Inventory number IRN Number of state registration
0323РК01410 AP19677163-KC-23 0123РК00515
Document type Terms of distribution Availability of implementation
Краткие сведения Gratis Number of implementation: 0
Not implemented
Publications
Native publications: 0
International publications: 0 Publications Web of science: 0 Publications Scopus: 0
Patents Amount of funding Code of the program
0 27688263.5 AP19677163
Name of work
Разработка SNP-маркеров по признаку засухоустойчивости на основе полногеномного анализа ассоциаций (GWAS) для применения в маркер-опосредованной селекции сои (Glycine max L.)
Type of work Source of funding Report authors
Fundamental Ержебаева Раушан Сайлаувна
0
0
0
0
Customer МНВО РК
Information on the executing organization
Short name of the ministry (establishment) МСХ РК
Full name of the service recipient
Товарищество с ограниченной ответственностью"Казахский научно-исследовательский институт земледелия и растениеводства"
Abbreviated name of the service recipient ТОО "КазНИИЗиР"
Abstract

коллекция и гибридные популяции сои

қытайбұршақ коллекциясы мен гибридті популяциясы

Фенотипирование образцов коллекции сои по признаку засухоустойчивости, продуктивности в условиях орошения и без орошения и генотипирование по технологии DArTseq для анализа полногеномных ассоциаций

Құрғақшылыққа төзімділік, өнімділік белгілері бойынша, суару және суарусыз жағдайда қытайбұршақ коллекциясының үлгілерін фенотиптеу және ассоциацияның толық геномдық талдау үшін DArTseq технологиясы бойынша генотиптеу.

Полевое испытание по методике ГКСИСК, оценка элементов продуктивности по методическим рекомендациям ВИР, фенологические наблюдения по методике Fehr W.R.,1979, SNP-генотипирование по технологии Illumina Hiseq2500/Novaseq6000, Soybean DArTseq (1.0), исследование геномных ассоциаций (GWAS) выполнили с использованием интегрированного инструмента геномных ассоциаций и прогнозирования (GAPIT) версии-3 согласно Wang, J. et al., 2022, фиксированная и случайная модель циркулирующей вероятностной формы (FarmCPU) по Liu, X.et al., 2016, урегулирование MLM и общей линейной модели (GLM) по Price A.L. et al., 2006), итеративно вложенный ключевой путь с байесовской информацией и неравновесием по связям (BLINK) по Zhang, Z. et al., 2018.

АШДССМК әдістемесі бойынша далалық сынақ, БРӨШИ әдістемелік ұсынымдары бойынша өнімділік элементтерін бағалау, Fehr W. R., 1979 әдістемесі бойынша фенологиялық бақылаулар, Illumina Hiseq2500/Novaseq6000, Soybean DArTseq (1.0), технологиясы бойынша SNP-генотиптеу, геномдық ассоциацияларды (GWAS) зерттеу бірлескен геномдық ассоциация және болжау құралы (GAPIT) 3 нұсқасын Wang, J. et al., 2022 бойынша, айналымдағы ықтималдық формасының тұрақты және кездейсоқ моделі (FarmCPU) Liu, X.et әл., 2016 бойынша, MLM және жалпы сызықтық модельді реттеу (GLM) Price A. L. et al., 2006 бойынша, Байес ақпаратымен және байланыс тепе-теңдігімен қайталанатын кірістірілген негізгі жол (BLINK) Zhang, Z. et al., 2018 негізінде жасалынды.

В полевых условиях на искусственно созданном участке засухи и орошения проведено фенотипирование 217 образцов сои, из них 194 образцов коллекции и 23 гибридных популяций сои. По результатам фенологических наблюдений установлена длина вегетационного периода изучаемых образцов сои, которая составила от 95 до 155 дней на орошении и от 80 до 145 дней на засухе. Отмечены самые скроспелые образцы Светлячек, Соер 345 (80 дней) и позднеспелые образцы (Колхида, Axagara, Koushurei 235, Надежда), затянувшие свое созревание до 15.10.2023 г. Проведена оценка динамики значений NDVI на разных стадиях развития 217 образцов сои с использованием портативого прибора Green Seeker Handheld. Максимальные показание NDVI за весь вегетационный период было зафиксировано в фазу налива бобов 1.08.2023 г. на орошении 0,53-0,91, на засухе - 0,42-0,88. По результатам изучения 217 образцов на двух контрастных фонах орошения и без орошения (засуха) по элементам продуктивности и урожайности установлены высота растений, структура урожая, урожайность. Получены результаты по SNP-генотипированию 183 образцов по 50.000 DArT и SNP-маркерам технологии Illumina Hiseq2500/Novaseq6000, Soybean DArTseq (1.0). После фильтрации получено 14 133 SNP –маркера из DArTseq. С использованием фенотипических данных образцов сои, выращенных на двух контрастных фонах (орошение, засуха) и данных генотипирования образцов выполнен анализ GWAS по признакам урожайности семя при засухе. Идентифицировано 23 стабильных QTL.

Суғарылатын және суғарылмайтын жасанды аймақта қытайбұршақтың 217 үлгісіне, оның ішінде 194 коллекциялық және 23 гибридті популяцияларына танаптық жағдайда фенотиптеу жүргізілді. Фенологиялық бақылаулардың нәтижелері бойынша зерттелетін қытайбұршақ үлгілерінің вегетациялық кезеңінің ұзақтығы анықталды, суғарылатын аймақта 95-тен 155 күн және суғарылмайтын аймақта 80-ден 145 күн болды. Ең ерте пісіп-жетілетін Светлячек, Соер345 және кеш пісетін үлгілер Колхида, Axagara, Koushurei235, Надежда байқалды, олардың пісуі 15.10.2023 дейін созылды. Green Seeker құралын пайдаланып, 217 қытайбұршақтың дамуының әртүрлі кезеңдеріндегі NDVI мәндерінің динамикасын бағаланды. Бүкіл вегетациялық кезеңдегі NDVI максималды көрсеткіші 1-ші тамызда бұршаққаптың толықсу кезеңінде: суғарылатын аймақта 0,53-0,91, суғарылмайтын аймақта–0,42-0,88. Қарама-қарсы суғарылатын және суғарылмайтын аймақта 217 үлгіні зерттеу бойынша өсімдіктің негізгі өнімділік элементтері, өсімдіктердің биіктігі, дақыл құрылымы мен өнімділігі анықталды. Illumina Hiseq2500, Soybean DArTseq(1.0) технологиясының 50.000 DArT маркерлерімен 183 үлгіні SNP-генотиптеу нәтижелері алынды. Алынған нәтижелерді өңдегенен кейін DArTseq-тен 14133 SNP маркері алынды. Екі қарама-қарсы (суғарылатын, суғарылмайтын) жағдайда өсірілген қытайбұршақ үлгілерінің фенотиптік мәндерін және үлгілердің генотиптік деректерін пайдалана отырып, құрғақшылық жағдайында тұқымның өнімділік белгісі бойынша GWAS талдауы жүргізілді. 23 тұрақты QTL анықталды.

Из коллекции и селекционных материалов выделены ценные засухоустойчивые образцы, с достаточно высокой урожайностью, массой 1000 зерен, количеством бобов.

Коллекциядан және селекциялық материалдардан 1000 дән салмағы, бұршақ саны өте жоғары өнімді, құрғақшылыққа төзімді үлгілер анықталды.

селекция сои

қытайбұршақ селекциясы

UDC indices
633.81/85:631.52:577.21
International classifier codes
68.35.37; 34.23.57; 34.15.23;
Key words in Russian
соя; ген-кандидат; дефицит орошения; коллекция; полногеномный анализ ассоциаций; гибридные популяции; SNP-маркер; адаптивность; селекционная линия; урожайность семян;
Key words in Kazakh
қытайбұршақ; кандидат гені; суару тапшылығы; жинақ; толық геномдық талдауы; гибридті популяциялар; SNP-маркері; бейімделу; селекциялық тізбек; тұқым өнімділігі;
Head of the organization Бастаубаева Шолпан Оразовна Кандидат сельскохозяйственных наук / академик АСХН РК
Head of work Ержебаева Раушан Сайлаувна Кандидат биологических наук / нет