The object of research, development or design (in Russian) : Объектом исследования являются рекомбинантные белки TurboID-X, BAP-X и BirA-Y, где X, Y - Sox2, Oct4, Nanog и GFP.

The object of research, development or design (in Kazakh) : Зерттеу объектісі: TurboID-X, BAP-X және BirA-Y, X, Y - Sox2, Oct4, Nanog және GFP рекомбинантты ақуыздар болып табылады.

Aim of work (in Russian) : Целью проекта является разработка способа мониторинга и количественного анализа пост-трансляционных модификаций рекомбинантных белков на основе факторов плюрипотентности Sox2, Oct4, Nanog, а также идентификация их белков-партнеров в ядрах эукариотических клеток с использованием сайт-специфичного и неспецифичного биотинилирования in vivo.

Aim of work (in Kazakh) : Жобаның мақсаты, Sox2, Oct4, Nanog плурипотенттілік факторлары негізінде рекомбинантты ақуыздардың кейінгі трансляциялық модификацияларын бақылау және сандық талдау әдісін жасау, сондай-ақ in vivo сайт-спецификалық тән және спецификалық емес биотинилирлеуді пайдалана отырып, эукариоттық жасуша ядроларындағы олардың серіктес ақуыздарын анықтау болып табылады.

Методы исследования (на русском) : В работе были использованы молекулярно-биологические, биохимические, генетические методы анализа, а также масс-спектрометрия.

Методы исследования (на казахском) : Жұмыс барысында молекулярлы-биологиялық, биохимиялық, генетикалық талдау әдістері жәнеде масс-спектрометрия қолданылды.

Obtained results and novelty (in Russian) : Установлено, что наиболее подходящим набором для выделения биотинилированных фракций рекомбинантных белков BAP-Sox2, BAP-Oct4 и BAP-Nanog из лизатов ядер клеток HEK293T и CHO является набор Dynabeads MyOne Streptavidin (ThermoFisher Scientific), который в два раза эффективнее другого набора BD IMag. Наиболее оптимальным буферным раствором для выделения всех биотинилированных и небиотинилированных фракций рекомбинантных белков является 6М раствор гуанидина гидрохлорида в PAT буферном растворе. Получены 4 новых плазмидных конструкций, оптимизированы уровни экспрессии рекомбинантных белков TurboID-GFP, TurboID-Sox2, TurboID-Oct4 и TurboID-Nanog в клетках HEK293T и CHO. С применением режима дробовика «Shotgun» метода LC-MS/MS идентифицированы белки партнеры Sox2, Oct4 и Nanog. Проведены работы по идентификации белков партнеров TurboID-Sox2, TurboID-Oct4 и TurboID-Nanog в обычных средах и в средах содержащих стабильные изотопы SILAC. С помощью программ MaxQuant и Skyline на основании спектров MS/MS, идентифицированы также фосфорилированные и гликолизированные формы пептидов белка Sox2, а также получены количественные данные по уровню биотинилирования.

Obtained results and novelty (in Kazakh) : BAP-Sox2, BAP-Oct4 және BAP-Nanog рекомбинантты ақуыздарының биотинилденген фракцияларын HEK293T және CHO жасуша ядросының лизаттарынан оқшаулау үшін Dynabeads MyOne Streptavidin (ThermoFisher Scientific) ең қолайлы жиынтық болып анықталды. Рекомбинантты ақуыздардың барлық биотинилденген және биотинилденбеген фракцияларын оқшаулау үшін ең тиімді буферлік ерітінді - PAT буферлік ерітіндісіндегі 6М гуанидин гидрохлоридінің ерітіндісі болып анықталды. TurboID-GFP, TurboID-Sox2, TurboID-Oct4 және TurboID-Nanog төрт жаңа плазмидтік конструкциялар алынды, HEK293T және CHO жасушаларында осы рекомбинантты ақуыздардың экспрессия деңгейлері оңтайландырылды. LC-MS/MS әдісінің Shotgun режимін қолдану арқылы серіктес ақуыздар Sox2, Oct4 және Nanog анықталды. Қалыпты ортада және тұрақты SILAC изотоптары бар ортада серіктестер TurboID-Sox2, TurboID-Oct4 және TurboID-Nanog ақуыздарын анықтау бойынша жұмыс жүргізілді. MS/MS спектрлеріне негізделген MaxQuant және Skyline бағдарламаларын пайдалана отырып, Sox2 ақуыз пептидтерінің фосфорланған және гликолизденген формалары да анықталды, биотинилдену деңгейі туралы сандық деректер алынды.

The main constructive and technical economic indicators (in Russian) : По результатам выполнения данного проекта опубликованы 4 (четыре) статьи в журналах входящих во второй (Q2) квартили в базе данных Web of Science и имеющих процентиль по CiteScore в базе Scopus не менее 50.

The main constructive and technical economic indicators (in Kazakh) : Осы жобаның нәтижелері бойынша Web of Science дерек қорының екінші (Q2) квартиліне кіретін және Scopus деректер базасында CiteScore пайызтилі кемінде 50 болатын журналдарда төрт мақала жарияланды.

Level of implementation (in Russian) : Не внедрено

Level of implementation (in Kazakh) : Жүзеге асырылмады

Efficiency (in Russian) : Работы по календарному плану выполнены в полном объеме. Достигнуты целевые индикаторы по публикациям.

Efficiency (in Kazakh) : Күнтізбелік жоспар бойынша жұмыстар толық көлемде орындалды. Жарияланымдар бойынша мақсатты индикаторларға қол жеткізілді.

Field of application (in Russian) : Результаты этой работы будут иметь непосредственное применение в разработке клеточных препаратов в персонализированной медицине.

Field of application (in Kazakh) : Бұл жұмыстың нәтижелері жеке медицинада жасушалық препараттарды әзірлеуде тікелей қолданылады.