The object of research, development or design (in Russian) : Образцы ДНК и продуктов питания, отобранные на рынках южных регионов Казахстана.

The object of research, development or design (in Kazakh) : Қазақстанның оңтүстік өңірлерінің нарықтарында іріктелген ДНҚ және тамақ өнімдерінің үлгілері.

Aim of work (in Russian) : Определение распространенности S. enterica в продуктах питания в южных регионах Казахстана. Характеристика изолятов S. enterica в цепи поставок продуктов питания от производителей до розничной торговли путем определения генетической взаимосвязи, профили вирулентности и антимикробной устойчивости изолятов.

Aim of work (in Kazakh) : Қазақстанның оңтүстік аймақтарындағы тамақ өнімдерінде S. enterica таралуын анықтау. S. enterica изоляттарының генетикалық байланысын, вируленттілік профильдерін және изоляттардың микробқа қарсы тұрақтылығын анықтау арқылы өндірушілерден бөлшек саудагерлерге азық-түлік жеткізу тізбегіндегі сипаттамасы.

Методы исследования (на русском) : Собранные образцы подвергнуться исследованию на наличие сальмонелл методом ПЦР. Выделение ДНК микроорганизмов рода Salmonella из образцов продуктов питания проводят после предварительного обогащения образцов. Выделение ДНК проводится с использованием набора DNeasy Blood & Tissue Kit (Qiagen, Hilden, Germany). Концентрацию и чистоту выделенной геномной ДНК измеряют на спектрофотометре MaestroNano® (Maestrogen, Лас-Вегас, Невада, США). Постановку ПЦР и ПЦР в реальном времени для выявления S.Enterica проводится согласно ранее разработанной нами методики. Для идентификации других серотипов используется метод секвенирования. Для полногеномного секвенирования используется платформа MiSeq. Аннотация проекта последовательности генома проводится с использованием NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline. Проект генома S.enterica проверяется на наличие генов устойчивости к антибиотикам с использованием комплексной базы данных генов устойчивости к антибиотикам ResFinder 4.1. Последовательность генома анализируется на содержание профага с использованием сервера PHAge Search Tool Enhanced Release. При определении наличия широко распространенных островов патогенности Salmonella SPI-1, SPI-2, SPI-3, SPI-4, SPI-5, SPI-9, SPI-10, SPI-13 и SPI-14 используется SPIFinder 2.0.

Методы исследования (на казахском) : Жиналған үлгілер ПТР әдісімен сальмонеллалардың бар-жоғын тексеруден өтеді. Азық-түлік үлгілерінен Salmonella тұқымдас микроорганизмдердің ДНҚ-сын оқшаулау үлгілерді алдын ала байытқаннан кейін жүзеге асырылады. ДНҚ секрециясы DNeasy Blood & Tissue Kit (Qiagen, Hilden, Germany) көмегімен жүзеге асырылады. Бөлінген геномдық ДНҚ концентрациясы мен тазалығы MaestroNano® спектрофотометрінде өлшенеді (Maestrogen, Лас-Вегас, Невада, АҚШ). S. Enterica анықтау үшін нақты уақыттағы ПТР және ПТР қою біз бұрын әзірлеген әдістемеге сәйкес жүргізіледі. Басқа серотиптерді анықтау үшін секвенирлеу әдісі қолданылады. Толық геномдық реттілік үшін miseq платформасы қолданылады. Геном тізбегі жобасының аннотациясы Ncbi Prokaryotic Genome Annotation Pipeline көмегімен жүзеге асырылады. S. enterica геномының жобасы ResFinder 4.1 антибиотикке төзімділік гендерінің кешенді дерекқорын пайдалана отырып, антибиотикке төзімділік гендерінің бар-жоғын тексереді. Геном тізбегі PHAge Search Tool Enhanced Release сервері арқылы профаг мазмұнына талданады. Кең таралған патогендік аралдардың болуын анықтауда Salmonella SPI-1, SPI-2, SPI-3, SPI-4, SPI-5, SPI-9, SPI-10, SPI-13 және SPI-14 SPIFinder 2.0 қолданылады.

Obtained results and novelty (in Russian) : Идея и новизна проекта состоит в том, что проводится мониторинг и определяется распространенность сальмонелл в различных продуктах питания в южных регионах Казахстан. На основании результатов секвенирования и последующего анализа полученных последовательностей определяется филогенетическое родство и отношение к тому или иному серотипу сальмонеллеза, гены устойчивости к антибиотикам и гены вирулентности новых изолятов сальмонелл. Проведенные исследования позволят прослеживать движение различных серотипов бактерии сальмонеллы, выявлять их происхождение и также устанавливать вероятности возможных вариаций в структуре генома и дальнейшие последствия в появлении новых вариантов возбудителя. Достижения в области молекулярной биологии и данных по секвенированию новых штаммов бактерии сальмонеллы, основа для разработки современных методов диагностики и типирования на основе генной инженерии. Изучение выделенных штаммов, а также изучение биологических свойств и генетической структуры относятся к уникальным направлениям исследований, которые позволяют расширить имеющиеся генетические ресурсы в Республике Казахстан.

Obtained results and novelty (in Kazakh) : Жобаның идеясы мен жаңалығы мынада: мониторинг жүргізіліп, Қазақстанның оңтүстік өңірлерінде түрлі азық-түлік өнімдерінде сальмонеллалардың таралуы айқындалады. Алынған тізбектерді ретке келтіру және кейінгі талдау нәтижелері негізінде сальмонеллездің белгілі бір серотипіне, антибиотиктерге төзімділік гендеріне және жаңа сальмонелла изоляттарының вируленттілік гендеріне филогенетикалық жақындығы мен қатынасы анықталады. Жүргізілген зерттеулер сальмонелла бактериясының әртүрлі серотиптерінің қозғалысын бақылауға, олардың шығу тегін анықтауға, сондай-ақ геном құрылымындағы ықтимал вариациялардың ықтималдығын және патогеннің жаңа нұсқаларының пайда болуындағы одан әрі салдарын анықтауға мүмкіндік береді. Сальмонелла бактериясының жаңа штаммдарының молекулалық биологиясы мен реттілік деректеріндегі жетістіктер, гендік инженерияға негізделген диагностика мен терудің заманауи әдістерін әзірлеудің негізі. Бөлінген штаммдарды зерделеу, сондай-ақ биологиялық қасиеттері мен генетикалық құрылымын зерделеу Қазақстан Республикасында бар генетикалық ресурстарды кеңейтуге мүмкіндік беретін зерттеулердің бірегей бағыттарына жатады.

The main constructive and technical economic indicators (in Russian) : Выделенные новые оригинальные казахстанские штаммы бактерии сальмонелл пополнят коллекцию микроорганизмов, и в дальнейшем могут использоваться для создания как в качестве диагностических антигенов, так и в фундаментальных молекулярно-биологических исследованиях. Реализация проекта позволит внести своевременную корректировку противоэпидемических мероприятий по сальмонеллезам, способствовать совершенствованию средств борьбы, снижению заболеваемости указанной инфекцией.

The main constructive and technical economic indicators (in Kazakh) : Сальмонелла бактерияларының оқшауланған жаңа бірегей қазақстандық штамдары микроорганизмдер коллекциясын толықтырады және одан әрі диагностикалық антигендер ретінде де, іргелі молекулалық-биологиялық зерттеулерде де жасау үшін пайдаланылуы мүмкін. Жобаны іске асыру сальмонеллез бойынша эпидемияға қарсы іс-шараларға уақтылы түзетулер енгізуге, бақылау құралдарын жетілдіруге, аталған инфекциямен сырқаттанушылықты азайтуға мүмкіндік береді.

Level of implementation (in Russian) : Нет

Level of implementation (in Kazakh) : Жоқ

Efficiency (in Russian) : В результате выполнения Проекта получатся новые научно-технические данные по мониторингу, молекулярно-генетическим и культуральным свойствам новых штаммов, используемых для повышения эффективности эпидемиологического надзора за сальмонеллезом.

Efficiency (in Kazakh) : Жобаны орындау нәтижесінде сальмонеллезді эпидемиологиялық қадағалаудың тиімділігін арттыру үшін пайдаланылатын жаңа штаммдардың мониторингі, молекулалық-генетикалық және мәдени қасиеттері бойынша жаңа ғылыми-техникалық деректер алынады.

Field of application (in Russian) : Могут применятся при разработке современных диагностических и профилактических препаратов. Полученные данные рекомендуются в уполномоченные органы Республики Казахстан по улучшению мониторинговых исследований по сальмонеллезу в продуктах питания. Данные исследований способствуют улучшению эпидемиологической и эпизоотической ситуации в стране, улучшению здоровья населения, животных и птиц страны.

Field of application (in Kazakh) : Оларды заманауи диагностикалық және профилактикалық препараттарды әзірлеу кезінде қолдануға болады. Алынған деректер Қазақстан Республикасының Тамақ өнімдеріндегі сальмонеллез бойынша мониторингтік зерттеулерді жақсарту жөніндегі уәкілетті органдарына ұсынылады. Зерттеу деректері елдегі эпидемиологиялық және эпизоотиялық жағдайды жақсартуға, халықтың, жануарлар мен құстардың денсаулығын жақсартуға ықпал етеді.