Inventory number IRN Number of state registration
0323РК01329 AP19577569-KC-23 0123РК00054
Document type Terms of distribution Availability of implementation
Краткие сведения Gratis Number of implementation: 0
Not implemented
Publications
Native publications: 1
International publications: 0 Publications Web of science: 0 Publications Scopus: 0
Patents Amount of funding Code of the program
0 25000000 AP19577569
Name of work
Молекулярно-генетический анализ генофонда казахстанских популяций Saiga tatarica tatarica на основе полногеномного SNP-генотипирования
Type of work Source of funding Report authors
Applied Ульянов Вадим Александрович
0
0
0
0
Customer МНВО РК
Information on the executing organization
Short name of the ministry (establishment) МСХ РК
Full name of the service recipient
НАО «Западно-Казахстанский Аграрно-технический университет имени Жангир Хана»
Abbreviated name of the service recipient НАО "ЗКАТУ им. Жангир хана"
Abstract

Объектом исследования являются сайгаки (Saiga tatarica tatarica) трех казахстанских популяций - уральская, бетпакдалинская и устюртская.

Зерттеу нысаны үш қазақ популяциясының – Жайық, Бетпақдала және Үстірт ақбөкендері (Saiga tatarica tatarica) болып табылады.

Изучить особенности и дать характеристику аллелофонда казахстанских популяций Saiga tatarica tatarica на основе данных SNP-генотипирования с широким покрытием генома в аспекте сохранения данного вида животных.

Saiga tatarica tatarica Қазақстандық популяциялар аллелофондының ерекшеліктерін зерделеу және осы жануарлар түрін сақтау аспектісінде геномды кең қамтумен SNP-генотиптеу деректері негізінде сипаттама беру.

На основании Разрешения (№ KZ54VEP00147668 от 24.04.2023 г.) на использование животных, был проведен отбор биоматериала - волосяных луковиц сайгаков. Отбор проводился на территории Западно-Казахстанской области, Жанибекского района, округ села Таловка. Выделение ДНК проводилось с использованием следующих коммерческих наборов, предназначенных для выделения нуклеиновых кислот из тканей млекопитающих: «ДНК-Экстран-2» (ООО «СИНТОЛ», РФ); «PureLink Genomic DNA Mini Kit» (Invitrogen, США); «GM Tissue» и «Tissue M» (Raissol Bio, Австралия). Концентрацию и качество (отношение A260/A280) выделенной ДНК измеряли с помощью спектрофотометра Cary 60 (Agilent Technologies, Малайзия). Качество ДНК-материала также проверяли с помощью горизонтального электрофореза с использованием 1% агарозного геля. SNP-генотипирование с широким покрытием генома представителей уральской популяций сайгака (Saiga tatarica tatarica) проведено с использованием микрочипа для генотипирования крупного рогатого скота, овец и коз Axiom (Axiom™ Bovine-Ovine-Caprine Genotyping Array). Контроль качества и фильтрация SNP-маркеров проведен на основе следующих статистических показателей: частота пропущенных значений, среднее качество прочтения среди образцов, частоты минорных аллелей (MAF), соответствие равновесию Харди-Вайнберга

Киіктерден биоматериал – талшық тамырлары 24.04.2023 жылғы № KZ54VEP00147668 рұқсаты негізінде алынды. Іріктеу Батыс Қазақстан облысы Жәнібек ауданы Талов селолық округы аумағында жүргізілді. ДНҚ-ң оқшаулау сүтқоректілердің ұлпаларынан нуклеин қышқылдарын оқшаулауға арналған келесі коммерциялық жиынтықтарды «ДНК-Экстран-2» (ООО «СИНТОЛ», РФ); «PureLink Genomic DNA Mini Kit» (Invitrogen, США); «GM Tissue» және «Tissue M» (Raissol Bio, Австралия) қолдану арқылы жүзеге асырылды. Оқшауланған ДНҚ-ның концентрациясы мен сапасы (А260/А280 қатынасы) Cary 60 (Agilent Technologies, Малайзия) спектрофотометрімен өлшенді. ДНҚ материалының сапасы 1% агарозды гель көмегімен горизонталды электрофорез арқылы тексерілді. Киіктердің (Saiga tatarica tatarica) Орал популяциясы өкілдерінің геномын кең қамтитын SNP-генотиптеу ірі қара, қой және ешкі Axiom (Axiom™ Bovine-Ovine-Caprine Genotyping Array) генотиптеу үшін микрочипті пайдалану арқылы жүргізілді. SNP маркерлерінің сапасын бақылау және фильтрлеу келесі статистикалық көрсеткіштер: өткізген мәндердің жиілігі, үлгілер арасындағы орташа оқу сапасы, кіші аллельдердің жиілігі (MAF), Харди-Вайнберг тепе-теңдігіне сәйкестік негізінде жүзеге асырылады

Отобраны образцы волосяных луковиц от 211 голов сайгаков уральской популяции. Выделена ДНК из отобранного биоматериала и проведен его качественный и количественный анализ (n=211). Качественный анализ выделенной ДНК проводился методом агарозного гель-электрофореза. Количественный анализ проводился путем измерения концентрации ДНК на спектрофотометре Agilent Cary 60. Средняя концентрация ДНК составила 88,1 ng/ul. Средний показатель отношения A260/A280 составил 1,6. За отчетный период сформирована база из 211 образцов волосяных луковиц и соответствующего количества образцов ДНК сайгаков уральской популяции разных половозрастных групп животных. Популяционно-генетический анализ выборки включил расчет коэффициентов инбридинга, неравновесного сцепления, индекса фиксации и других общих показателей. Алгоритм ADMIXTURE, а также анализ главных компонент (PCA) были использована для изучения внутренней генетической структуры популяции. Полученные результаты дают первую характеристику популяции и закладывают основу для дальнейших исследований.

Орал популяциясы киіктерінің 211 басынан талшық тамырлары үлгілері алынды. Таңдалған биоматериалдан ДНҚ оқшауланып, оның сапалық және сандық талдауы жүргізілді (n=211). Оқшауланған ДНҚ-ны сапалы талдау агарозды гель электрофорезі әдісімен жүргізілді. Сандық талдау Agilent Cary 60 спектрофотометрімен ДНҚ концентрациясын өлшеу арқылы жүргізілді. ДНҚ-ның орташа концентрациясы 88,1 ng/ul болды. A260/А280 қатынасының орташа көрсеткіші 1,6 болды. Есепті кезеңде 211 талшық үлгілері мен жануарлардың түрлі жыныстық-жас топтарының Орал популяциясының киіктерінің тиісті ДНҚ үлгілерінің базасы құрылды. Популяциялық-генетикалық үлгіні талдау инбридинг коэффициенттерін, теңсіз ілінісу, фиксация индексін және басқа да жалпы көрсеткіштерді есептеуді қамтыды. ADMIXTURE алгоритмі, сондай-ақ негізгі компоненттерді талдау (PCA) популяцияның ішкі генетикалық құрылымын зерттеу үшін қолданылды. Нәтижелер популяцияның алғашқы сипаттамасын берді және одан әрі зерттеуге негіз қалайды

Проведение данного исследования позволит не только дать характеристику генетического состояния популяций, но и позволит разработать эффективные научные рекомендации по сохранению вида, создаст необходимую научную базу и даст толчок к проведению дальнейших исследований.

Бұл зерттеу популяциялардың генетикалық жағдайын сипаттауға ғана емес, сонымен қатар түрді сақтау бойынша тиімді ғылыми ұсыныстар жасауға, қажетті ғылыми базаны құруға және одан әрі зерттеулер жүргізуге серпін беруге мүмкіндік береді.

В данных исследованиях будут заинтересованы все лица и организации причастные к изучению сайгаков, в т.ч. ученые, преподаватели.

Бұл киіктерді зерттеуге қатысқан барлық тұлғалар мен ұйымдар, оның ішінде ғалымдар, оқытушылар қызығушылық танытады.

UDC indices
599.735.53:577.21:575.22
International classifier codes
34.23.35; 87.27.07;
Key words in Russian
Saiga tatarica tatarica; SNP; генофонд; генетическое разнообразие; Казахстан; популяция;
Key words in Kazakh
Saiga tatarica tatarica; SNP; гендік қор; генетикалық әртүрлілік; Қазақстан; популяция;
Head of the organization Наметов Аскар Мырзахметович Доктор ветеринарных наук / Профессор
Head of work Ульянов Вадим Александрович Ph.D / нет