионов марганца, взаимодействующих с мостиковым лигандом ацетата соответствует потенциалу белкового остатка акцептора электронов в фотосистеме II. Было обнаружено, что модели с гидратированными ионами марганца и мостиковым лигандом ацетата имеют тенденцию поэтапно образовывать два одиночных мостика Mn(III)–O–Mn(III) через более стабильный, полностью координированный промежуточный продукт реакции. Оценка Mn-O расстояний между ионом металла и молекулами воды, одной формирующей оксомостик и другой, теряющей координацию с марганцем выявила, что реакция протекает с образованием промежуточного состояния с семикратной координацией. ВКС АФИФ модернизирована на 13 ТФлопс путем приобретения серверного оборудования на процессорах AMD 4th Gen EPYC 9654 CPU с целью проведения дальнейших масштабных вычислений и анализа данных исследуемых бионеорганических систем.

Практическая значимость результатов исследований обусловлена выяснением основ механизма самосборки катализатора расщепления воды, что способствует практической реализации устройств искусственного фотосинтеза и хранения солнечной энергии экологически безопасным способом. Одним из важных прикладных результатов проекта является ожидаемое увеличение пиковой производительности отечественной ВКС АФИФ на 3-13 ТФлопс, а также объемов хранения данных на 18-108 Тб. Данные вычислительные ресурсы в дальнейшем могут быть использованы как исследовательскими группами института, так и учеными других научных организаций в качестве услуги аренды выделенного сервера.

Зерттеу нәтижелерінің практикалық маңыздылығы суды ыдыратушы катализатордың өздігінен құрастырылу механизмінің негіздерін түсіндірумен түсіндіріледі, бұл жасанды фотосинтез және күн энергиясын экологиялық таза түрде сақтау құрылғыларын тәжірибеде іске асыруға ықпал етеді. Жобаның маңызды қолданбалы нәтижелерінің бірі – AFIF отандық бейнеконференцбайланыс қызметінің ең жоғары өнімділігінің 3-13 TFlops-ке ұлғаюы, сондай-ақ деректерді сақтау көлемінің 18-108 ТБ-ға артуы. Бұл есептеу ресурстарын кейінірек институттың зерттеу топтары да, басқа ғылыми ұйымдардың ғалымдары да арнайы серверді жалға алу қызметі ретінде пайдалана алады.

На данном этапе внедрение не планируется.

Бұл кезеңде іске асыру жоспарланбайды.

Эффективность проведенных работ определяется признанием полученных результатов международным научным сообществом во время их презентации на конференциях, победой в международных конкурсах научных проектов, а также публикацией результатов в рецензируемых научных журналах. Кроме того, эффективность подтверждается также проведенной модернизацией суперкомпьютера института, которая в свою очередь приведет к значительному повышению качества проводимых научно-исследовательских работ не только сотрудников института, но и сотрудников других организаций в рамках договора аренды выделенных ресурсов серверов.

Жүргізілген жұмыстың тиімділігі халықаралық ғылыми қоғамдастықтың оларды конференцияларда баяндау, ғылыми жобалардың халықаралық конкурстарында жеңіске жету, сондай-ақ рецензияланатын ғылыми журналдарда нәтижелерін жариялау кезінде алынған нәтижелерді мойындауымен анықталады. Сонымен қатар, тиімділік институттың суперкомпьютерін жаңғыртумен де расталады, бұл өз кезегінде тек институт қызметкерлері ғана емес, сонымен қатар жалға беру шарты бойынша басқа ұйымдардың қызметкерлері жүргізетін зерттеулердің сапасын айтарлықтай жақсартуға әкеледі. арнайы сервер ресурстары үшін.

Исследования в области вычислительной химии, фотосинтеза и водородной энергетики, бионеорганической химии, координационной химии.

Есептеу химиясы, фотосинтез және сутегі энергиясы, биоинорганикалық химия, координациялық химия саласындағы зерттеулер.

UDC indices
544.476; 544.183.24; 544.183.25; 544.174.3
International classifier codes
31.23.00; 31.17.29; 29.29.00;
Key words in Russian
фотосинтез; вычислительная химия; теория функционала плотности; фотоактивация; синтетический катализатор; комплексы с переходными металлами; водо-окисляющий комплекс; Фотосистема II;
Key words in Kazakh
фотосинтез; есептеу химиясы; тығыздық функицоналының теориясы; фотобелсендіру; синтетикалық катализатор; өтпелі металл кешендері; суды тотықтырғыш кешен; Фотожүйе II;
Head of the organization Омаров Чингис Тукенович Кандидат физико-математических наук / нет
Head of work Тыченгулова Алия Жанаткызы PhD in Mathematical Models in Electronics, Engineering and Nanoscience / нет