The object of research, development or design (in Russian) : Отечественные породы лошадей (мугалжар, кушум, казахская порода: джабе, найманский и адайский типы)

The object of research, development or design (in Kazakh) : Отандық жылқы тұқымдары (мұғалжар, көшім, қазақ тұқымы: жабы, найман және адай типтері)

Aim of work (in Russian) : Ресеквенировать полный геном отечественных пород лошадей (мугалжар, кушум, казахская порода: джабе, найманский и адайский типы), выявить конкретные генетические варианты под давлением отбора и провести поиск породоспецифических участков генома для повышения генетического потенциала животных, раннего прогнозирования их племенной ценности, сохранения и совершенствования генетических ресурсов.

Aim of work (in Kazakh) : Отандық жылқы тұқымдарының (мұғалжар, көшім, қазақ тұқымы: жабы, найман және адай типтері) толық геномын ресеквенирлеу, іріктеу қысымымен нақты генетикалық нұсқаларды анықтау және жануарлардың генетикалық әлеуетін арттыру, олардың асыл тұқымдық құндылығын ерте болжау, генетикалық ресурстарды сақтау және жетілдіру үшін геномның ерекше аймақтарын іздеуді жүргізу.

Методы исследования (на русском) : Выделение ДНК проводилось с использованием коммерческих наборов PureLink™ Genomic DNA Mini Kit (Invitrogen™) и «ДНК Экстран-2» (ООО «Синтол», г. Москва), предназначенных для выделения геномной ДНК с высоким выходом и чистотой необходимой для проведения ресеквенирования. Качественный анализ выделенной ДНК проводился методом гель-электрофореза, количественный анализ проводился путем измерения концентрации ДНК на спектрофотометре Agilent Cary 60. Полногеномное ресеквенирование проводилось на платформе Illumina с использованием наборов Illumina® DNA Prep с индексами для мультиплесирования IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes для приготовления библиотек геномных фрагментов для секвенирования, в соответствии с протоколами производителя. Контроль качества полученных данных проводился с использованием программ FastQC и MultiQC. Полученные прочтения выравнены на референсный геном из базы данных Ensembl с использованием программ bowtie2 и/или BWA-MEM. Выравненные данные обработаны и отфильтрованы пакетом инструментов Picard. Поиск вариантов проводился с использованием программ bcftools и/или GATK. Найденные варианты аннотированы по базе данных Ensembl с использованием веб-инструмента Variant Effect Predictor (VEP, Ensembl).

Методы исследования (на казахском) : ДНҚ-ны оқшаулау PureLink™ Genomic DNA Mini Kit (Invitrogen™) және "ДНҚ ЭКСТРАН-2" ("Синтол" ЖШҚ, Мәскеу қ.) коммерциялық жиынтықтары арқылы жүзеге асырылды, олар геномдық ДНҚ-ны жоғары өнімділікпен және қайта реттеуге қажетті тазалықпен оқшаулауға арналған. Оқшауланған ДНҚ-ның сапалық талдауы гельдік электрофорез әдісімен жүргізілді, сандық талдау Agilent Cary 60 спектрофотометріндегі ДНҚ концентрациясын өлшеу арқылы жүргізілді. Толық геномдық қайта секвенирлеу Illumina платформасында өндірушінің хаттамаларына сәйкес реттілік үшін геномдық фрагменттер кітапханаларын дайындау үшін IDT® for Illumina® DNA/RNA UD Indexes мультиплестеу индекстері бар Illumina® DNA Prep жиынтықтарын пайдалана отырып жүргізілді. Алынған деректердің сапасын бақылау FastQC және MultiQC бағдарламаларын қолдану арқылы жүргізілді. Алынған оқулар bowtie2 және/немесе BWA-MEM бағдарламаларын қолдана отырып, Ensembl дерекқорынан сілтеме геномына теңестірілді. Түзетілген деректер Picard құралдар жинағымен өңделді және іріктелді. Нұсқаларды іздеу bcftools және/немесе GATK бағдарламаларын қолдану арқылы жүзеге асырылды. Табылған нұсқалар Variant Effect Predictor (Vep, Ensembl) веб-құралын қолдана отырып, Ensembl дерекқорымен салыстырылды.

Obtained results and novelty (in Russian) : Сформирована выборка отечественных пород лошадей (мугалжар, кушум, казахская порода: джабе, найманский и адайский типы). Выделено ДНК из отобранного биоматериала и определены его качественные и количественные показатели. Проведено ресеквенирование полного генома отечественных пород лошадей и его биоинформатический анализ.

Obtained results and novelty (in Kazakh) : Отандық жылқы тұқымдарының (мұғалжар, көшім, қазақ тұқымы: жабы, найман және адай типтері) зерттелетін топтарының іріктемесі қалыптастырылды. Таңдалған биоматериалдан ДНҚ бөлініп, оның сапалық және сандық көрсеткіштері анықталды. Толық геномды қайта ресеквенирлеу және оның биоинформатикалық талдауы жүргізілді.

The main constructive and technical economic indicators (in Russian) : Обеспечение сферы сельского хозяйства чистопородными животными как в количественном, так и в качественном плане. Повышение генетического потенциала животных, прогнозирование их племенной ценности, сохранение и совершенствование генетических ресурсов отечественных пород лошадей.

The main constructive and technical economic indicators (in Kazakh) : Ауыл шаруашылығы саласын сандық жағынан да, сапалық жағынан да таза тұқымды жануарлармен қамтамасыз ету. Жануарлардың генетикалық әлеуетін арттыру, олардың асыл тұқымдық құндылығын болжау, отандық жылқы тұқымдарының генетикалық ресурстарын сақтау және жетілдіру.

Level of implementation (in Russian) : Данные исследования позволят создать перспективные разработки для планирования селекционной работы, программ по разведению отечественных пород лошадей.

Level of implementation (in Kazakh) : Аталмыш зерттеулер асыл тұқымдық жұмысты жоспарлау және жылқылардың отандық тұқымдарын өсіру мақсатында әлеуетті әзірлемелер дайындауға мүмкіндік береді.

Efficiency (in Russian) : Повышения генетического потенциала животных, раннее прогнозирование их племенной ценности, сохранение и совершенствование генетических ресурсов отечественных пород лошадей будет способствовать оказанию значительного экономического эффекта на сельскохозяйственную отрасль страны.

Efficiency (in Kazakh) : Жануарлардың генетикалық әлеуетін арттыру, олардың асыл тұқымдық құндылығын ерте болжау, отандық жылқы тұқымдарының генетикалық ресурстарын сақтау және жетілдіру елдің ауыл шаруашылығы саласына айтарлықтай экономикалық әсер етуге ықпал ететін болады.

Field of application (in Russian) : Коневодство, генетика, молекулярная биология

Field of application (in Kazakh) : Жылқы шаруашылығы, генетика, молекулярлық биология