The object of research, development or design (in Russian) : Лошади Казахской породы тип Жабе и Мугалжарской породы

The object of research, development or design (in Kazakh) : Жабе және Мұғалжар тұқымды қазақ тұқымды жылқылар

Aim of work (in Russian) : Целью проекта является сохранение генофонда популяций Казахской породы лошадей с применением полногеномного секвенирования, поиск следов отбора в геномах лошадей, определение конкретных генетических вариантов и сбалансированную систему генов и аллелей, которые обуславливают породоспецифичность, связанные с экстерьерными особенностями, продуктивностью, жизнеспособностью, резистентностью животных.

Aim of work (in Kazakh) : Жобаның мақсаты – толық геномдық секвенирлеуді қолдану арқылы қазақ жылқы тұқымы популяцияларының генофондын сақтау, жылқы геномдарында селекция іздерін іздеу, тұқымдық ерекшелігін анықтайтын нақты генетикалық нұсқаларды және гендер мен аллельдердің теңгерімді жүйесін анықтау. жануарлардың сыртқы ерекшеліктерімен, өнімділігімен, өміршеңдігімен және төзімділігімен байланысты.

Методы исследования (на русском) : Отобранные образцы ДНК лошадей будут отсеквенированы с помощью технологии компании Иллюмина с покрытием в 15Х. Полученные данные будут отфильтрованы для удаления адаптеров, неспецифических последовательностей и дубликатов, затем картированы против референсного генома лошади. Позиции однонуклеотидных полиморфизмов (SNP), небольших вставок и делеций будут определены с помощью ряда программ, таких как FreeBayes, GATK - и т.д. SNP будут отфильтрованы по ряду показателей, таких как наличие в прочтениях с обеих цепей ДНК, частоте минорного аллеля в выборке и другим. Позиции SNP, небольших вставок/делеций для образцов лошади будут объединены в общие файлы с аналогичными данными пород публичных баз данных (NCBI) для выявления районов селекции в геномах Казахстанских пород лошадей. Основным методом, использованным для этого типа анализа, будет метод FLK и его вариант, называемый hapFLK. Будут определены замены как в регуляторных участках ДНК вблизи генов-кандидатов, так и внутри кодирующей части этих генов, которые отличают отдельные Казахстанские породы друг от друга и от неказахстанских пород. Мутации внутри кодирующих участков генов будут проанализированы программой ANNOVAR и программой snpEff для выявления их вероятного функционального значения.

Методы исследования (на казахском) : Таңдалған жылқы ДНҚ үлгілері 15X қамтуы бар Illumina технологиясы арқылы реттелген болады. Алынған деректер адаптерлерді, спецификалық емес тізбектерді және көшірмелерді жою үшін сүзіледі, содан кейін жылқы сілтеме геномымен салыстырылады. Бір нуклеотидті полиморфизмдердің (SNPs), шағын енгізулер мен жоюлардың позициялары FreeBayes, GATK сияқты бірқатар бағдарламалардың көмегімен анықталады. SNP бірнеше көрсеткіштер бойынша сүзіледі, мысалы, екі ДНҚ тізбегінің көрсеткіштерінің болуы, үлгідегі кіші аллельдің жиілігі және т.б. SNP позициялары, жылқы үлгілеріне арналған шағын енгізулер/делециялар қазақстандық жылқы тұқымдарының геномдарында селекция аймақтарын анықтау үшін ұқсас жалпыға ортақ деректер базасы тұқым деректерімен (NCBI) ортақ файлдарға біріктірілетін болады. Талдаудың бұл түрі үшін қолданылатын негізгі әдіс FLK әдісі және оның hapFLK деп аталатын нұсқасы болады. Ауыстырулар кандидат гендердің жанындағы реттеуші ДНҚ аймақтарында да, жеке қазақстандық тұқымдарды бір-бірінен және қазақ емес тұқымдардан ажырататын осы гендердің кодтау бөлігінде де анықталады. Гендердің кодтау аймақтарындағы мутациялар олардың ықтимал функционалдық маңыздылығын анықтау үшін ANNOVAR және snpEff арқылы талданатын болады.

Obtained results and novelty (in Russian) : Изучена фенотипические характеристики лошадей Казахской породы тип Жабе популяции Павлодарской области (20 голов) и Мугалжарской породы (20 голов) популяции Актюбинской области с отбором образцов (цельная кровь) от выдающихся линейных жеребцов-производителей и конематок. Получены полногеномные сиквенсы отобранных образцов ДНК лошади Казахской породы типа Жабе

Obtained results and novelty (in Kazakh) : Павлодар облысы популяциясының Жабе тұқымды қазақ тұқымды жылқыларының (20 бас) және Ақтөбе облысы популяциясының Мұғалжар тұқымының (20 бас) көрнекті тұқымдастардан үлгілерін (тұтас қанды) іріктеу арқылы фенотиптік сипаттамалары зерттелді. желілік айғырлар мен биелер. Жәбет типті қазақ жылқысынан таңдалған ДНҚ үлгілерінің толық геномдық тізбегі алынды.

The main constructive and technical economic indicators (in Russian) : Данные по секвенированию двух казахских пород лошадей позволят в полном объеме выявить уникальные следы отбора и адаптации, которые характерны для казахских пород лошадей, также и породоспецифичные.

The main constructive and technical economic indicators (in Kazakh) : Қазақтың екі жылқы тұқымы бойынша мәліметтерді тізбектеу қазақ жылқы тұқымдарына, соның ішінде тұқымдық ерекшеліктерге тән селекциялық және бейімделудің бірегей іздерін толық анықтауға мүмкіндік береді.

Level of implementation (in Russian) : Будут определены генные и консервативные регуляторные последовательности ДНК, а также породоспецифические мутации под отбором для каждой из Казахской породы лошадей и будут определены их ассоциации с фенотипическими данными, которые будут рекомендованы к использованию в селекции коневодства мутации или гаплотипы, которые являются маркерами продуктивности.

Level of implementation (in Kazakh) : Гендік және консервативті реттеуші ДНҚ тізбегі анықталады, сондай-ақ әрбір қазақ жылқы тұқымы бойынша селекциядағы тұқымға спецификалық мутациялар және олардың фенотиптік деректермен ассоциациялары анықталады, оларды жылқы шаруашылығының мутацияларында немесе гаплотиптерде қолдануға ұсынылатын болады. өнімділік көрсеткіштері.

Efficiency (in Russian) : Будут определены генные и консервативные регуляторные последовательности ДНК, а также породоспецифические мутации под отбором для каждой из Казахской породы лошадей и будут определены их ассоциации с фенотипическими данными, которые будут рекомендованы к использованию в селекции коневодства мутации или гаплотипы, которые являются маркерами продуктивности.

Efficiency (in Kazakh) : Гендік және консервативті реттеуші ДНҚ тізбегі анықталады, сондай-ақ әрбір қазақ жылқы тұқымы бойынша селекциядағы тұқымға спецификалық мутациялар және олардың фенотиптік деректермен ассоциациялары анықталады, оларды жылқы шаруашылығының мутацияларында немесе гаплотиптерде қолдануға ұсынылатын болады. өнімділік көрсеткіштері.

Field of application (in Russian) : Полученные результаты будут применены в хозяйствах, занимающиеся разведением лошадей

Field of application (in Kazakh) : Алынған нәтижелер жылқы шаруашылығына қолданылады