The object of research, development or design (in Russian) : Трахеальные и клоакальные смывы птиц, куриные эмбрионы и содержимое куриных яйц.

The object of research, development or design (in Kazakh) : Құстардың трахеялық және клоакальды жуылуы, тауық эмбриондары және тауық жұмыртқасының мазмұны.

Aim of work (in Russian) : Провести комплексную оценку генетического разнообразия, распространения и циркуляции клинически значимых вирусных патогенов птиц, характерных для различных регионов Казахстана, используя современные метагеномные подходы.

Aim of work (in Kazakh) : Заманауи метагеномдық тәсілдерді пайдалана отырып, Қазақстанның әртүрлі өңірлеріне тән құстардың клиникалық маңызды вирустық патогендерінің генетикалық әртүрлілігіне, таралуына және айналымына кешенді бағалау жүргізу.

Методы исследования (на русском) : Сбор образцов на частных хозяйствах Республики Казахстан. Метагеномное секвенирование образцов.

Методы исследования (на казахском) : Қазақстан Республикасының жекеменшік шаруашылықтарынан үлгілерді жинау. Үлгілердің метагеномдық реттілігі.

Obtained results and novelty (in Russian) : Проведено выделение тотальной ДНК/РНК из 20 пулов образцов. В качестве метода получения нуклеиновых кислот использовали метод CTAB и спин колонки. Используя платформу Ion Torrent PGM (Life Technologies, США) проведено метагеномное секвенирование ДНК 20 полученных пулов. Проведен метагеномный анализ. Вычислялись следующие параметры: глубина разрешения таксономического разнообразия метагеномных образцов; параметры альфа-разнообразия таксонов в образцах (SHE-параметры); параметры бета-разнообразия. Идентификация фрагментов ДНК, полученных на секвенаторе Ion Torrent PGM, проводилась с помощью программы Kaiju. Выявлены таксоны характерные для каждого типа образца.

Obtained results and novelty (in Kazakh) : 20 пул үлгілерінен жалпы ДНҚ/РНҚ оқшаулауы жүргізілді. Нуклеин қышқылдарын алу әдісі ретінде CTAB әдісі мен бағанның спині қолданылды. Ion torrent PGM (life Technologies, АҚШ) платформасын пайдалана отырып, алынған 20 пулдың ДНҚ метагеномдық реттілігі жүргізілді. Метагеномдық талдау жүргізілді. Келесі параметрлер есептелді: метагеномдық үлгілердің таксономиялық әртүрлілігінің ажыратымдылық тереңдігі; үлгілердегі таксондардың альфа-әртүрлілік параметрлері (SHE-параметрлер); бета-әртүрлілік параметрлері. Ion torrent PGM секвенаторында алынған ДНҚ фрагменттерін анықтау Kaiju бағдарламасы арқылы жүзеге асырылды. Үлгінің әр түріне тән таксондар анықталды.

The main constructive and technical economic indicators (in Russian) : Результаты проекта помогут в прогнозировании распространения вирусных заболеваний у птиц в Казахстане и принятии профилактических мер.

The main constructive and technical economic indicators (in Kazakh) : Жобаның нәтижелері Қазақстанда құстарда вирустық аурулардың таралуын болжауға және алдын алу шараларын қабылдауға көмектеседі.

Level of implementation (in Russian) :

Level of implementation (in Kazakh) :

Efficiency (in Russian) : Применение метода CTAB в сочетании со спин колонками является стандартной и надежной техникой для изоляции ДНК/РНК, что указывает на высокую вероятность получения качественных нуклеиновых кислот для последующего секвенирования. Вычисление глубины разрешения таксономического разнообразия, альфа- и бета-разнообразия является критически важным для понимания биоразнообразия образцов и структуры микробных сообществ. SHE-параметры (разнообразие, равномерность и богатство таксонов) позволяют всесторонне оценить экологическое состояние образцов. Использование программы Kaiju для таксономической идентификации показывает, что проект применяет современные биоинформатические инструменты. С учетом этих факторов, можно сделать вывод, что проект эффективно реализуется. Качество и обоснованность методов, использование передовых технологий и комплексный подход к анализу данных говорят о высокой научной ценности работы.

Efficiency (in Kazakh) : CTAB әдісін спин бағандарымен бірге қолдану ДНҚ/РНҚ оқшаулаудың стандартты және сенімді әдісі болып табылады, бұл кейінгі реттілік үшін сапалы нуклеин қышқылдарын алудың жоғары ықтималдығын көрсетеді. Таксономиялық әртүрліліктің, альфа және бета әртүрлілігінің шешілу тереңдігін есептеу үлгілердің биоәртүрлілігін және микробтық қауымдастықтардың құрылымын түсіну үшін өте маңызды. SHE параметрлері (таксондардың әртүрлілігі, біркелкілігі және байлығы) үлгілердің экологиялық жағдайын жан-жақты бағалауға мүмкіндік береді. Таксономиялық сәйкестендіру үшін Kaiju бағдарламасын пайдалану жобаның заманауи биоинформатикалық құралдарды қолданатынын көрсетеді. Осы факторларды ескере отырып, жоба тиімді жүзеге асырылуда деген қорытынды жасауға болады. Әдістердің сапасы мен негізділігі, озық технологияларды қолдану және деректерді талдауға кешенді көзқарас жұмыстың жоғары ғылыми құндылығын көрсетеді.

Field of application (in Russian) : В качестве конечного потребителя могут выступать санитарно-эпидемиологический надзор, а также птицеводческие хозяйства. Будут созданы предпосылки для прогнозирования популяции патогенов вирусной природы в птицеводческих хозяйствах Республики Казахстан, для принятия превентивных мер.

Field of application (in Kazakh) : Соңғы тұтынушы ретінде санитарлық-эпидемиологиялық қадағалау, сондай-ақ құс шаруашылығы болуы мүмкін. Алдын алу шараларын қабылдау үшін Қазақстан Республикасының құс шаруашылықтарында вирустық табиғат патогендерінің популяциясын болжау үшін алғышарттар жасалатын болады.